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- PDB-6xfo: Orthorhombic crystal form of Striga hermonthica Dwarf14 (ShD14) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xfo
タイトルOrthorhombic crystal form of Striga hermonthica Dwarf14 (ShD14)
要素D14
キーワードHYDROLASE / Strigolactone receptor / Alpha/beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Striga hermonthica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Hamiaux, C. / Snowden, K.C.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Marsden FundPAF1301 ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Hamiaux, C. / Zhang, Y. / Snowden, K.C. / Bouwmeester, H.J.
履歴
登録2020年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D14
B: D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6074
ポリマ－58,5232
非ポリマー832
水7,819434
1
A: D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2862
ポリマ－29,2621
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3212
ポリマ－29,2621
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.230, 83.330, 86.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 D14


分子量: 29261.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Striga hermonthica (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta Gami2 / 参照: UniProt: A0A2U8XQ45
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris/Acetate pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→46.18 Å / Num. obs: 72148 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 17.596 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.58-1.6113.21.0392.335430.8310.2961.081100
8.66-46.1810.60.0314860.9990.0110.03295.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.37 Å38.43 Å
Translation5.37 Å38.43 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DNP

4dnp


解像度: 1.58→38.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.779 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.0853 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 3564 4.9 %RANDOM
Rwork0.1757 ---
obs0.1771 68492 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.85 Å2 / Biso mean: 27.199 Å2 / Biso min: 10.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→38.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4104 0 5 434 4543
Biso mean--36.35 33.53 -
残基数----530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0134230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0741.6315761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6071.579217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4655540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.22220.088228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50915676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5491541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.024809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02966
LS精密化 シェル解像度: 1.581→1.622 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 270 -
Rwork0.252 5005 -
all-5275 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0095-0.9819-0.13872.4325-0.1580.59930.1381-0.0526-0.0691-0.1541-0.09570.14180.04480.0429-0.04240.04320.0048-0.03810.0101-0.00780.066830.37826.82101.416
21.9249-1.1888-0.21764.1254-0.46961.05380.0489-0.07510.15620.0059-0.0431-0.4191-0.0080.0466-0.00590.02190.0067-0.0040.01060.00280.082830.52626.08758.308
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 266
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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