PDB-6xhe: Structure of beta-prolinyl 5'-O-adenosine phosphoramidate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xhe

タイトル

Structure of beta-prolinyl 5'-O-adenosine phosphoramidate

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNase A complex / phosphoramidate structure

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Pallan, P.S. / Egli, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: The Enzyme-Free Release of Nucleotides from Phosphoramidates Depends Strongly on the Amino Acid.
著者: Jovanovic, D. / Tremmel, P. / Pallan, P.S. / Egli, M. / Richert, C.

履歴

登録	2020年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xhe.cif.gz	66.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xhe.ent.gz	47.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xhe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xhe_validation.pdf.gz	812.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xhe_full_validation.pdf.gz	817.1 KB	表示
XML形式データ	6xhe_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	6xhe_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/6xhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/6xhe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xhcC 6xhdC 6xhfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	8rat-d 2w5k-1 1fs3-d 2e3w-d 6etk-d 5obd-2 2oqf-1 1c9v-d 1ymn-d 1o0o-2 5jml-2 3mzq-d 7rat-d 3i67-d 3di8-d 4ao1-d 1dy5-1 3i7y-d 4rte-d 3eux-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (9)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (9)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.002, 32.795, 74.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.33, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / 器官: Pancreas / 器官 (発現宿主): Pancreas / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-V2J / 5'-O-[(S)-[(3S)-3-carboxypyrrolidin-1-yl](hydroxy)phosphoryl]adenosine 分子量: 444.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₁N₆O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 3350, 20 MM SODIUM CITRATE, PH 5.5, Glycinyl-5'-O-adenosine phosphoramidate soaking was achieved as follows. 1 uL of a stock solution of 50 mM ligand was ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 3350, 20 MM SODIUM CITRATE, PH 5.5, Glycinyl-5'-O-adenosine phosphoramidate soaking was achieved as follows. 1 uL of a stock solution of 50 mM ligand was added to 2uL of reservoir solution, to achieve a concentration of ~25 mM in the soaking solution. A few RNase A crystals were soaked for 45 - 90 minutes in the soaking solution

結晶

マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.03 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 3350, 20 MM SODIUM CITRATE, PH 5.5, Glycinyl-5'-O-adenosine phosphoramidate soaking was achieved as follows. 1 uL of a stock solution of 50 mM ligand was ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月10日 / 詳細: C(111)
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→29.81 Å / Num. obs: 19587 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.094 / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 24.93
反射シェル	解像度: 1.88→1.97 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.951 / Num. unique obs: 1765 / R_sym value: 0.951 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Single RNase molecule from PDB-ID

解像度: 1.88→29.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 6.451 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26463	968	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20482	-	-	-
obs	0.20769	18618	96.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.318 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.83 Å²	-0 Å²	-1.67 Å²
2-	-	-2.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.88→29.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	53	98	2053

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.578	1.681	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.319	1.595	3992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.101	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.043	23.958	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.044	15	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.406	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	376
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.237	4.544	992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.228	4.536	989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.937	6.802	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.937	6.796	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.606	4.918	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.605	4.918	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.345	7.253	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.58	54.303	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.564	54.298	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	67	-
R_work	0.348	1069	-
obs	-	-	75.13 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)