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- PDB-6xhh: Far-red absorbing dark state of JSC1_58120g3 with bound 18-1, 18-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xhh
タイトルFar-red absorbing dark state of JSC1_58120g3 with bound 18-1, 18-2 dihydrobiliverdin IXa (DHBV), the native chromophore precursor
要素JSC1_58120g3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cyanobacteriochrome GAF Domain Phytochrome-superfamily 18-1 / 18-2 Dihydrobiliverdin
機能・相同性mesobiliverdin IX(alpha)
機能・相同性情報
生物種[Leptolyngbya] sp. JSC-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Moreno, M.V. / Rockwell, N.C. / Fisher, A.J. / Lagarias, J.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-09ER16117 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM068552 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM07377 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: A far-red cyanobacteriochrome lineage specific for verdins.
著者: Moreno, M.V. / Rockwell, N.C. / Mora, M. / Fisher, A.J. / Lagarias, J.C.
履歴
登録2020年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JSC1_58120g3
B: JSC1_58120g3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,72312
ポリマ－42,0532
非ポリマー1,67010
水6,774376
1
A: JSC1_58120g3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9247
ポリマ－21,0271
非ポリマー8976
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: JSC1_58120g3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8005
ポリマ－21,0271
非ポリマー7734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.286, 35.814, 74.875
Angle α, β, γ (deg.)100.190, 95.370, 89.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 JSC1_58120g3


分子量: 21026.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) [Leptolyngbya] sp. JSC-1 (バクテリア)
プラスミド: pBAD-CBD
詳細 (発現宿主): intein-CBD tag, Ampicillin resistance
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG 194
#2: 化合物 ChemComp-M1V / mesobiliverdin IX(alpha) / メソビリベルジン


分子量: 586.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H38N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細The added ligand was 18-1, 18-2 dihydrobiliverdin IXa that forms a covalent adduct with the ...The added ligand was 18-1, 18-2 dihydrobiliverdin IXa that forms a covalent adduct with the protein, which is equivalent to a mesobiliverdin IXa moiety bonded to Cys636.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.25 M Ammonium Citrate, 25% (v/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→36.68 Å / Num. obs: 44374 / % possible obs: 84.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 169907
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.8 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.530.57478512650.7970.3360.6622.248.9
8.22-36.680.02121231510.0120.02344.198.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
PHENIX1.14-3260-000精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Aimless0.7.1データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W2Z

3w2z


解像度: 1.5→30.521 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 2185 4.93 %
Rwork0.1944 --
obs0.1963 44337 84.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.58 Å2 / Biso mean: 20.7147 Å2 / Biso min: 7.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→30.521 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2932 0 118 378 3428
Biso mean--19.31 30.28 -
残基数----359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0044221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3962527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005546
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5-1.53270.2823880.2417155950
1.5327-1.56830.3243860.2468199563
1.5683-1.60750.2891290.2305258582
1.6075-1.6510.27291320.2205276090
1.651-1.69960.26271420.2215285090
1.6996-1.75440.22711430.2218270988
1.7544-1.81710.28631310.2194259383
1.8171-1.88990.2981420.2063281990
1.8899-1.97590.25451540.2054280690
1.9759-2.080.24591560.1977276288
2.08-2.21030.2321330.1883260283
2.2103-2.38090.21441460.1937286091
2.3809-2.62040.24181660.1983282091
2.6204-2.99930.24291440.1885274088
2.9993-3.77760.19641530.1741284992
3.7776-30.520.20071400.1828284390

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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