PDB-6xdd: Crystal structure of IRE1 in complex with G-3053

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xdd

タイトル

Crystal structure of IRE1 in complex with G-3053

要素

Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / KInase / RNase / inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / platelet-derived growth factor receptor binding / IRE1-RACK1-PP2A complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Ackerly-Wallweber, H. / Wang, W.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Identification of BRaf-Sparing Amino-Thienopyrimidines with Potent IRE1 alpha Inhibitory Activity.
著者: Beveridge, R.E. / Wallweber, H.A. / Ashkenazi, A. / Beresini, M. / Clark, K.R. / Gibbons, P. / Ghiro, E. / Kaufman, S. / Larivee, A. / Leblanc, M. / Leclerc, J.P. / Lemire, A. / Ly, C. / ...

履歴

登録	2020年6月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xdd.cif.gz	348.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xdd.ent.gz	282.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xdd_validation.pdf.gz	938 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xdd_full_validation.pdf.gz	949.2 KB	表示
XML形式データ	6xdd_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	6xdd_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/6xdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/6xdd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6xdbC 6xdfC 6urcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6w3c-1 6xdf-d 3lj0-d 6w3b-1 4z7g-d 6w3c-2 6urc-d 1ml0-1 4z7h-d 6w39-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: cross-linking

2

A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.201, 156.816, 157.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1 / Endoplasmic reticulum-to-nucleus signaling 1 / Inositol-requiring protein 1 / hIRE1p / Ire1-alpha / IRE1a 分子量: 49801.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERN1, IRE1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O75460, non-specific serine/threonine protein kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-N97 / 4-[(trans-4-aminocyclohexyl)amino]-N-(6-chloro-3-{[(2,5-difluorophenyl)sulfonyl]amino}-2-fluorophenyl)thieno[3,2-d]pyrimidine-7-carboxamide 分子量: 611.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₂ClF₃N₆O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% 2-propanol, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, and 26% PEG400, 4% pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH), 4% 1,3-Propanediol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→49.62 Å / Num. obs: 45858 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 55.21 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 19.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.4-2.53	7	0.675	46856	6738	0.909	0.275	0.73	2.4	100
7.59-49.62	5.8	0.022	9613	1663	0.999	0.01	0.024	59.5	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.28	データスケーリング
PHENIX	1.12-2829_final	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6URC

6urc

解像度: 2.4→49.619 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 25.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2381	4057	4.71 %
R_work	0.1984	82054	-
obs	0.2002	45769	97.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.87 Å² / B_iso mean: 63.8392 Å² / B_iso min: 34.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→49.619 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6560	0	80	31	6671
B_iso mean	-	-	62.8	52.14	-
残基数	-	-	-	-	808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	6808
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.773	9210
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	976
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.339	4074

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.4-2.4283	0.3092	121	0.2843	2886	100
2.4283-2.4579	0.2783	118	0.2729	2989	100
2.4579-2.489	0.3018	174	0.2607	2919	100
2.489-2.5218	0.2621	126	0.2531	2840	100
2.5218-2.5563	0.299	167	0.2615	2920	100
2.5563-2.5928	0.2772	112	0.255	2921	100
2.5928-2.6315	0.303	160	0.259	2893	100
2.6315-2.6726	0.3386	142	0.2517	2346	96
2.6726-2.7164	0.2702	127	0.2551	2374	96
2.7164-2.7633	0.3373	177	0.2633	2900	100
2.7633-2.8135	0.266	156	0.2387	2867	99
2.8135-2.8676	0.2941	158	0.2353	2851	99
2.8676-2.9262	0.3178	109	0.2445	2938	99
2.9262-2.9898	0.3269	164	0.2357	2851	100
2.9898-3.0593	0.3234	137	0.2491	2914	100
3.0593-3.1358	0.226	117	0.228	2957	100
3.1358-3.2206	0.2959	133	0.2355	2878	100
3.2206-3.3153	0.2687	191	0.2521	2854	100
3.3153-3.4223	0.326	181	0.2287	2889	100
3.4223-3.5446	0.2868	124	0.2135	2420	85
3.5446-3.6865	0.2355	137	0.2029	2922	99
3.6865-3.8542	0.2471	148	0.1901	2860	99
3.8542-4.0573	0.199	87	0.1787	2439	83
4.0573-4.3114	0.196	148	0.1622	2929	100
4.3114-4.644	0.2097	138	0.1463	2886	100
4.644-5.111	0.194	129	0.1539	2894	100
5.111-5.8495	0.1715	109	0.1776	2932	99
5.8495-7.3659	0.1561	112	0.1866	2901	100
7.3659-49.619	0.1975	155	0.1659	2884	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7402	-0.2783	0.2156	1.315	-0.8999	1.2484	-0.1616	-0.8175	-0.0661	0.5457	0.1252	0.0378	-0.1772	-0.0444	-0	0.6086	0.0196	-0.0167	0.8279	0.1637	0.6396	-3.9371	-22.7836	77.3352
2	1.5874	0.1515	0.7238	3.9017	0.2745	2.8264	-0.028	-0.296	-0.0069	0.3111	-0.0572	-0.0287	-0.5833	0.0349	0	0.5421	-0.0449	-0.0535	0.5841	0.0669	0.5133	-6.2977	-0.3205	68.0839
3	3.1458	0.5638	-0.0026	2.3457	0.1414	2.5868	0.1453	-0.0668	0.0842	0.0396	-0.1315	0.0577	-0.1204	-0.2042	0.0001	0.6226	-0.0179	-0.0254	0.4482	0.0304	0.4771	-4.4922	15.1616	39.1107
4	1.5832	0.4602	0.1637	1.8656	-0.6614	2.2472	-0.1987	-0.2446	-0.6558	-0.2899	0.136	-0.243	0.7034	0.1767	-0.0003	0.5668	-0.0067	0.0382	0.6707	0.1305	0.6815	-11.782	-38.7155	62.4116
5	2.0842	-0.6107	-0.0482	3.6017	0.1263	3.4307	0.0573	0.021	-0.1561	-0.5117	0.009	0.0992	0.0851	-0.1244	0.0001	0.4104	-0.0993	-0.0175	0.4354	0.0404	0.4979	-11.0304	-30.6844	38.5466
6	2.8562	-0.2013	0.1429	2.9911	-0.126	1.8381	0.1474	0.1414	0.0534	-0.2364	-0.0946	-0.113	-0.0001	0.0288	0.0001	0.6085	0.0032	-0.0066	0.465	0.0455	0.4707	-13.7758	-2.4999	22.626
7	0.407	0.3911	-0.0494	0.3402	-0.0189	0.0706	0.0234	-0.1486	0.0079	0.032	-0.0428	0.1236	-0.0286	-0.2021	-0.0002	0.3736	-0.0028	0.0018	0.4093	0.1036	0.3744	-6.4788	-14.1555	51.6417

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi 560:644	A	560 - 963
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resi 645:832) or (chain L and resi 1)	A	560 - 963
3	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resi 645:832) or (chain L and resi 1)	L	0
4	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resi 833:970)	A	560 - 963
5	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resi 560:644	B	560 - 963
6	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resi 645:832) or (chain L and resi 2)	B	560 - 963
7	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resi 645:832) or (chain L and resi 2)	L	0
8	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resi 833:970)	B	560 - 963
9	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain S or (chain L and resi 3:9))	S	0

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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