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万見
- PDB-6xn8: Crystal Structure of 2-hydroxyacyl CoA lyase (HACL) from Rhodospi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xn8
タイトルCrystal Structure of 2-hydroxyacyl CoA lyase (HACL) from Rhodospirillales bacterium URHD0017
要素2-hydroxyacyl-CoA lyase 1
キーワードLYASE / 2-hydroxyacyl CoA lyase / HACL / acyloin condensation / thiamine pyrophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine pyrophosphate binding / lyase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-TZD / Unknown ligand / 2-hydroxyacyl-CoA lyase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillales bacterium URHD0017 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Miller, M.D. / Xu, W. / Olmos Jr., J.L. / Chou, A. / Clomburg, J.M. / Gonzalez, R. / Philips Jr., G.N.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)STC 1231306 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CBET-1605999 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM115261 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA217255 米国
National Science Foundation (NSF, United States)GRFP 1450681 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of 2-hydroxyacyl CoA lyase (HACL) from Rhodospirillales bacterium URHD0017
著者: Chou, A. / Miller, M.D. / Olmos Jr., J.L. / Xu, W. / Clomburg, J.M. / Gonzalez, R. / Philips Jr., G.N.
履歴
登録2020年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase 1
B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,05510
ポリマ－118,2712
非ポリマー1,7848
水22,5551252
1
A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase 1
B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase 1
ヘテロ分子

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase 1
B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,11020
ポリマ－236,5434
非ポリマー3,56716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area28490 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area64840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.940, 64.431, 182.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1264-

HOH

21B-1275-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 184 or resid 186...
21(chain B and (resid 2 through 184 or resid 186...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPROPRO(chain A and (resid 2 through 184 or resid 186...AA2 - 1842 - 184
12SERSERGLYGLY(chain A and (resid 2 through 184 or resid 186...AA186 - 315186 - 315
13ALAALAARGARG(chain A and (resid 2 through 184 or resid 186...AA317 - 329317 - 329
14TRPTRPPROPRO(chain A and (resid 2 through 184 or resid 186...AA331 - 379331 - 379
15ASNASNPROPRO(chain A and (resid 2 through 184 or resid 186...AA381 - 479381 - 479
16ASNASNLEULEU(chain A and (resid 2 through 184 or resid 186...AA481 - 486481 - 486
17PROPROASPASP(chain A and (resid 2 through 184 or resid 186...AA488 - 498488 - 498
18VALVALVALVAL(chain A and (resid 2 through 184 or resid 186...AA500 - 511500 - 511
19GLUGLUPHEPHE(chain A and (resid 2 through 184 or resid 186...AA513 - 527513 - 527
110GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 2 through 184 or resid 186...AA529 - 540529 - 540
21SERSERPROPRO(chain B and (resid 2 through 184 or resid 186...BB2 - 1842 - 184
22SERSERGLYGLY(chain B and (resid 2 through 184 or resid 186...BB186 - 315186 - 315
23ALAALAARGARG(chain B and (resid 2 through 184 or resid 186...BB317 - 329317 - 329
24TRPTRPPROPRO(chain B and (resid 2 through 184 or resid 186...BB331 - 379331 - 379
25ASNASNPROPRO(chain B and (resid 2 through 184 or resid 186...BB381 - 479381 - 479
26ASNASNLEULEU(chain B and (resid 2 through 184 or resid 186...BB481 - 486481 - 486
27PROPROASPASP(chain B and (resid 2 through 184 or resid 186...BB488 - 498488 - 498
28VALVALVALVAL(chain B and (resid 2 through 184 or resid 186...BB500 - 511500 - 511
29GLUGLUPHEPHE(chain B and (resid 2 through 184 or resid 186...BB513 - 527513 - 527
210GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 2 through 184 or resid 186...BB529 - 540529 - 540

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2-hydroxyacyl-CoA lyase 1


分子量: 59135.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: codon optimized synthetic gene
由来: (組換発現) Rhodospirillales bacterium URHD0017 (バクテリア)
遺伝子: SAMN02990966_07839 / プラスミド: pNIC28-Bsa4-RuHACL / 詳細 (発現宿主): TEV-cleavable N-terminal HIS-tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1H8YFL8

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非ポリマー , 5種, 1260分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TZD / 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / THIAMIN THIAZOLONE DIPHOSPHATE / チアミンチアゾロン二りん酸


分子量: 440.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N4O8P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% (w/v) SOKALAN PA 25 CL, 0.1 M HEPES, pH 7, 0.1 M sodium chloride. ADDITIVE: 0.002 M thiamine diphosphate, 0.02 M CoA-SH, 0.002 M magnesium chloride, 0.002 M ADP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月15日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→52.93 Å / Num. obs: 67457 / % possible obs: 76.4 % / 冗長度: 2.96 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2
詳細: Data were elliptically truncated with STARANISO. Statistics reported are for the observed reflections in spherical shells after appling the elliptical observation criterion.
CC1/2: 0.958 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.151 / Rrim(I) all: 0.267 / Net I/σ(I): 3.635 / Num. measured all: 195348
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-2.0362.310.752725733740.4530.6040.971.28631.25
5.839-52.932.920.091964033730.9850.0630.1116.3298.45

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: AWSEM-suite model generated using 5dx6 as the template

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX1.17.1_3660精密化
ARP/wARP8.0 patch 1モデル構築
PHASER位相決定
Aimless0.7.4データスケーリング
DIALS1.14.5-g19190e3b9-releaseデータ削減
xia20.5.893-gb176367e-dials-1.14データ削減
JBluIce-EPICSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5dx6

5dx6


解像度: 1.95→45.47 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.57 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 1. DATA WAS ANIOSTROPICALLY TRUNCATED WITH STARANISO. 2. ELECTRON DENSITY SUPPORTS MODELING THE DENSITY IN THE THIAMIN DIPHOSPHATE BINDING SITE AS THE THIAZOLONE DERIVATIVE -- THIAMIN 2- ...詳細: 1. DATA WAS ANIOSTROPICALLY TRUNCATED WITH STARANISO. 2. ELECTRON DENSITY SUPPORTS MODELING THE DENSITY IN THE THIAMIN DIPHOSPHATE BINDING SITE AS THE THIAZOLONE DERIVATIVE -- THIAMIN 2-THIAZOLONE DIPHOSPHATE. 3. THE NOMINAL RESOLUTION USING THE 100% CRITERION IS 2.15 A WITH 8569 REFLECTIONS BETWEEN 2.15-1.95 A INCLUDED IN REFINEMENT (39% FOR THIS SHELL). 4. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) WAS MODELED INTO DENSITY FOUND IN THE TETRAMER INTERFACE. ITS SHAPE IS SIMILAR TO BENZOATE, NITROBENZENE AND NIACIN.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 3563 5.28 %
Rwork0.1858 63861 -
obs0.1872 67424 76.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.3 Å2 / Biso mean: 14.1313 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→45.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8095 0 182 134 8411
Biso mean--9.83 15.85 -
残基数----1079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62711518
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6273176
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.980.2997450.264188192626
1.98-20.2848550.25531062111732
2-2.030.3232610.2541181124236
2.03-2.070.2922730.2431334140740
2.07-2.10.2892840.23571502158645
2.1-2.140.3018960.23011701179751
2.14-2.170.26341070.22331918202557
2.17-2.220.24561040.21452138224263
2.22-2.260.25181360.22492254239068
2.26-2.310.27961450.21172431257672
2.31-2.360.22751500.20942563271378
2.36-2.420.24271480.20632714286282
2.42-2.490.2261610.20622873303485
2.49-2.560.23971810.19552905308688
2.56-2.650.25411570.19363106326392
2.65-2.740.23691780.19973180335896
2.74-2.850.22081670.1983306347398
2.85-2.980.18292010.19113306350799
2.98-3.140.20512140.18573287350199
3.14-3.330.20651920.177133453537100
3.33-3.590.18931890.15653347353699
3.59-3.950.16711890.14323333352299
3.95-4.520.15251520.13323398355099
4.52-5.70.15512010.14943355355699
5.7-45.470.18751770.19793441361898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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