PDB-6xj4: Triuret Hydrolase (TrtA) from Herbaspirillum sp. BH-1 C162S bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xj4

タイトル

Triuret Hydrolase (TrtA) from Herbaspirillum sp. BH-1 C162S bound with biuret

要素

Cysteine hydrolase

キーワード

HYDROLASE / TrtA / triuret / biuret / cysteine hydrolase / nitrogen

機能・相同性

機能・相同性情報

amide catabolic process / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Herbaspirillum sp. BH-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Tassoulas, L.T. / Elias, M.H. / Wackett, L.P.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
United States Department of Agriculture (USDA)	2019-67019-29403	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	5T32GM008347-28	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of an ultraspecific triuret hydrolase (TrtA) establishes the triuret biodegradation pathway.
著者: Tassoulas, L.J. / Elias, M.H. / Wackett, L.P.

履歴

登録	2020年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xj4.cif.gz	191.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xj4.ent.gz	146.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xj4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xj4_validation.pdf.gz	747.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xj4_full_validation.pdf.gz	750.3 KB	表示
XML形式データ	6xj4_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	6xj4_validation.cif.gz	50.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/6xj4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xixSC 6xjeC 6xjmC 6xk1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xje-1 1f4u-1 6xix-1 6xje-2 6xix-3 4tt5-d 6xix-4 4fdn-d 3b4x-d 5xsr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine hydrolase

B: Cysteine hydrolase

C: Cysteine hydrolase

D: Cysteine hydrolase

ヘテロ分子

97.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine hydrolase

B: Cysteine hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Cysteine hydrolase

D: Cysteine hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.630, 114.180, 141.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cysteine hydrolase / triuret hydrolase 分子量: 24196.664 Da / 分子数: 4 / 変異: C162S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Herbaspirillum sp. BH-1 (バクテリア) 遺伝子: HBH1_00246 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N6JFX7
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-C5J / dicarbonimidic diamide / ビウレット分子量: 103.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1uL 10 mg/mL TrtA + 1 uL 26% w/v PEG6000, 0.1 M Bis-Tris propane, 30 mM biuret, pH 9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.992 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月12日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.992 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→57.09 Å / Num. obs: 80968 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.85 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12.44
反射シェル	解像度: 1.78→1.88 Å / 冗長度: 3.77 % / R_merge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 4.26 / Num. unique obs: 23387 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Coot	0.8.9.2	モデル構築
XDS	BUILT=20190315	データスケーリング
MOLREP	11	位相決定
XDS	BUILT=20190315	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6XIX

6xix

解像度: 1.78→57.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.072 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1872	4049	5.001 %
R_work	0.1557	76919	-
all	0.157	-	-
obs	-	80968	99.928 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.334 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.077 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.102 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.178 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→57.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6698	0	27	412	7137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	6918
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.703	1.647	9410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.468	1.569	15129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.519	5	889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.407	21.06	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.863	15	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.523	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	905
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.038	7861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.09	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	6108
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	3449
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.277	2.639	3544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.259	2.638	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.968	3.944	4437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.968	3.944	4438
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.85	3.095	3374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.85	3.096	3375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.693	4.466	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.693	4.467	4974
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.51	32.509	7386
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.407	32.184	7308

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.78-1.826	0.219	294	0.187	5585	0.189	5879	0.918	0.931	100	0.17
1.826-1.876	0.212	289	0.172	5481	0.174	5770	0.934	0.943	100	0.154
1.876-1.931	0.213	281	0.164	5354	0.166	5637	0.939	0.952	99.9645	0.15
1.931-1.99	0.191	274	0.16	5199	0.162	5473	0.949	0.953	100	0.147
1.99-2.055	0.202	264	0.149	5009	0.152	5277	0.949	0.963	99.9242	0.137
2.055-2.127	0.193	254	0.145	4834	0.147	5091	0.951	0.96	99.9411	0.138
2.127-2.207	0.188	247	0.143	4697	0.146	4946	0.955	0.966	99.9596	0.139
2.207-2.297	0.176	239	0.146	4527	0.148	4770	0.961	0.965	99.9161	0.144
2.297-2.399	0.188	229	0.142	4355	0.144	4593	0.957	0.968	99.804	0.144
2.399-2.516	0.194	219	0.155	4156	0.157	4376	0.953	0.963	99.9771	0.161
2.516-2.652	0.2	209	0.149	3980	0.151	4190	0.957	0.968	99.9761	0.158
2.652-2.812	0.17	197	0.146	3750	0.147	3949	0.97	0.971	99.9494	0.16
2.812-3.006	0.179	188	0.142	3570	0.144	3758	0.969	0.975	100	0.159
3.006-3.246	0.179	174	0.157	3308	0.159	3482	0.964	0.966	100	0.182
3.246-3.555	0.178	161	0.154	3055	0.156	3217	0.965	0.967	99.9689	0.182
3.555-3.973	0.181	147	0.152	2799	0.153	2954	0.961	0.97	99.7292	0.182
3.973-4.583	0.157	130	0.145	2456	0.145	2592	0.976	0.977	99.7685	0.179
4.583-5.604	0.182	111	0.163	2113	0.164	2229	0.968	0.975	99.7757	0.212
5.604-7.888	0.262	89	0.203	1689	0.206	1778	0.93	0.953	100	0.256
7.888-57.09	0.181	53	0.174	1001	0.174	1061	0.969	0.971	99.3402	0.226

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