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- PDB-6xj3: Crystal structure of Class D beta-lactamase from Klebsiella quasi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xj3
タイトルCrystal structure of Class D beta-lactamase from Klebsiella quasipneumoniae in complex with avibactam
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / class D beta-lactamase / structural genomic / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NXL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae 700603 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Chang, C. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Class D beta-lactamase from Klebsiella quasipneumoniae
著者: Chang, C. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2020年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,42016
ポリマ－118,7064
非ポリマー1,71412
水8,773487
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0464
ポリマ－29,6771
非ポリマー3693
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3647
ポリマ－29,6771
非ポリマー6886
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0663
ポリマ－29,6771
非ポリマー3892
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9442
ポリマ－29,6771
非ポリマー2671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.552, 88.669, 76.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 29676.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae 700603 (肺炎桿菌)
遺伝子: oxa-2, blaOXA-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4LAV3, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 499分子

#2: 化合物
ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Calcium chloride, 0.1M Tris-chloride, 25% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 75097 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.928 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 253183
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.882.30.32229970.8680.2650.420.95978.1
1.88-1.922.50.2932810.9060.2270.3710.94685
1.92-1.952.70.25535320.9220.1880.3190.91691.6
1.95-1.993.20.19337590.960.1280.2330.94797.1
1.99-2.043.60.16938190.9740.1050.20.98799.1
2.04-2.083.50.14738450.9780.0910.1731.00399.3
2.08-2.143.50.12438310.9830.0770.1470.99999.3
2.14-2.193.50.10338260.9880.0640.1221.02698.5
2.19-2.263.40.08838260.990.0560.1050.99698.9
2.26-2.333.30.08237970.990.0530.0970.97397.9
2.33-2.413.60.07138500.9930.0440.0830.93799.5
2.41-2.513.60.06538430.9940.040.0770.91999
2.51-2.633.50.05338470.9950.0330.0620.88598.9
2.63-2.763.50.04738250.9960.030.0560.87898.6
2.76-2.943.50.04438390.9950.0280.0520.87198.8
2.94-3.163.60.03938900.9960.0240.0450.80599.5
3.16-3.483.60.03438200.9970.0210.040.80598.5
3.48-3.993.50.03238340.9970.020.0380.84498.6
3.99-5.023.60.03439030.9960.0210.040.91299.4
5.02-503.50.03439330.9980.0220.0410.97798.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
SBC-Collectデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K38

1k38


解像度: 1.85→34.59 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2193 3605 4.95 %
Rwork0.1799 69209 -
obs0.1818 72814 93.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.4 Å2 / Biso mean: 24.1915 Å2 / Biso min: 2.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→34.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7928 0 107 487 8522
Biso mean--36.31 25.48 -
残基数----964
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.880.2745750.22141308138347
1.88-1.90.291850.23851627171258
1.9-1.930.28151110.23042069218073
1.93-1.960.27141560.2242421257787
1.96-1.990.27481620.20842684284695
1.99-2.020.24761270.19912801292899
2.02-2.050.25521460.19912839298599
2.05-2.090.28011480.19382773292199
2.09-2.130.20711340.19952825295999
2.13-2.180.22381460.19252810295699
2.18-2.220.24631510.18452766291799
2.22-2.270.23461350.19572790292599
2.27-2.330.26641390.1952796293598
2.33-2.390.23271520.19042826297899
2.39-2.470.26521490.2052793294299
2.47-2.540.21771390.19182834297399
2.54-2.640.22631420.18112802294499
2.64-2.740.24221680.18972762293099
2.74-2.870.25241340.19612815294998
2.87-3.020.21611620.19628302992100
3.02-3.210.25751410.18922815295699
3.21-3.450.23331290.17492839296899
3.45-3.80.16721440.16072795293998
3.8-4.350.15221610.140528533014100
4.35-5.480.1691390.13972824296398
5.48-34.590.18581300.1642912304299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0005-0.0006-0.00010.0003-0.0002-0.00010.0009-0.01380.0062-0.0013-0.00250.0009-0.0072-0.0068-0.00080.16080.09040.05880.2482-0.04850.20926.544243.81313.2153
20.0033-0.0024-0.00270.00160.00070.00220.0182-0.0019-0.00740.0264-0.0214-0.0073-0.0043-0.0145-00.16960.02990.00130.25820.04250.178930.637234.94787.0755
30.02580.0224-0.03820.019-0.03270.05840.03670.0018-0.03140.0030.0540.01260.0197-0.06010.02170.12250.0236-0.07450.2896-0.06350.236229.942225.4892-6.4099
40.0027-0.0030.00240.01190.00610.02050.01180.0401-0.0264-0.0129-0.01370.00980.0018-0.0105-0.00940.22890.1104-0.10710.2707-0.10460.145545.618821.8383-19.345
50.00070.001-0.00010.0065-0.00130.00080.00850.0064-0.0185-0.01020.0026-0.00090.0144-0.013-0.00210.1779-0.0606-0.11930.3092-0.08690.304927.446316.7494-12.7573
60.013-0.0117-0.01510.03130.02750.02340.0402-0.0114-0.0907-0.0244-0.04260.0347-0.0206-0.1221-0.01370.0839-0.0082-0.01850.20540.02740.126638.270927.4835-1.4571
70.00270.00290.00140.0060.00080.00330.0272-0.00770.0234-0.0015-0.0158-0.0041-0.0083-0.00180.0010.14630.08390.04510.2623-0.00340.150336.65741.7366-3.5554
80.03280.0231-0.03030.0652-0.05740.0593-0.00880.02790.0261-0.0170.05380.0710.028-0.0690.08150.0274-0.0057-0.05660.03850.00040.100325.03440.082230.9921
90.002-0.0075-0.01040.03230.03040.0477-0.0267-0.0334-0.00980.0223-0.00490.0202-0.0078-0.0246-0.03710.14210.08420.0420.0738-0.01270.040736.346647.869254.5445
100.0051-0.00820.00830.0098-0.01090.0107-0.0307-0.00940.0614-0.0062-0.00920.0893-0.0818-0.0565-0.0890.05260.0623-0.0355-0.00150.01860.08329.782653.884838.4701
110.02140.03150.01390.05330.01720.0433-0.0212-0.0070.00020.0235-0.0220.07790.072-0.0713-0.05560.0315-0.05710.03860.0213-0.00080.067431.55835.195335.777
120.00470.00450.00250.03790.05220.0773-0.01770.00210.0460.01290.0658-0.0760.05340.12070.07930.06360.04710.01910.09670.03830.120166.592836.597744.3578
130.00230.0048-0.00440.0064-0.00560.00580.00870.03680.0096-0.0359-0.0201-0.03170.01760.01230.01670.15550.0210.11250.15440.13740.064356.096546.239520.3272
140.0015-0.0051-0.00570.09720.07240.0538-0.00470.04040.0453-0.06180.0122-0.1197-0.04840.08710.04750.0122-0.09710.02880.00220.09150.123364.016751.552336.3194
150.023-0.01330.00530.06130.00240.0355-0.01110.0311-0.0081-0.02750.0176-0.06890.08210.07020.02950.01620.1190.0405-0.07880.01850.057459.029833.353839.1278
160.07260.0431-0.00780.12660.09470.16150.08190.0254-0.04880.01170.0620.00780.02910.08740.1180.11450.0101-0.00780.1990.06030.099672.788127.91110.4369
170.0024-0.0026-0.00050.0029-0.00070.00120.0108-0.0098-0.00850.01920.0014-0.00260.0325-0.01680.01480.2123-0.0025-0.00070.34260.16610.185354.141621.845119.6549
180.0002-0.0004-0.00040.01180.00220.00070.0029-0.0461-0.06970.01820.01730.01440.06570.02570.02680.20460.0604-0.07680.10280.05790.218665.402814.44266.9111
190.027-0.0112-0.01940.02580.01850.01920.0614-0.03650.00690.0044-0.0027-0.0148-0.0210.04180.06090.1117-0.0212-0.03130.11190.03630.045565.245532.99872.5374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 38 )A25 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 56 )A39 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 85 )A57 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 86 through 133 )A86 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 134 through 167 )A134 - 167
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 168 through 241 )A168 - 241
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 242 through 265 )A242 - 265
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 24 through 85 )B24 - 85
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 86 through 132 )B86 - 132
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 133 through 196 )B133 - 196
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 197 through 266 )B197 - 266
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 24 through 84 )C24 - 84
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 85 through 132 )C85 - 132
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 133 through 196 )C133 - 196
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 197 through 265 )C197 - 265
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 25 through 84 )D25 - 84
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 85 through 133 )D85 - 133
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 134 through 196 )D134 - 196
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 197 through 265 )D197 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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