PDB-6xew: Structure of Serratia marcescens 2,3-butanediol dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xew

タイトル

Structure of Serratia marcescens 2,3-butanediol dehydrogenase

要素

2,3-butanediol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / BDH

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2020
タイトル: Phylogenetics-based identification and characterization of a superior 2,3-butanediol dehydrogenase for Zymomonas mobilis expression.
著者: Subramanian, V. / Lunin, V.V. / Farmer, S.J. / Alahuhta, M. / Moore, K.T. / Ho, A. / Chaudhari, Y.B. / Zhang, M. / Himmel, M.E. / Decker, S.R.

履歴

登録	2020年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xew.cif.gz	126.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xew.ent.gz	92 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xew_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xew_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6xew_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	6xew_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/6xew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/6xew	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vspC 6xexC 4ni5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vsp-1 4rf5-1 3grk-2 4eds-3 4g81-d 2ztm-d 4jro-d 1hdc-d 1h5q-1 2q2q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 2,3-butanediol dehydrogenase

B: 2,3-butanediol dehydrogenase

ヘテロ分子

57.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2,3-butanediol dehydrogenase

B: 2,3-butanediol dehydrogenase

ヘテロ分子

A: 2,3-butanediol dehydrogenase

B: 2,3-butanediol dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.171, 108.171, 82.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	2,3-butanediol dehydrogenase / 3-oxoacyl-ACP reductase / SDR family oxidoreductase 分子量: 27939.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: budC, A8A12_06140, FG174_10665 / 発現宿主: Zymomonas mobilis (バクテリア) / 参照: UniProt: H9XP47, 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 5種, 443分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-HBR / R,3-HYDROXYBUTAN-2-ONE / (R)-3-ヒドロキシ-2-ブタノン分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-HBS / S,3-HYDROXYBUTAN-2-ONE / (S)-アセトイン分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium malonate, pH 6-7, 6-15% w/v PEG3350 / PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月23日 / 詳細: HELIOS MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 33823 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.42 % / R_sym value: 0.1377 / Net I/σ(I): 11.23
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 8.77 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 4496 / R_sym value: 0.6889 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PROTEUM PLUS		データ収集
PROTEUM PLUS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NI5

4ni5

解像度: 2→45.335 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 4.525 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2141	1711	5.092 %
R_work	0.1622	31891	-
all	0.165	-	-
obs	-	33602	99.503 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.025 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.405 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.405 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.809 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.335 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3661	0	127	438	4226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3666
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	1.627	5370
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.441	1.583	8462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.462	5	517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.346	22.402	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.582	15	608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.048	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	795
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	3519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.112	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.847	2.321	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.846	2.318	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.684	3.47	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.684	3.472	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.586	2.718	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.585	2.718	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.011	3.948	2797
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.011	3.948	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.646	29.61	4498
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.478	29.182	4406

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.378	118	0.279	2278	X-RAY DIFFRACTION	98.7227
2.052-2.108	0.267	105	0.261	2263	X-RAY DIFFRACTION	99.3289
2.108-2.169	0.284	125	0.231	2204	X-RAY DIFFRACTION	99.1908
2.169-2.236	0.277	136	0.218	2117	X-RAY DIFFRACTION	99.8228
2.236-2.309	0.248	107	0.197	2079	X-RAY DIFFRACTION	99.3185
2.309-2.39	0.25	101	0.183	2018	X-RAY DIFFRACTION	99.2506
2.39-2.48	0.278	103	0.183	1943	X-RAY DIFFRACTION	99.8049
2.48-2.582	0.288	104	0.189	1867	X-RAY DIFFRACTION	99.2947
2.582-2.696	0.254	103	0.158	1776	X-RAY DIFFRACTION	99.208
2.696-2.828	0.21	78	0.159	1744	X-RAY DIFFRACTION	99.5628
2.828-2.98	0.214	105	0.148	1631	X-RAY DIFFRACTION	99.7128
2.98-3.161	0.158	87	0.139	1566	X-RAY DIFFRACTION	99.6383
3.161-3.379	0.158	84	0.132	1465	X-RAY DIFFRACTION	99.7424
3.379-3.649	0.162	69	0.121	1392	X-RAY DIFFRACTION	99.6589
3.649-3.996	0.169	67	0.115	1288	X-RAY DIFFRACTION	99.9263
3.996-4.466	0.156	58	0.107	1164	X-RAY DIFFRACTION	100
4.466-5.154	0.151	42	0.127	1061	X-RAY DIFFRACTION	100
5.154-6.305	0.227	47	0.176	897	X-RAY DIFFRACTION	100
6.305-8.887	0.175	42	0.142	709	X-RAY DIFFRACTION	100
8.887-45.335	0.214	30	0.19	429	X-RAY DIFFRACTION	98.9224

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