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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xn5 | ||||||
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タイトル | Structure of the Lactococcus lactis Csm Apo- CRISPR-Cas Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Type III-A CRISPR-Cas / Csm / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exonuclease activity / endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | ||||||
データ登録者 | Rai, J. / Sridhara, S. / Li, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: Structural and biochemical characterization of in vivo assembled Lactococcus lactis CRISPR-Csm complex. 著者: Sagar Sridhara / Jay Rai / Charlisa Whyms / Hemant Goswami / Huan He / Walter Woodside / Michael P Terns / Hong Li / 要旨: The small RNA-mediated immunity in bacteria depends on foreign RNA-activated and self RNA-inhibited enzymatic activities. The multi-subunit Type III-A CRISPR-Cas effector complex (Csm) exemplifies ...The small RNA-mediated immunity in bacteria depends on foreign RNA-activated and self RNA-inhibited enzymatic activities. The multi-subunit Type III-A CRISPR-Cas effector complex (Csm) exemplifies this principle and is in addition regulated by cellular metabolites such as divalent metals and ATP. Recognition of the foreign or cognate target RNA (CTR) triggers its single-stranded deoxyribonuclease (DNase) and cyclic oligoadenylate (cOA) synthesis activities. The same activities remain dormant in the presence of the self or non-cognate target RNA (NTR) that differs from CTR only in its 3'-protospacer flanking sequence (3'-PFS). Here we employ electron cryomicroscopy (cryoEM), functional assays, and comparative cross-linking to study in vivo assembled mesophilic Lactococcus lactis Csm (LlCsm) at the three functional states: apo, the CTR- and the NTR-bound. Unlike previously studied Csm complexes, we observed binding of 3'-PFS to Csm in absence of bound ATP and analyzed the structures of the four RNA cleavage sites. Interestingly, comparative crosslinking results indicate a tightening of the Csm3-Csm4 interface as a result of CTR but not NTR binding, reflecting a possible role of protein dynamics change during activation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xn5.cif.gz | 382.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xn5.ent.gz | 318.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xn5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/6xn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/6xn5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23825.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) 遺伝子: csm3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0CEA3 #2: タンパク質 | | 分子量: 87132.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) 遺伝子: cas10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0CEJ3 #3: タンパク質 | | 分子量: 33844.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) 遺伝子: csm4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0CFH1 #4: タンパク質 | | 分子量: 40492.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) 遺伝子: csm5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0CG31 #5: RNA鎖 | | 分子量: 10193.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas Apo Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 60.14 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 436641 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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