PDB-6xjo: Human atlastin-3 (residues 1-334) bound to GDP-Mg2+ exhibits an o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xjo

タイトル

Human atlastin-3 (residues 1-334) bound to GDP-Mg2+ exhibits an ordered amino terminus

要素

Atlastin-3

キーワード

HYDROLASE / GTPase / fusogen

機能・相同性

機能・相同性情報

endoplasmic reticulum tubular network membrane / endoplasmic reticulum tubular network membrane organization / GTPase-dependent fusogenic activity / endoplasmic reticulum tubular network / endoplasmic reticulum membrane fusion / endoplasmic reticulum organization / protein homooligomerization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

O'Donnell, J.P. / Sondermann, H.

引用

ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2021
タイトル: The hypervariable region of atlastin-1 is a site for intrinsic and extrinsic regulation.
著者: Kelly, C.M. / Byrnes, L.J. / Neela, N. / Sondermann, H. / O'Donnell, J.P.

履歴

登録	2020年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	6xjo_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
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-
関連構造データ

関連構造データ	6xjnC 5vgrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2e8y-1 4gs0-d 6oao-1 1w5a-d 3wdh-d 2e8z-1 2e8z-2 2e9b-2 2e9b-1 6oao-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Atlastin-3

B: Atlastin-3

ヘテロ分子

76.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, The dimer assembly is true for ATL3 1-442 which was validated with FRET measurements and light scattering. ATL3 1-334 described here does not dimerize in solution but ...根拠: light scattering, The dimer assembly is true for ATL3 1-442 which was validated with FRET measurements and light scattering. ATL3 1-334 described here does not dimerize in solution but represents a biologically relevant state

2

A: Atlastin-3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Atlastin-3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.480, 88.040, 168.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Atlastin-3 分子量: 37636.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATL3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6DD88, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 187.5 mM Ammonium acetate, 21.5% PEG3350, 100 mM Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 39632 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 39.62 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / Num. unique obs: 2864 / CC_1/2: 0.665 / R_rim(I) all: 1.517

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5VGR

5vgr

解像度: 2.1→44.02 Å / SU ML: 0.2623 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.0788
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2308	3775	5.06 %
R_work	0.1785	70826	-
obs	0.1812	39632	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4780	0	58	240	5078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	4947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9111	6718
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	761
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	847
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.0168	674

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.13	0.3455	139	0.304	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.13-2.15	0.358	135	0.2859	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.3055	141	0.2825	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.18-2.22	0.2612	139	0.2608	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.22-2.25	0.2997	140	0.2518	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.28	0.2873	140	0.2467	2569	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.28-2.32	0.2758	142	0.2487	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.36	0.2921	141	0.2402	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.2889	142	0.2232	2556	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.4-2.45	0.2652	142	0.2252	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.45-2.5	0.3024	140	0.2165	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.55	0.2692	137	0.2098	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.55-2.61	0.2754	145	0.2104	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.68	0.2659	140	0.2026	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.75	0.294	143	0.1976	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.75-2.83	0.2301	139	0.2001	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.83-2.92	0.2659	141	0.1953	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.92-3.03	0.2323	133	0.1934	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.03-3.15	0.2305	143	0.1697	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.29	0.2192	133	0.1793	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.47	0.2493	143	0.1659	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.68	0.2268	145	0.1555	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.68-3.97	0.1696	142	0.1432	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.97-4.37	0.1993	136	0.1298	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.37-5	0.1812	142	0.1322	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
5-6.29	0.2027	134	0.1701	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.29-44.02	0.2164	138	0.1725	2554	X-RAY DIFFRACTION	97.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.55539581715	0.632579393651	-2.93089363523	5.73021890203	2.16232752464	2.41953553352	-0.60088609471	-1.14201349348	-0.565716214066	0.960059786745	-0.00237051534504	0.752273251894	2.20532676464	0.119601474155	0.501712364844	0.870403486676	-0.0140221714237	0.0642816184559	0.622252976832	0.101621439353	0.538447591576	55.2417530163	-13.6049835187	-45.5560484833
2	1.5465960288	-0.178050489639	-0.240361783622	4.08460310761	-1.33316803716	2.70745292907	0.103030658445	0.141104553222	0.366487389204	-0.26581090144	-0.0701377525134	-0.326881187016	-0.471522754493	0.0889926859441	-0.0447841706117	0.320552087634	-0.00747716385285	0.0315689956226	0.288884678276	0.0390455105532	0.382977470602	39.8044853956	5.80454867048	-14.5490773695
3	1.88958381728	-0.0471369274059	-0.264810366442	3.08099400115	-1.4199058202	2.93561171346	0.118664094454	0.171138031505	0.444378086822	-0.116700659617	0.0448596938563	-0.161683367009	-0.552213739663	-0.0169467083914	-0.143671088796	0.361077718455	0.0208857502755	0.0359581932959	0.282879362684	6.33000025673E-5	0.372079244865	36.0931585205	6.06609130056	-12.9610772687
4	2.16652780152	-0.326015663672	0.426847689078	2.46774824828	-0.123005040381	4.71906699259	-0.00436262787943	-0.309135689672	0.158013418976	0.568273833836	-0.0355424448038	0.531328579702	0.159924895288	-0.542732485052	0.0611555357659	0.339075732665	-0.00182295140487	0.128789721435	0.336275239439	-0.0625735597843	0.335611113816	40.0790541454	-10.5642306521	28.9340770462
5	1.08099555587	0.131334936515	-0.582022600831	3.14008276329	-0.132881843648	4.40972654689	-0.0490957557001	0.00962315006167	0.132297671796	0.212514307779	-0.0473318645261	0.0469622053478	-0.139936409874	-0.0447140443143	0.0724224680607	0.191220681248	0.0316941950673	-0.0370904378719	0.263344651108	-0.0266136758828	0.260126101064	50.1551941661	-3.7568784504	19.6656777503
6	1.35812751479	-0.159354096979	0.431440072176	1.93522124297	-0.137958363663	3.1572228535	-0.0347010715786	-0.155796319291	0.145925396722	0.298368265792	-0.0134720283623	-0.00812541113002	-0.0400386279754	0.098136235461	0.0542769562316	0.247013717202	0.0368981687728	0.0346052241368	0.259030092335	-0.0185131359203	0.262036059252	48.5510755791	-8.65856075941	22.1859153506

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:21)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 22:241)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 242:332)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 22:100)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 101:246)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 247:333)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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