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万見
- PDB-6xh9: Crystal structure of S. aureus TarJ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xh9
タイトルCrystal structure of S. aureus TarJ
要素Ribulose-5-phosphate reductase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribitol-5-phosphate 2-dehydrogenase (NADP+) / ribitol-5-phosphate 2-dehydrogenase [(NAD(P)+] activity / poly(ribitol phosphate) teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-5-phosphate reductase / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose-5-phosphate reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li, F.K.K. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Crystallographic analysis of TarI and TarJ, a cytidylyltransferase and reductase pair for CDP-ribitol synthesis in Staphylococcus aureus wall teichoic acid biogenesis.
著者: Li, F.K.K. / Gale, R.T. / Petrotchenko, E.V. / Borchers, C.H. / Brown, E.D. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2020年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose-5-phosphate reductase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5661
ポリマ－38,5661
非ポリマー00
水00
1
A: Ribulose-5-phosphate reductase 1

A: Ribulose-5-phosphate reductase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1322
ポリマ－77,1322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/31
Buried area1980 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.483, 99.483, 268.428
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Ribulose-5-phosphate reductase 1 / TarJ / Ribulose-5-P reductase 1 / Ribitol-5-phosphate dehydrogenase 1


分子量: 38565.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: tarJ, SAOUHSC_00226 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2G1B9, ribitol-5-phosphate 2-dehydrogenase (NADP+)
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.1 M ammonium phosphate monobasic, 0.1 M sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.909 Å / Num. obs: 13739 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 18.9 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.05771 / Net I/σ(I): 13.44
反射 シェル解像度: 3.2→3.315 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 1340 / CC1/2: 0.698 / Rpim(I) all: 0.5733

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ILK

4ilk


解像度: 3.2→48.909 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 687 5 %
Rwork0.2076 13045 -
obs0.2091 13732 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 195.46 Å2 / Biso mean: 109.3954 Å2 / Biso min: 68.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→48.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2372 0 0 0 2372
残基数----310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2023310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.861405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01424
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.2002-3.44730.29561330.28242529
3.4473-3.79410.26751330.22992529
3.7941-4.34280.24221350.18862573
4.3428-5.47030.18341380.17722609
5.4703-48.9090.25411480.21352805
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.99181.4594-1.35835.4528-0.18083.2375-0.1552-0.2852-0.0953-0.0523-0.1804-0.5321-0.3796-0.48740.31150.9880.1416-0.1260.6495-0.14560.82435.80936.378811.3867
24.3067-1.36450.83224.12190.43953.34940.0750.10990.08650.13210.03510.0652-0.4987-0.4974-0.1381.19760.42360.00890.6866-0.05570.808225.112126.193532.5481
30.6433-0.5124-1.36421.20292.09835.15890.22290.3930.2866-0.28370.1537-0.3947-1.4144-0.5749-0.29971.35080.4499-0.01870.7385-0.0440.945429.759419.603619.181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 136 )A1 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 137 through 265 )A137 - 265
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 266 through 341 )A266 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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