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- PDB-6xcf: Structure of the C. botulinum neurotoxin serotype A light chain p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xcf
タイトルStructure of the C. botulinum neurotoxin serotype A light chain protease in complex with noncovalent inhibitor 59
要素Botulinum neurotoxin type A
キーワードTOXIN/INHIBITOR / covalent inhibitor / hydroxamate / TOXIN / TOXIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ganglioside GT1b binding / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ganglioside GT1b binding / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UZP / Botulinum neurotoxin type A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Tararina, M.A. / Allen, K.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI119564 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Catch and Anchor Approach To Combat Both Toxicity and Longevity of Botulinum Toxin A.
著者: Lin, L. / Olson, M.E. / Sugane, T. / Turner, L.D. / Tararina, M.A. / Nielsen, A.L. / Kurbanov, E.K. / Pellett, S. / Johnson, E.A. / Cohen, S.M. / Allen, K.N. / Janda, K.D.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8823
ポリマ－50,4551
非ポリマー4272
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.339, 66.245, 64.057
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.524, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX / Botulinum neurotoxin type A1


分子量: 50454.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botA, atx, bonT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0DPI0, bontoxilysin
#2: 化合物 ChemComp-UZP / (3R)-3-(2,4-dichlorophenyl)-N~1~-hydroxy-N~5~-pentylpentanediamide


分子量: 361.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H22Cl2N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.06 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3 - 0.45 M ammonium tartrate dibasic, 15 - 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→39.29 Å / Num. obs: 45292 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 21.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.68→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1410 / CC1/2: 0.785 / % possible all: 58.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BON

3bon


解像度: 1.68→39.29 Å / SU ML: 0.1595 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.3866 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1993 1998 4.42 %
Rwork0.1591 43195 -
obs0.1608 45193 96.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→39.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3377 0 24 298 3699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01643479
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27624705
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.45412063
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.68-1.720.2876980.28012140X-RAY DIFFRACTION66.99
1.72-1.760.29791430.23823088X-RAY DIFFRACTION96.3
1.76-1.820.27361450.20973143X-RAY DIFFRACTION98.92
1.82-1.870.20911470.18943159X-RAY DIFFRACTION98.86
1.87-1.940.26731440.18733103X-RAY DIFFRACTION97.71
1.94-2.020.23541440.16913120X-RAY DIFFRACTION96.91
2.02-2.110.19731460.16463152X-RAY DIFFRACTION98.89
2.11-2.220.20321470.15043195X-RAY DIFFRACTION99.17
2.22-2.360.20961460.15693143X-RAY DIFFRACTION97.83
2.36-2.540.20551450.15763125X-RAY DIFFRACTION98.49
2.54-2.80.22311470.16613185X-RAY DIFFRACTION98.96
2.8-3.20.1781480.15583181X-RAY DIFFRACTION98.46
3.2-4.040.16621480.13733202X-RAY DIFFRACTION99.2
4.04-39.290.18011500.14633259X-RAY DIFFRACTION99.01
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7109614623710.2778666767760.2342518287321.45428878509-0.2902677500182.06959354014-0.009437909232920.0804856314947-0.0317278859351-0.210825369848-0.0279882380885-0.1916139868950.06506438119810.2254225719790.01356600849550.2035438258220.023822656980.01843230746950.1356590860610.006764868952870.1468409313435.11093502819-0.5537394884044.84644938348
20.8058762798450.476885823220.09680487001591.18532539725-0.3504605705411.06751426554-0.00585069970413-0.0523937685394-0.0952049455804-0.00155869313424-0.0832400502912-0.1705218852520.08634343672070.1956674605590.09411898697380.2018236781240.03258240326780.0003859150305020.1577910013120.01019921037380.1815981497057.11770525908-4.9128921914918.8562235232
31.130677129010.6538079010350.09573941591141.43883969097-0.2604377593131.1435417221-0.0104079829456-0.08484524356710.05779600117750.0990381545452-0.0446398971318-0.0484089763363-0.1583211218550.05148295035910.04990262800510.2404508373970.0338464474722-0.01395384184840.151421079924-0.006145839045490.1538962366182.916418042733.684060387121.9546969917
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 138 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 139 through 256 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 257 through 422 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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