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- PDB-6xlo: Crystal structure of bRaf in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xlo
タイトルCrystal structure of bRaf in complex with inhibitor
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / IODIDE ION / Chem-V5J
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.493 Å
データ登録者Yin, J. / Eigenbrot, C. / Wang, W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Targeting KRAS Mutant Cancers via Combination Treatment: Discovery of a 5-Fluoro-4-(3 H )-quinazolinone Aryl Urea pan-RAF Kinase Inhibitor.
著者: Huestis, M.P. / Dela Cruz, D. / DiPasquale, A.G. / Durk, M.R. / Eigenbrot, C. / Gibbons, P. / Gobbi, A. / Hunsaker, T.L. / La, H. / Leung, D.H. / Liu, W. / Malek, S. / Merchant, M. / Moffat, ...著者: Huestis, M.P. / Dela Cruz, D. / DiPasquale, A.G. / Durk, M.R. / Eigenbrot, C. / Gibbons, P. / Gobbi, A. / Hunsaker, T.L. / La, H. / Leung, D.H. / Liu, W. / Malek, S. / Merchant, M. / Moffat, J.G. / Muli, C.S. / Orr, C.J. / Parr, B.T. / Shanahan, F. / Sneeringer, C.J. / Wang, W. / Yen, I. / Yin, J. / Siu, M. / Rudolph, J.
履歴
登録2020年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7035
ポリマ－65,6652
非ポリマー1,0383
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.059, 104.779, 60.258
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf


分子量: 32832.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-V5J / 3-(2-cyanopropan-2-yl)-N-[2-fluoro-4-methyl-5-(7-methyl-8-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyridazin-3-yl)phenyl]benzamide


分子量: 455.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H22FN5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG 3350, and 0.2M Na Nitrate, and 0.1 M bis-Tris propane pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→56.73 Å / Num. obs: 19111 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 41.02 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.193 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.49-2.633.20.55875527040.6880.360.662.394.8
7.88-49.893.30.08420696280.9870.0550.111.597

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (20-MAY-2020)精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C4C

3c4c


解像度: 2.493→56.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.861 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.823 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.73 / SU Rfree Blow DPI: 0.306 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.316
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2673 866 4.54 %RANDOM
Rwork0.2351 ---
obs0.2366 19069 97.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 74.99 Å2 / Biso mean: 30.69 Å2 / Biso min: 6.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6157 Å20 Å20.6171 Å2
2---1.2643 Å20 Å2
3---0.6487 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.493→56.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4074 0 69 87 4230
Biso mean--14.84 19.42 -
残基数----508
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1517SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes701HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4236HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion532SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3295SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4236HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5703HARMONIC20.86
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.96
LS精密化 シェル解像度: 2.493→2.52 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 27 6.08 %
Rwork0.237 417 -
obs--83.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7291-1.14110.72612.9246-0.75991.9921-0.09310.12350.1373-0.04190.0687-0.0511-0.2156-0.03630.02430.1091-0.00250.06250.01960.0220.0491-6.0095-20.1022-17.031
23.7261-1.5933-0.62773.46271.19742.2432-0.11690.1476-0.2658-0.03540.07310.16350.2385-0.03890.04380.1095-0.038-0.03010.0391-0.01280.07872.4654-52.5451-17.498
30.0156-0.08080.38171.30730.06010.580.08440.08080.2708-0.07720.0541-0.16670.1151-0.0487-0.1384-0.1504-0.00780.05150.0044-0.0406-0.3014-2.0401-35.9635-13.1044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A449 - 720
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B450 - 720
3X-RAY DIFFRACTION3{ S|* }B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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