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- PDB-4f2n: Crystal structure of iron superoxide dismutase from Leishmania major -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f2n
タイトルCrystal structure of iron superoxide dismutase from Leishmania major
要素Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / Emerald Biostructures / Structural Genomics / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Iron superoxide dismutases in eukaryotic pathogens: new insights from Apicomplexa and Trypanosoma structures.
著者: Phan, I.Q. / Davies, D.R. / Moretti, N.S. / Shanmugam, D. / Cestari, I. / Anupama, A. / Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Stuart, K. / Schenkman, S. / Myler, P.J.
履歴
登録2012年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
C: Superoxide dismutase
D: Superoxide dismutase
E: Superoxide dismutase
F: Superoxide dismutase
G: Superoxide dismutase
H: Superoxide dismutase
I: Superoxide dismutase
J: Superoxide dismutase
K: Superoxide dismutase
L: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,93924
ポリマ－313,26912
非ポリマー67012
水25,6171422
1
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3234
ポリマ－52,2112
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17570 Å2
手法PISA
2
C: Superoxide dismutase
D: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3234
ポリマ－52,2112
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area17380 Å2
手法PISA
3
E: Superoxide dismutase
F: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3234
ポリマ－52,2112
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17480 Å2
手法PISA
4
G: Superoxide dismutase
H: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3234
ポリマ－52,2112
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
5
I: Superoxide dismutase
J: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3234
ポリマ－52,2112
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
6
K: Superoxide dismutase
L: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3234
ポリマ－52,2112
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.030, 102.740, 168.240
Angle α, β, γ (deg.)91.66, 96.36, 95.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase / iron superoxide dismutase


分子量: 26105.736 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: FESODA, LMJF_08_0290 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4QIE0, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: EBS internal tracking number 232906f2, LemaA.01199.b.A2_PW34974 at 35.33 mg/mL in 25 mM HEPES, pH 7.0, 500 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.025% sodium azide, 5% glycerol, 0.4 uL + 0.4 uL drop ...詳細: EBS internal tracking number 232906f2, LemaA.01199.b.A2_PW34974 at 35.33 mg/mL in 25 mM HEPES, pH 7.0, 500 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.025% sodium azide, 5% glycerol, 0.4 uL + 0.4 uL drop with 18.4% PEG3350, 184 mM potassium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976484 / 波長: 0.976484 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月6日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976484 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→19.774 Å / Num. obs: 256038 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 31.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 17.65
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ISA

1isa


解像度: 1.85→19.774 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.222 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 12890 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 256038 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6 Å2-0.02 Å2-2.07 Å2
2---1.4 Å2-0.12 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20026 0 12 1422 21460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0220752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2831.92728269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80552525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96124.105994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.594153200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.851572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.22962
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02116220
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 900 -
Rwork0.263 17111 -
obs--91.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1804-4.8408-2.44488.69651.80848.3681-0.07470.2674-0.5021-0.1848-0.22650.81180.4008-0.10790.30120.1399-0.0402-0.05470.1437-0.04410.185-19.1281-23.6523-96.1518
21.91071.45340.40643.53690.04140.96340.07720.2414-0.0581-0.3599-0.0724-0.26390.14140.3308-0.00480.1110.02630.05830.2341-0.00610.10710.1049-22.4164-93.3036
31.31690.24150.05112.2532-0.07051.39990.1490.0561-0.158-0.037-0.03390.08390.19830.0137-0.11510.1103-0.0199-0.0260.1259-0.00730.1277-11.9911-29.8373-87.9884
41.8871-0.58380.07362.06470.04491.5725-0.02970.12010.212-0.1547-0.04640.0404-0.2428-0.00960.07610.1035-0.0213-0.00250.10970.02150.1184-15.316-3.2144-89.7597
51.1753-0.36550.67171.0032-0.16640.8835-0.00170.00420.0577-0.063-0.01170.012-0.03990.02010.01340.0623-0.02450.020.13310.01090.119-11.0237-12.6167-84.8736
60.40150.4326-0.42971.8859-1.67741.9928-0.1789-0.13720.05180.16270.0516-0.199-0.21130.17930.12720.23350.0229-0.09290.2094-0.03830.15796.9618-15.7347-53.457
71.73570.0958-0.90960.7168-0.40762.0323-0.08510.0390.07590.1970.0477-0.1155-0.2456-0.0760.03750.0985-0.0192-0.03010.1219-0.00590.12711.7071-14.6669-61.483
80.5851-0.18590.1391.7729-0.60151.3942-0.00670.0468-0.02520.0319-0.0516-0.2150.15080.16130.05840.05010.00840.01470.1435-0.00180.159410.5475-33.9578-64.3643
92.03320.3537-0.37134.70960.619814.2687-0.1109-0.01940.02170.4081-0.03260.12820.3285-0.41960.14350.0728-0.00280.03190.12030.02010.13411.6668-37.4416-55.9889
100.3319-0.38720.15650.77-0.14871.5933-0.04060.065-0.00740.0890.0034-0.17010.04540.12030.03720.0438-0.0223-0.00340.14650.00870.16368.1248-26.6484-65.4918
111.3816-0.2724-0.33754.42730.49391.9464-0.1037-0.0330.04630.2697-0.0128-0.3892-0.08130.33910.11650.1533-0.028-0.10.14530.02810.082417.646228.539-135.7428
120.8191-0.5942-0.29531.75930.22561.96130.03630.03070.11360.1309-0.0459-0.195-0.36430.12510.00970.1464-0.0296-0.04470.10130.00640.085911.706136.6032-140.9607
130.43050.3085-0.09510.7463-0.14331.42450.0394-0.0585-0.01250.1761-0.1025-0.15090.00380.13040.06310.1848-0.0086-0.04820.13130.00120.112311.217522.5072-136.7893
141.7590.1955-1.21145.0249-2.84916.07630.1289-0.0614-0.04290.1207-0.08790.06190.34630.0562-0.0410.2124-0.0422-0.05160.0757-0.03390.09363.30998.487-139.8753
150.2689-0.03990.19451.3954-0.5951.77880.05120.026-0.04710.1621-0.057-0.01250.0862-0.01020.00590.1615-0.0008-0.01770.1003-0.00770.09587.254519.5744-140.9546
162.7678-0.84691.26643.2582-0.48441.01760.10160.4287-0.0551-0.3670.0585-0.07490.40880.1683-0.16010.35310.0055-0.08040.1721-0.04490.1008-2.855222.6502-175.7097
172.5274-0.18540.19121.3147-0.24061.15530.18410.0592-0.1769-0.2203-0.03010.09410.35780.0219-0.1540.1920.0185-0.03250.0849-0.02670.0858-1.724921.5988-166.3434
181.6064-0.96410.41913.524-0.1071.84910.12980.1170.2627-0.4076-0.1316-0.135-0.12040.120.00180.08490.02020.06530.16380.01770.11144.189944.4865-174.0543
190.44510.03410.461.42-0.54050.97090.08570.02540.0437-0.0953-0.0789-0.00040.07460.105-0.00680.0960.03170.03730.1503-0.01170.10243.039535.9015-165.0579
2014.39243.8796-0.76167.7035-1.57280.3244-0.18070.63150.1772-0.49280.19960.06690.1237-0.0261-0.01890.24960.0287-0.05410.14880.00850.0566-6.565839.1814-179.2437
217.0924-0.67455.51843.5476-0.98797.76110.2507-0.1811-0.62410.34110.15780.31540.4263-0.4677-0.40850.1084-0.05150.05140.09620.04380.2533-12.1138-47.9946-159.6515
222.00240.6423-0.5522.31670.29412.42040.0232-0.0513-0.2630.25350.1201-0.31080.34630.2193-0.14330.09030.025-0.00270.12030.00960.2427-0.2533-41.6201-160.376
230.71910.29140.72392.28140.13772.3233-0.03210.0127-0.1023-0.0550.02770.1513-0.0349-0.05360.00440.0151-0.00920.03970.12580.00660.1727-11.2568-33.954-168.3339
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精密化 TLSグループ
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44X-RAY DIFFRACTION44I146 - 219
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47X-RAY DIFFRACTION47J44 - 58
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49X-RAY DIFFRACTION49J165 - 172
50X-RAY DIFFRACTION50J173 - 230
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52X-RAY DIFFRACTION52K44 - 70
53X-RAY DIFFRACTION53K71 - 129
54X-RAY DIFFRACTION54K130 - 209
55X-RAY DIFFRACTION55K210 - 230
56X-RAY DIFFRACTION56L23 - 29
57X-RAY DIFFRACTION57L30 - 43
58X-RAY DIFFRACTION58L44 - 145
59X-RAY DIFFRACTION59L146 - 222
60X-RAY DIFFRACTION60L223 - 230

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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