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- PDB-6xci: Structure of NDM-1 in complex with macrocycle inhibitor NDM1i-3D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xci
タイトルStructure of NDM-1 in complex with macrocycle inhibitor NDM1i-3D
要素
  • BlaNDM-4_1_JQ348841
  • Macrocycle NDM1i-3D
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Cyclic peptide / macrocycle inhibitor / ANTIBIOTIC / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Inhibitor, Cyclic peptide / ACETATE ION / : / polypeptide(D) / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Worrall, L.J. / Sun, T. / Mulligan, V.K. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Computationally designed peptide macrocycle inhibitors of New Delhi metallo-beta-lactamase 1.
著者: Mulligan, V.K. / Workman, S. / Sun, T. / Rettie, S. / Li, X. / Worrall, L.J. / Craven, T.W. / King, D.T. / Hosseinzadeh, P. / Watkins, A.M. / Renfrew, P.D. / Guffy, S. / Labonte, J.W. / ...著者: Mulligan, V.K. / Workman, S. / Sun, T. / Rettie, S. / Li, X. / Worrall, L.J. / Craven, T.W. / King, D.T. / Hosseinzadeh, P. / Watkins, A.M. / Renfrew, P.D. / Guffy, S. / Labonte, J.W. / Moretti, R. / Bonneau, R. / Strynadka, N.C.J. / Baker, D.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: BlaNDM-4_1_JQ348841
A: BlaNDM-4_1_JQ348841
H: Macrocycle NDM1i-3D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,16210
ポリマ－53,5223
非ポリマー6407
水6,413356
1
B: BlaNDM-4_1_JQ348841
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7356
ポリマ－26,2741
非ポリマー4625
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area590 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area9230 Å2
手法PISA
2
A: BlaNDM-4_1_JQ348841
H: Macrocycle NDM1i-3D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4274
ポリマ－27,2492
非ポリマー1782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area9760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.168, 73.789, 77.654
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 42 - 269 / Label seq-ID: 20 - 247

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

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要素

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タンパク質 / Polypeptide(D) , 2種, 3分子 BAH

#1: タンパク質 BlaNDM-4_1_JQ348841 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase / NDM-1 / NDM1 ...Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase / NDM-1 / NDM1 metallo-beta-lactamase / New Delhi Metallo carbapenemase-1 / New Delhi metallo-beta-lactamase NDM-1 / New Delhi metallo-beta-lactamse 1


分子量: 26273.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: NDM-1, bla NDM-1, blaNDM-1, blaNDM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9NWK5
#2: Polypeptide(D) Macrocycle NDM1i-3D


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 975.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Macrocycle / cyclic peptide sequence: D-cysteine Proline 2-aminomethyl-L-phenylalanine (LWI cif) Hydroxyproline Glutamate D-proline D-lysine Norleucine
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Inhibitor, Cyclic peptide

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非ポリマー , 4種, 363分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22% PEG 2000 monomethyl ether, 0.1M MES, pH 6.5 and 200mM NaCl)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→42.8 Å / Num. obs: 49546 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.631.40.37711248310.7970.3370.5072.131.2
8.76-42.765.80.03523054000.9990.0150.03840.699.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EXS

4exs


解像度: 1.6→42.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.334 / SU ML: 0.046 / SU R Cruickshank DPI: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1598 2688 5.4 %RANDOM
Rwork0.1368 ---
obs0.1381 46797 90.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.93 Å2 / Biso mean: 14.539 Å2 / Biso min: 4.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å2-0 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→42.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3417 0 9 356 3782
Biso mean--23.6 25.59 -
残基数----461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133545
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6941.6334839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5711.587497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7145473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.5123.395162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60315522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4621514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024078
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7073 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.643 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 82 -
Rwork0.218 1315 -
all-1397 -
obs--35.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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