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- PDB-6xiv: SeMet-Rns, in complex with potential inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xiv
タイトルSeMet-Rns, in complex with potential inhibitor
要素Regulatory protein Rns
キーワードDNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR / Rns / ETEC / transcription factor / inhibitor / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANOIC ACID / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / DNA-binding dual transcriptional regulator Rns
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Midgett, C.R. / Kull, F.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI060031 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structure of the master regulator Rns reveals an inhibitor of enterotoxigenic Escherichia coli virulence regulons.
著者: Midgett, C.R. / Talbot, K.M. / Day, J.L. / Munson, G.P. / Kull, F.J.
履歴
登録2020年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein Rns
B: Regulatory protein Rns
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3445
ポリマ－62,8652
非ポリマー4793
水00
1
A: Regulatory protein Rns
ヘテロ分子

B: Regulatory protein Rns
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3445
ポリマ－62,8652
非ポリマー4793
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area2530 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area29540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.510, 49.970, 102.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 8 through 263)
21(chain B and (resid 8 through 95 or resid 98 through 263))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULYSLYS(chain A and resid 8 through 263)AA8 - 2638 - 263
21GLUGLUSERSER(chain B and (resid 8 through 95 or resid 98 through 263))BB8 - 958 - 95
22ASPASPLYSLYS(chain B and (resid 8 through 95 or resid 98 through 263))BB98 - 26398 - 263

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein Rns


分子量: 31432.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ETEC / 遺伝子: rns / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 DE3 / 参照: UniProt: P16114
#2: 化合物 ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸


分子量: 172.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M malic acid pH 7, 6% PEG 3350, 0.01 M Betaine hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979184 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.2884 Å / Num. obs: 17538 / % possible obs: 94.93 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 89.24 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.67
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 1743 / CC1/2: 0.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.2884 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.49 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2999 1679 9.92 %
Rwork0.2423 15238 -
obs0.2482 16917 95.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 235.62 Å2 / Biso mean: 93.971 Å2 / Biso min: 46.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→29.2884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4189 0 33 0 4222
Biso mean--89.13 --
残基数----513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9265739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8532644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004712
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2329X-RAY DIFFRACTION8.196TORSIONAL
12B2329X-RAY DIFFRACTION8.196TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8-2.88230.48221270.4008114186
2.8823-2.97530.41251190.3671116789
2.9753-3.08150.48011280.3625120190
3.0815-3.20480.40561340.332122193
3.2048-3.35040.38231380.3284126995
3.3504-3.52680.31271360.2622129697
3.5268-3.74730.30031540.259127998
3.7473-4.0360.31821400.2439131798
4.036-4.44090.29011570.2238130398
4.4409-5.08060.25451390.1892133299
5.0806-6.390.3021530.2502134299
6.39-29.28840.25721540.2098137098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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