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- PDB-6xi9: X-ray crystal structure of MqnE from Pedobacter heparinus in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xi9
タイトルX-ray crystal structure of MqnE from Pedobacter heparinus in complex with aminofutalosine and methionine
要素Aminodeoxyfutalosine synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Iron-Sulfur cluster / Radical SAM / menaquinone biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxyfutalosine synthase / aminodeoxyfutalosine synthase activity / menaquinone biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
FO synthase, subunit 2 / Aminodeoxyfutalosine synthase / F420, menaquinone cofactor biosynthesis / CofH/MqnC-like, C-terminal domain / CofH/MqnC C-terminal region / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
METHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-V47 / Aminodeoxyfutalosine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pedobacter heparinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Grove, T.L. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21-AI133329 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118303-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM093342 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM094662 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Narrow-Spectrum Antibiotic Targeting of the Radical SAM Enzyme MqnE in Menaquinone Biosynthesis.
著者: Carl, A.G. / Harris, L.D. / Feng, M. / Nordstrom, L.U. / Gerfen, G.J. / Evans, G.B. / Silakov, A. / Almo, S.C. / Grove, T.L.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminodeoxyfutalosine synthase
B: Aminodeoxyfutalosine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6149
ポリマ－97,7512
非ポリマー1,8647
水10,413578
1
A: Aminodeoxyfutalosine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8255
ポリマ－48,8751
非ポリマー9504
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aminodeoxyfutalosine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7894
ポリマ－48,8751
非ポリマー9143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.512, 75.079, 83.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aminodeoxyfutalosine synthase / Aminofutalosine synthase / Menaquinone biosynthetic enzyme MqnE


分子量: 48875.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pedobacter heparinus (strain ATCC 13125 / DSM 2366 / CIP 104194 / JCM 7457 / NBRC 12017 / NCIMB 9290 / NRRL B-14731 / HIM 762-3) (バクテリア)
株: ATCC 13125 / DSM 2366 / CIP 104194 / JCM 7457 / NBRC 12017 / NCIMB 9290 / NRRL B-14731 / HIM 762-3
遺伝子: mqnE, Phep_1880
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: C6XW09, aminodeoxyfutalosine synthase

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非ポリマー , 5種, 585分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#4: 化合物 ChemComp-V47 / 9-[7-(3-carboxyphenyl)-5,6-dideoxy-beta-D-ribo-heptodialdo-1,4-furanosyl]-9H-purin-6-amine / Aminofutalosine / アミノフタロシン


分子量: 413.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N5O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M K-Na-Tartrate, 20% polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98393 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→20 Å / Num. obs: 46050 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 0.387 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 280095
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.14-2.185.90.60923160.7910.2720.670.26698.7
2.18-2.225.80.56523120.80.2530.6210.27698
2.22-2.265.70.50723130.8270.2290.5580.3698.2
2.26-2.315.70.45823080.8810.2060.5040.28398.3
2.31-2.365.80.40123100.8980.180.4410.27197.8
2.36-2.415.60.36822840.9150.1680.4060.27997.5
2.41-2.475.30.33222700.9190.1570.3690.28296.4
2.47-2.5450.29320410.9270.1410.3270.2885.9
2.54-2.615.50.25522600.9540.1170.2820.28994.5
2.61-2.76.60.22123340.9750.0920.2390.31399.3
2.7-2.796.70.1923430.9810.0790.2060.30799.4
2.79-2.96.80.16623720.9870.0680.180.3299.6
2.9-3.036.90.13523350.9920.0550.1460.34899.7
3.03-3.196.80.10823560.9950.0440.1170.38499.5
3.19-3.396.70.08923640.9960.0370.0960.42799.3
3.39-3.656.40.07323450.9970.0310.0790.47199.2
3.65-4.026.30.06123770.9970.0260.0670.57598.8
4.02-4.595.40.04822400.9980.0220.0530.57794.6
4.59-5.765.90.04521670.9980.020.0490.54689.9
5.76-206.80.03824030.9990.0160.0410.77698.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.14→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.113 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 2000 4.3 %RANDOM
Rwork0.1511 ---
obs0.1531 44034 96.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.71 Å2 / Biso mean: 27.028 Å2 / Biso min: 13.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å2-0.09 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6237 0 95 578 6910
Biso mean--25.9 33.16 -
残基数----760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0136550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5581.6688870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5491.59213687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0215767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.08422.749382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.641151153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4371539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021419
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.191 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 146 -
Rwork0.212 3209 -
obs--96.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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