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- PDB-6xfp: Crystal Structure of BRAF kinase domain bound to Belvarafenib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xfp
タイトルCrystal Structure of BRAF kinase domain bound to Belvarafenib
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードSIGNALING PROTEIN / BRAF Belvarafenib
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4S1 kinase activity / : / histone H3S57 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity ...histone H4S1 kinase activity / : / histone H3S57 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H3T3 kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / centriolar satellite / non-specific serine/threonine protein kinase / ciliary basal body / cilium / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V1Y / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yin, J. / Sudhamsu, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: ARAF mutations confer resistance to the RAF inhibitor belvarafenib in melanoma.
著者: Yen, I. / Shanahan, F. / Lee, J. / Hong, Y.S. / Shin, S.J. / Moore, A.R. / Sudhamsu, J. / Chang, M.T. / Bae, I. / Dela Cruz, D. / Hunsaker, T. / Klijn, C. / Liau, N.P.D. / Lin, E. / Martin, S. ...著者: Yen, I. / Shanahan, F. / Lee, J. / Hong, Y.S. / Shin, S.J. / Moore, A.R. / Sudhamsu, J. / Chang, M.T. / Bae, I. / Dela Cruz, D. / Hunsaker, T. / Klijn, C. / Liau, N.P.D. / Lin, E. / Martin, S.E. / Modrusan, Z. / Piskol, R. / Segal, E. / Venkatanarayan, A. / Ye, X. / Yin, J. / Zhang, L. / Kim, J.S. / Lim, H.S. / Kim, K.P. / Kim, Y.J. / Han, H.S. / Lee, S.J. / Kim, S.T. / Jung, M. / Hong, Y.H. / Noh, Y.S. / Choi, M. / Han, O. / Nowicka, M. / Srinivasan, S. / Yan, Y. / Kim, T.W. / Malek, S.
履歴
登録2020年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5248
ポリマ－32,8331
非ポリマー6927
水1,54986
1
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,04916
ポリマ－65,6652
非ポリマー1,38314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3810 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area23580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.793, 119.563, 103.934
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-804-

CL

21A-920-

HOH

31A-980-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf


分子量: 32832.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H7C560
#2: 化合物 ChemComp-V1Y / 4-amino-N-{1-[(3-chloro-2-fluorophenyl)amino]-6-methylisoquinolin-5-yl}thieno[3,2-d]pyrimidine-7-carboxamide / Belvarafenib


分子量: 478.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H16ClFN6OS / コメント: 抗腫瘍剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: (18% PEG 3350, and 0.2M Na Iodine, and 0.1 M bis-Tris propane pH6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9742 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9742 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→59.782 Å / Num. obs: 20506 / % possible obs: 95.62 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 32.24 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.64
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 1961 / CC1/2: 0.636

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12-2829_final精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MNF

4mnf


解像度: 2→59.782 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2568 1233 6.15 %
Rwork0.2039 18823 -
obs0.2072 20056 95.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.84 Å2 / Biso mean: 39.9297 Å2 / Biso min: 13.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→59.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2178 0 39 86 2303
Biso mean--29.27 38.93 -
残基数----272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9423105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7121927
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.08010.37151090.3056165977
2.0801-2.17480.34531420.26192150100
2.1748-2.28950.30591220.2627188787
2.2895-2.43290.29331410.22142156100
2.4329-2.62070.32261420.21212166100
2.6207-2.88450.28071420.20372169100
2.8845-3.30180.24441430.19862187100
3.3018-4.15980.22281410.1742213696
4.1598-100.22541510.19372313100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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