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- PDB-6xki: Crystal structure of eIF4A-I in complex with RNA bound to des-MeP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xki
タイトルCrystal structure of eIF4A-I in complex with RNA bound to des-MePateA, a pateamine A analog
要素
  • Eukaryotic initiation factor 4A-I
  • RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*G)-3')
キーワードTRANSLATION/RNA/INHIBITOR / Inhibitor / RNA / Translation initiation / TRANSLATION / TRANSLATION-RNA-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / nuclear stress granule / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / cytoplasmic translational initiation ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / nuclear stress granule / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / cytoplasmic translational initiation / translation initiation factor activity / translational initiation / cytoplasmic stress granule / double-stranded RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent RNA helicase eIF4A, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...ATP-dependent RNA helicase eIF4A, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-V6D / RNA / Eukaryotic initiation factor 4A-I
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Liang, J. / Naineni, S.K. / Pelletier, J. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Functional mimicry revealed by the crystal structure of an eIF4A:RNA complex bound to the interfacial inhibitor, desmethyl pateamine A.
著者: Naineni, S.K. / Liang, J. / Hull, K. / Cencic, R. / Zhu, M. / Northcote, P. / Teesdale-Spittle, P. / Romo, D. / Nagar, B. / Pelletier, J.
履歴
登録2020年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic initiation factor 4A-I
B: RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7405
ポリマ－47,6682
非ポリマー1,0723
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.785, 99.942, 153.663
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Eukaryotic initiation factor 4A-I / eIF4A-I / ATP-dependent RNA helicase eIF4A-1


分子量: 44340.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif4a1, Ddx2a, Eif4a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60843, RNA helicase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*G)-3')


分子量: 3327.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 29分子

#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-V6D / (3S,6Z,8E,11S,15R)-15-amino-3-[(1E,3E,5E)-7-(dimethylamino)-2,5-dimethylhepta-1,3,5-trien-1-yl]-9,11-dimethyl-4,12-dioxa-20-thia-21-azabicyclo[16.2.1]henicosa-1(21),6,8,18-tetraene-5,13-dione / des-methyl Pateamine A


分子量: 541.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H43N3O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.7, 1.9 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→50 Å / Num. obs: 11588 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 50.56 Å2 / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 12.25
反射 シェル解像度: 2.87→2.95 Å / Num. unique obs: 453 / CC1/2: 0.811

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3861精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZC9

5zc9


解像度: 2.87→45.58 Å / SU ML: 0.2798 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.2723
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2623 536 5.05 %
Rwork0.2217 10088 -
obs0.2238 10624 87.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→45.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3022 222 70 26 3340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00323389
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.474632
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0396536
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.42051311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.87-3.160.29291050.28821595X-RAY DIFFRACTION57.34
3.16-3.620.28591300.25042641X-RAY DIFFRACTION92.96
3.62-4.560.25211400.212871X-RAY DIFFRACTION99.97
4.56-45.580.25191610.20362981X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.693992441240.5188536164350.2381973614620.5746902269440.214831245070.4858336335850.0273797871416-0.608259570569-0.1241628549650.803954753438-0.129144351309-0.3434893728320.3426264376040.008569980912880.0003502310885161.88434966093-0.198330652277-0.6429031301890.834437195532-0.1321706178580.633242274437-12.5686507104-29.2218334985-1.00221026439
20.7238027206290.8199224225810.820370418712.37786094575-0.5821944719422.53057176979-0.0460069635805-0.3626812091890.08611967230671.38384132872-0.175132878139-1.21824125355-0.4311748149250.788326337495-0.02849323643790.6625405089470.0156825945074-0.333080582230.441559496225-0.06000493453660.477796788994-14.8199647651-39.7255418635-16.0258301822
32.29698585494-0.418661506237-0.6577613109335.61923280433-0.05703056643072.207101975950.0439256169247-0.212705739936-0.05988913438421.069426283210.01874146753430.122483505875-0.0448482319987-0.231911446158-0.06666128029520.4150982576240.0131953643653-0.04570596829650.334284279288-0.01295744745520.219335111778-27.5197613801-42.4982315445-19.1648066307
40.9780868020740.448998899622-0.06940843126254.57800360636-1.878434782470.786519211607-0.0158949615341-0.3107127354980.6702866350370.771744160684-0.004682119198780.299820519836-0.00872333033727-0.220041379319-0.1788446644191.234318658180.2297729153840.3062951485660.706593886272-0.1105592942920.678807843649-31.9545448572-20.2682530392-17.5595181581
51.28871038532-0.454717307285-0.3687489290152.23111573003-0.7063764126941.63164306138-0.01782960829630.2708274071810.2516370678340.201696841172-0.023132444399-0.942204207069-0.1885443616640.256628290190.02047988776320.176929361787-0.0064244137881-0.05162879804930.4178407233990.02999857297460.696268070565-17.5291665483-17.7441327056-34.2059192378
61.52450129736-0.795467108624-2.24445605948.32526798815-0.7599789220063.809798525270.1973332456520.04898485474130.8103664053810.9584042019790.3304777240070.535895753501-0.526461452686-0.535819453535-0.3647291634540.5595409709750.1512982313910.1871649836210.4747798919130.02298443427420.793562026553-29.9058004176-14.7792387851-24.9228162853
73.52259174264-0.1617004504140.5582830693432.237424617871.252812485731.081760879270.114873408788-0.1060467684751.067492074460.8167330537420.314953073034-0.401893205511-0.1850484794210.246259394615-0.3643679131991.084569197770.1465933172570.2323473818750.6599825430630.04676181056680.975392408056-26.3936786802-4.9145808152-21.8201278345
80.627783418167-0.1629050432750.463083506131.54189460319-0.2090389557251.81025724951-0.1899107089880.2820506826170.0735839388801-0.03831763397410.08981816797471.02733419420.221421077974-0.5413918589860.0918095192429-0.862218683529-0.1450689059140.1667340085160.6564771533660.07834255689420.597630386923-26.3907512689-36.8300138588-36.1050600897
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 29 through 58 )AA29 - 581 - 30
22chain 'A' and (resid 59 through 167 )AA59 - 16731 - 139
33chain 'A' and (resid 168 through 226 )AA168 - 226140 - 198
44chain 'A' and (resid 227 through 255 )AA227 - 255199 - 227
55chain 'A' and (resid 256 through 353 )AA256 - 353228 - 325
66chain 'A' and (resid 354 through 390 )AA354 - 390326 - 362
77chain 'A' and (resid 391 through 406 )AA391 - 406363 - 378
88chain 'B' and (resid 1 through 10 )BD1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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