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- PDB-6xn1: Crystal structure of the GH43_1 enzyme from Xanthomonas citri com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xn1
タイトルCrystal structure of the GH43_1 enzyme from Xanthomonas citri complexed with xylose
要素Xylosidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / GH43 / xylose
機能・相同性Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / beta-D-xylopyranose / Xylosidase
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Morais, M.A.B. / Tonoli, C.C.C. / Santos, C.R. / Murakami, M.T.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/26982-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/19995-0 ブラジル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Two distinct catalytic pathways for GH43 xylanolytic enzymes unveiled by X-ray and QM/MM simulations.
著者: Morais, M.A.B. / Coines, J. / Domingues, M.N. / Pirolla, R.A.S. / Tonoli, C.C.C. / Santos, C.R. / Correa, J.B.L. / Gozzo, F.C. / Rovira, C. / Murakami, M.T.
履歴
登録2020年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylosidase
B: Xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,65214
ポリマ－80,4512
非ポリマー1,20112
水12,106672
1
A: Xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9188
ポリマ－40,2261
非ポリマー6937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7346
ポリマ－40,2261
非ポリマー5095
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.431, 165.682, 159.109
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Xylosidase


分子量: 40225.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: xsa, XAC4258 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PET2
#3: 糖 ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 682分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 30% (w/v) Polietilenoglicol 8,000, 0,1 M sodium cacodylate pH 6,5 and 10 % glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.33 Å / Num. obs: 77797 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.966 % / Biso Wilson estimate: 24.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.933 / Net I/σ(I): 16.74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.912.8780.5891.873284012818114120.8040.71789
1.91-2.043.5060.2514.444054412039115650.9510.29696.1
2.04-2.214.4040.1587.934809611209109210.9820.1897.4
2.21-2.425.3650.11112.235546210360103380.9940.12399.8
2.42-2.76.3890.0916.9859950939593840.9970.09899.9
2.7-3.126.1780.05825.351258831382970.9980.06399.8
3.12-3.816.1670.03936.7243543708170610.9990.04399.7
3.81-5.386.1990.03543.5934286555855310.9990.03999.5
5.38-36.7396.2230.03545.4419859322131910.9990.03899.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MLG

4mlg


解像度: 1.8→36.739 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 3839 4.94 %
Rwork0.1729 73945 -
obs0.1746 77784 97.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.14 Å2 / Biso mean: 25.98 Å2 / Biso min: 13.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→36.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5197 0 76 672 5945
Biso mean--37.34 31.58 -
残基数----662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2447424
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054760
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8151930
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.803-1.82540.45361010.3963242285
1.8254-1.84940.31751450.3047246590
1.8494-1.87470.28951370.2729250990
1.8747-1.90150.32061170.2641254491
1.9015-1.92990.27091310.249260093
1.9299-1.960.27971360.2308262595
1.96-1.99220.25131470.2136269296
1.9922-2.02650.24021330.2033275898
2.0265-2.06340.24351160.2071278999
2.0634-2.10310.23631340.2032274198
2.1031-2.1460.25471280.2085264394
2.146-2.19260.23191460.1948276199
2.1926-2.24360.25031420.1792799100
2.2436-2.29970.21661510.17252800100
2.2997-2.36190.21121350.17222815100
2.3619-2.43140.25941300.1752822100
2.4314-2.50980.22761610.17772778100
2.5098-2.59950.23621410.17562805100
2.5995-2.70360.25191580.17542811100
2.7036-2.82660.2031400.172803100
2.8266-2.97550.20471550.17842836100
2.9755-3.16190.20951450.17222792100
3.1619-3.40580.20951710.17422807100
3.4058-3.74830.19921450.15332847100
3.7483-4.290.16851610.13672845100
4.29-5.40210.13561650.1174286199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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