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Yorodumi- PDB-4f2n: Crystal structure of iron superoxide dismutase from Leishmania major -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f2n | ||||||
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Title | Crystal structure of iron superoxide dismutase from Leishmania major | ||||||
Components | Superoxide dismutase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / Emerald Biostructures / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / mitochondrion / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Leishmania major (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2015 Title: Iron superoxide dismutases in eukaryotic pathogens: new insights from Apicomplexa and Trypanosoma structures. Authors: Phan, I.Q. / Davies, D.R. / Moretti, N.S. / Shanmugam, D. / Cestari, I. / Anupama, A. / Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Stuart, K. / Schenkman, S. / Myler, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4f2n.cif.gz | 1008.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4f2n.ent.gz | 843.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4f2n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4h3eC 4yetC 1isaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26105.736 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Leishmania major (eukaryote) / Strain: Friedlin / Gene: FESODA, LMJF_08_0290 / Plasmid: AVA0421 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q4QIE0, superoxide dismutase #2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: EBS internal tracking number 232906f2, LemaA.01199.b.A2_PW34974 at 35.33 mg/mL in 25 mM HEPES, pH 7.0, 500 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.025% sodium azide, 5% glycerol, 0.4 uL + 0.4 uL ...Details: EBS internal tracking number 232906f2, LemaA.01199.b.A2_PW34974 at 35.33 mg/mL in 25 mM HEPES, pH 7.0, 500 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.025% sodium azide, 5% glycerol, 0.4 uL + 0.4 uL drop with 18.4% PEG3350, 184 mM potassium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.3 / Wavelength: 0.976484 / Wavelength: 0.976484 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 6, 2012 |
Radiation | Monochromator: Asymmetric curved crystal Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976484 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→19.774 Å / Num. obs: 256038 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 31.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 17.65 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 91.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1ISA Resolution: 1.85→19.774 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.222 / SU ML: 0.082 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.115 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.83 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→19.774 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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