PDB-6xfr: Metallo-beta-lactamase from Pontibacter korlensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xfr

タイトル

Metallo-beta-lactamase from Pontibacter korlensis

要素

Lactamase_B domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / B1 Metallo-beta-lactamase / metallohydrolase / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pontibacter korlensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.608 Å

データ登録者

Schenk, G. / Schembri, M.A. / Prombhul, S.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Metallo-beta-lactamase from Pontibacter korlensis
著者: Schenk, G. / Schembri, M.A. / Prombhul, S.

履歴

登録	2020年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xfr.cif.gz	184.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xfr.ent.gz	146.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xfr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6xfr_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xfr_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	6xfr_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	6xfr_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/6xfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/6xfr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c09S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1yph-d 6eji-2 4kip-1 6eji-1 2vic-d 2euv-d 4f2n-6 3n4f-2 1jej-d 1zz2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lactamase_B domain-containing protein

B: Lactamase_B domain-containing protein

ヘテロ分子

51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.941, 97.941, 103.237
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 7 through 218 or resid 219 through 301))
2	1	(chain B and (resid 7 through 218 or resid 219 through 301))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 7 through 218 or resid 219 through 301))	A	7 - 218
1	2	1	(chain A and (resid 7 through 218 or resid 219 through 301))	A	219 - 301
2	1	1	(chain B and (resid 7 through 218 or resid 219 through 301))	B	7 - 218
2	2	1	(chain B and (resid 7 through 218 or resid 219 through 301))	B	219 - 301

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lactamase_B domain-containing protein 分子量: 24755.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pontibacter korlensis (バクテリア) 遺伝子: PKOR_06505 / プラスミド: pET-30a(+) / Cell (発現宿主): Bacteria / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: A0A0E3ZJD7

#1: タンパク質

Lactamase_B domain-containing protein

分子量: 24755.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pontibacter korlensis (バクテリア)
遺伝子: PKOR_06505 / プラスミド: pET-30a(+) / Cell (発現宿主): Bacteria / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: A0A0E3ZJD7

-
非ポリマー , 5種, 43分子

#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris, 0.002 M ZnCl2, 20% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→48.97 Å / Num. obs: 15978 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 0.08
反射シェル	解像度: 2.6→2.6 Å / Num. unique obs: 15976 / CC_1/2: 0.997

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4c09

4c09

解像度: 2.608→44.245 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2355	771	4.96 %
R_work	0.1763	14779	-
obs	0.1792	15550	97.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 263.95 Å² / B_iso mean: 42.9972 Å² / B_iso min: 0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.608→44.245 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3269	0	199	20	3488
B_iso mean	-	-	78.94	29.04	-
残基数	-	-	-	-	425

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1306	X-RAY DIFFRACTION	9.014	TORSIONAL
1	2	B	1306	X-RAY DIFFRACTION	9.014	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7713-2.7713	0.3364	138	0.2379	2373	97
2.9852-2.9852	0.315	147	0.2369	2386	98
3.2855-3.2855	0.3049	110	0.1997	2453	99
3.7607-3.7607	0.2132	130	0.1746	2479	99
4.7373-4.7373	0.1913	134	0.1453	2476	98
4.7374-4.7374	0.2064	112	0.1573	2612	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8701	-3.907	1.6325	4.3303	-0.527	3.331	-0.1862	0.1268	0.0957	0.0858	0.0509	0.0222	-0.4798	-0.1184	0.1068	0.377	0.0163	-0.0055	0.2225	0.0209	0.2068	44.1318	25.7083	13.1143
2	3.6919	1.7319	3.5443	8.0967	-0.9345	4.3226	-0.2586	-0.0353	0.7565	-0.1849	-0.2179	0.1085	-1.0428	-0.0526	0.6379	0.5137	0.0314	0.0561	0.2322	-0.0264	0.3166	49.6253	34.6071	10.1314
3	7.8161	1.5241	2.1701	0.9538	-0.231	4.7688	0.0129	0.5066	0.3819	-0.1421	-0.0112	0.1557	-0.4138	-0.1369	-0.0011	0.3563	0.0876	0.0399	0.2306	0.019	0.2336	46.2049	23.7654	-1.428
4	5.0256	0.5993	-0.761	2.0104	0.5981	3.6354	-0.0691	0.1592	-0.1504	-0.1357	0.0862	0.0804	0.1975	-0.3558	-0.0066	0.2731	0.0089	-0.0318	0.2022	0.0169	0.1848	38.4907	11.8048	10.2964
5	9.3781	-5.862	2.9752	5.796	-1.9225	0.9457	-0.4117	-0.5443	0.5285	0.176	0.7743	-0.7661	-0.8584	-0.1838	-0.4534	1.2663	0.2853	-0.228	1.1979	-0.4973	0.7012	21.9599	4.3448	11.4424
6	8.6022	5.152	0.6616	6.4028	1.4034	7.2454	-0.056	-0.1056	0.6207	0.1068	0.0078	0.3485	-0.8724	-0.0344	0.0403	0.3303	0.1055	-0.0091	0.3061	0.0056	0.2045	34.1735	21.8969	33.6039
7	8.3402	3.7872	4.7025	4.6909	0.4143	3.635	0.3642	0.4968	0.5626	0.0118	-0.0617	0.7171	-0.8212	-0.9031	-0.096	0.4248	0.1965	0.0787	0.5556	0.0487	0.3811	24.3432	24.0511	36.3619
8	4.8141	1.446	-0.4913	1.9666	0.6169	6.1706	0.0828	-0.5033	0.3539	0.3577	-0.1755	0.0558	-0.4236	0.1962	0.0812	0.3492	-0.0013	-0.003	0.2809	0.024	0.2317	36.819	16.7371	46.6631
9	5.2365	-0.7642	0.4459	1.4029	-2.0812	4.9226	0.0681	-0.3989	0.4427	0.3532	-0.0003	-0.1141	-0.4997	0.1535	-0.0834	0.3055	0.0163	-0.0145	0.3212	-0.0428	0.2293	47.4401	19.5316	35.605
10	6.7423	3.6549	1.162	7.7684	0.0399	5.2099	-0.0046	0.0075	-0.0688	-0.2183	-0.0479	-0.5605	0.1082	0.8127	-0.0177	0.2111	-0.0105	0.0381	0.3714	0.0005	0.1908	52.147	16.4047	33.991
11	2.0211	2.4929	-2.6392	3.708	-3.6512	3.6938	-0.2279	-0.3961	0.4031	0.6208	-0.1411	-1.0984	-1.076	-0.1469	0.2511	1.0913	0.2186	-0.3166	0.9572	0.1638	0.6936	63.8941	22.1643	34.7416

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 52 )	A	9 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 66 )	A	53 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 122 )	A	67 - 122
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 123 through 218 )	A	123 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 219 through 219 )	A	219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 9 through 52 )	B	9 - 52
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 53 through 66 )	B	53 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 67 through 146 )	B	67 - 146
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 147 through 177 )	B	147 - 177
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 178 through 218 )	B	178 - 218
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 219 through 219 )	B	219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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