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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xfr | ||||||
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Title | Metallo-beta-lactamase from Pontibacter korlensis | ||||||
![]() | Lactamase_B domain-containing protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / B1 Metallo-beta-lactamase / metallohydrolase / metalloenzyme | ||||||
Function / homology | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schenk, G. / Schembri, M.A. / Prombhul, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Metallo-beta-lactamase from Pontibacter korlensis Authors: Schenk, G. / Schembri, M.A. / Prombhul, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 146.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4c09S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 24755.182 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 43 molecules ![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-EPE / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 / Details: 0.1 M Tris, 0.002 M ZnCl2, 20% w/v PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 29, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95372 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→48.97 Å / Num. obs: 15978 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 1 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 0.08 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.6 Å / Num. unique obs: 15976 / CC1/2: 0.997 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4c09 Resolution: 2.608→44.245 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 263.95 Å2 / Biso mean: 42.9972 Å2 / Biso min: 0.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.608→44.245 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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