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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xf7 | ||||||||||||
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タイトル | SLP | ||||||||||||
要素 | Lambda 1 protein | ||||||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral inner capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mammalian orthoreovirus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sutton, G. / Sun, D.P. / Fu, X.F. / Kotecha, A. / Hecksel, G.W. / Clare, D.K. / Zhang, P. / Stuart, D. / Boyce, M. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Assembly intermediates of orthoreovirus captured in the cell. 著者: Geoff Sutton / Dapeng Sun / Xiaofeng Fu / Abhay Kotecha / Corey W Hecksel / Daniel K Clare / Peijun Zhang / David I Stuart / Mark Boyce / 要旨: Traditionally, molecular assembly pathways for viruses are inferred from high resolution structures of purified stable intermediates, low resolution images of cell sections and genetic approaches. ...Traditionally, molecular assembly pathways for viruses are inferred from high resolution structures of purified stable intermediates, low resolution images of cell sections and genetic approaches. Here, we directly visualise an unsuspected 'single shelled' intermediate for a mammalian orthoreovirus in cryo-preserved infected cells, by cryo-electron tomography of cellular lamellae. Particle classification and averaging yields structures to 5.6 Å resolution, sufficient to identify secondary structural elements and produce an atomic model of the intermediate, comprising 120 copies each of protein λ1 and σ2. This λ1 shell is 'collapsed' compared to the mature virions, with molecules pushed inwards at the icosahedral fivefolds by ~100 Å, reminiscent of the first assembly intermediate of certain prokaryotic dsRNA viruses. This supports the supposition that these viruses share a common ancestor, and suggests mechanisms for the assembly of viruses of the Reoviridae. Such methodology holds promise for dissecting the replication cycle of many viruses. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xf7.cif.gz | 390.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xf7.ent.gz | 309.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xf7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xf7_validation.pdf.gz | 818.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xf7_full_validation.pdf.gz | 996.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xf7_validation.xml.gz | 84 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xf7_validation.cif.gz | 120.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/6xf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/6xf7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 119020.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mammalian orthoreovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0E3JTF4, UniProt: Q9WAB2*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: reovirus SLP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Mammalian orthoreovirus 3 Dearing (ウイルス) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: emClarity / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2683 / 対称性のタイプ: POINT |
EM volume selection | Num. of tomograms: 4 / Num. of volumes extracted: 2683 |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |