PDB-6xke: Structure of a mosquito complement inhibitor from Anopheles albimanus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xke

タイトル

Structure of a mosquito complement inhibitor from Anopheles albimanus

要素

Albicin

キーワード

PROTEIN BINDING / Inhibitor / complement / alternative pathway / C3bBb

機能・相同性

toxin activity / extracellular region / BROMIDE ION / gSG7 salivary protein

機能・相同性情報

生物種

Anopheles albimanus (カ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Strayer, E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Salivary complement inhibitors from mosquitoes: Structure and mechanism of action.
著者: Strayer, E.C. / Lu, S. / Ribeiro, J. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2020年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xke.cif.gz	158.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xke.ent.gz	125.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xke.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xke_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xke_full_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示
XML形式データ	6xke_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	6xke_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/6xke ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/6xke	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xl7C 6xmbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y1t-d 4y1s-d 4ofk-2 2m8x-d 3fso-2 1b67-d 2kl6-d 2f1e-d 7bfy-d 1raw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Albicin

B: Albicin

C: Albicin

ヘテロ分子

41 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Albicin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Albicin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Albicin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.680, 137.680, 61.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-202- BR
2	1	C-396- HOH
3	1	C-428- HOH

#1: タンパク質	Albicin 分子量: 13461.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anopheles albimanus (カ) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A1Y9G8D0
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium fluoride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→52.41 Å / Num. obs: 68450 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 11.06 % / B_iso Wilson estimate: 24.181 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 1.047 / Net I/σ(I): 19.14 / Num. measured all: 757079 / Scaling rejects: 862

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59	3.629	0.449	2.77	13815	5075	3807	0.842	0.514	75
1.59-1.64	8.494	0.431	4.95	42437	4998	4996	0.935	0.459	100
1.64-1.69	11.782	0.352	7.42	56493	4795	4795	0.973	0.369	100
1.69-1.74	11.641	0.298	8.66	54843	4711	4711	0.979	0.312	100
1.74-1.79	11.652	0.243	10.34	53028	4551	4551	0.985	0.255	100
1.79-1.86	11.565	0.201	12.21	50944	4405	4405	0.988	0.211	100
1.86-1.93	11.555	0.162	14.69	49142	4255	4253	0.991	0.17	100
1.93-2.01	11.77	0.131	17.93	48364	4110	4109	0.994	0.137	100
2.01-2.1	11.895	0.105	21.4	47141	3964	3963	0.996	0.109	100
2.1-2.2	11.975	0.093	24	44895	3750	3749	0.996	0.097	100
2.2-2.32	11.972	0.084	26.45	43052	3599	3596	0.997	0.088	99.9
2.32-2.46	11.996	0.077	27.82	41076	3427	3424	0.997	0.081	99.9
2.46-2.63	12.001	0.072	29.92	38222	3189	3185	0.997	0.076	99.9
2.63-2.84	11.981	0.07	31.01	36219	3024	3023	0.998	0.073	100
2.84-3.11	11.965	0.065	32.86	33011	2759	2759	0.998	0.068	100
3.11-3.48	11.839	0.058	34.42	30058	2539	2539	0.999	0.061	100
3.48-4.01	11.703	0.057	35.47	26309	2248	2248	0.998	0.06	100
4.01-4.92	11.621	0.057	35.73	22196	1910	1910	0.998	0.059	100
4.92-6.95	11.112	0.064	33.92	17002	1530	1530	0.998	0.067	100
6.95-52.41	9.846	0.075	32.52	8832	899	897	0.995	0.079	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
XDS	Nov 1, 2016	データ削減
XSCALE	Nov 1, 2016	データスケーリング
SHELX	2016/1	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.55→52.41 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 18.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2031	3193	4.76 %
R_work	0.1826	63909	-
obs	0.1836	67102	96.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.42 Å² / B_iso mean: 20.1213 Å² / B_iso min: 8.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→52.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2832	0	8	416	3256
B_iso mean	-	-	35.59	26.36	-
残基数	-	-	-	-	348

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.58	0.2727	75	0.2421	1512	1587	53
1.58-1.6	0.2281	147	0.2047	2542	2689	90
1.6-1.63	0.2136	130	0.1847	2680	2810	94
1.63-1.66	0.2142	138	0.1772	2709	2847	95
1.66-1.69	0.1976	140	0.1746	2733	2873	97
1.69-1.72	0.2271	136	0.1824	2787	2923	97
1.72-1.75	0.2365	126	0.187	2787	2913	97
1.75-1.79	0.2381	123	0.1895	2833	2956	98
1.79-1.83	0.2006	122	0.1855	2830	2952	98
1.83-1.88	0.2205	149	0.1793	2807	2956	99
1.88-1.93	0.174	158	0.1805	2813	2971	99
1.93-1.99	0.1827	141	0.1777	2864	3005	99
1.99-2.05	0.1836	117	0.1747	2841	2958	99
2.05-2.13	0.1975	151	0.17	2861	3012	99
2.13-2.21	0.194	135	0.1808	2871	3006	100
2.21-2.31	0.2047	137	0.1727	2863	3000	100
2.31-2.43	0.2116	162	0.1827	2882	3044	100
2.43-2.59	0.1737	168	0.1772	2858	3026	100
2.59-2.78	0.2391	158	0.1996	2886	3044	100
2.78-3.06	0.2178	137	0.1929	2928	3065	100
3.06-3.51	0.2088	127	0.1786	2949	3076	100
3.51-4.42	0.198	158	0.1645	2968	3126	100
4.42-52.41	0.1849	158	0.1999	3105	3263	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8821	-0.128	-0.1253	2.2491	-1.6022	4.2622	0.0336	0.0286	-0.0116	0.0836	0.0193	-0.0263	0.1038	-0.0157	-0.0487	0.0831	0.0139	0.0066	0.101	-0.0046	0.1074	15.6182	11.5581	42.8573
2	1.0747	-0.2949	0.1969	3.4157	-1.012	0.9635	-0.0004	-0.0181	-0.0268	0.003	-0.011	-0.0503	0.0239	0.042	0.013	0.0346	-0.0048	0.0067	0.1049	0.0002	0.0746	30.8378	31.1135	29.048
3	1.3737	-0.6333	-0.065	3.3343	0.3391	1.4677	0.0184	0.0511	0.0448	-0.2122	-0.0075	-0.0923	0.1271	0.0329	-0.0021	0.1487	0.0044	0.0098	0.1195	0.0016	0.0501	23.8438	19.2931	12.2378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 1 through 116)	A	1 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 1 through 116)	B	1 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 1 through 116)	C	1 - 116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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