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万見
- PDB-6xd4: CDC-like protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xd4
タイトルCDC-like protein
要素Hemolysin
キーワードTOXIN / CDC-like / Pore-forming / Bacterial
機能・相同性Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / cholesterol binding / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ACETATE ION / Hemolysin
機能・相同性情報
生物種Elizabethkingia anophelis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Morton, C.J. / Parker, M.W. / Lawrence, S.L. / Johnstone, B.A. / Tweten, R.K.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP200102871 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP160101874 オーストラリア
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: A Key Motif in the Cholesterol-Dependent Cytolysins Reveals a Large Family of Related Proteins.
著者: Evans, J.C. / Johnstone, B.A. / Lawrence, S.L. / Morton, C.J. / Christie, M.P. / Parker, M.W. / Tweten, R.K.
履歴
登録2020年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3715
ポリマ－58,1711
非ポリマー2004
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area21750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.740, 121.740, 88.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Hemolysin / Bacterial Pore-forming protein


分子量: 58170.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-516 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis (バクテリア)
遺伝子: AYC66_13765, BAY09_14710, BAY10_16345 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1T3IZT7
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.9458.2Cubic
22.9458.1Cubic
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2941蒸気拡散法, ハンギングドロップ法72.8 M sodium acetate
2942蒸気拡散法, ハンギングドロップ法72.8 M sodium acetate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21002N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX210.9636
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX220.9537
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2016年8月12日
DECTRIS EIGER X 16M2PIXEL2019年10月13日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96361
20.95371
反射

Entry-ID: 6XD4 / Rpim(I) all: 0.031 / % possible obs: 97.34 %

解像度 (Å)Num. obs冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)CC1/2CC starRmerge(I) obsRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.09-20.153980114.845.870.99910.1460.161114.8
2.27-46.433068726.441.26217
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starDiffraction-ID% possible allRpim(I) all
2.1-2.17515.11.8931990.6430.8341100
2.27-2.3522.5722262272.990.315

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2-3874精密化
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.04 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 3766 5.05 %
Rwork0.202 70775 -
obs0.2042 39544 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 226.49 Å2 / Biso mean: 65.6055 Å2 / Biso min: 30.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→43.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3654 0 22 99 3775
Biso mean--52.39 50.8 -
残基数----458
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1-2.130.38771440.372526152759
2.13-2.150.36071420.356826472789
2.15-2.180.38061420.339626212763
2.18-2.220.35471420.338326332775
2.22-2.250.32671350.336226022737
2.25-2.280.36641420.328526082750
2.28-2.320.33961410.318226432784
2.32-2.360.34111390.278625782717
2.36-2.40.30591460.283326422788
2.4-2.450.33931360.266226222758
2.45-2.50.26051390.257826032742
2.5-2.550.29241380.251226592797
2.55-2.610.28611400.236325942734
2.61-2.680.31611370.236626082745
2.68-2.750.33291370.223226102747
2.75-2.830.29871430.210926522795
2.83-2.920.25041350.216126182753
2.92-3.030.22791420.207126402782
3.03-3.150.26361370.192325972734
3.15-3.290.25411420.184426532795
3.29-3.470.19221360.178325912727
3.47-3.680.26791420.178626182760
3.68-3.970.19451450.170226372782
3.97-4.370.17411350.153525872722
4.37-50.21611380.140626432781
5-6.290.18761390.176926152754
6.3-43.040.24751320.202926392771

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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