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- PDB-6xaw: Crystal Structure Analysis of SIN3-UME6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xaw
タイトルCrystal Structure Analysis of SIN3-UME6
要素
  • Transcriptional regulatory protein SIN3
  • Transcriptional regulatory protein UME6
キーワードTRANSCRIPTION / RPD3 histone deacetylase complexes / pigenetic repression
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of inositol biosynthetic process / positive regulation of phosphatidylserine biosynthetic process / nitrogen catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter / regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / spore germination / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / pseudohyphal growth / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / Rpd3L complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation ...negative regulation of inositol biosynthetic process / positive regulation of phosphatidylserine biosynthetic process / nitrogen catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter / regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / spore germination / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / pseudohyphal growth / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / Rpd3L complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3L-Expanded complex / Rpd3S complex / rDNA chromatin condensation / nucleophagy / lipid droplet organization / cellular response to nitrogen starvation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / Sin3-type complex / meiotic cell cycle / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / G2/M transition of mitotic cell cycle / transcription corepressor activity / mitotic cell cycle / nucleosome assembly / cellular response to heat / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / cell division / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor ...Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Transcriptional regulatory protein SIN3 / Transcriptional regulatory protein UME6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure Analysis of SIN3-UME6
著者: Seo, H.-S.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulatory protein SIN3
B: Transcriptional regulatory protein UME6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2206
ポリマ－13,9012
非ポリマー3204
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, heterodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area5290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.770, 56.770, 63.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

HOH

21A-606-

HOH

31A-614-

HOH

41A-676-

HOH

51A-679-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulatory protein SIN3


分子量: 9052.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
遺伝子: SIN3, CPE1, GAM2, RPD1, SDI1, SDS16, UME4, YOL004W
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22579
#2: タンパク質・ペプチド Transcriptional regulatory protein UME6 / Negative transcriptional regulator of IME2 / Regulator of inducer of meiosis protein 16 / ...Negative transcriptional regulator of IME2 / Regulator of inducer of meiosis protein 16 / Unscheduled meiotic gene expression protein 6


分子量: 4848.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
遺伝子: UME6, CAR80, CARGR1, NIM2, RIM16, YDR207C, YD8142.04C
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39001
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 100mM Tris, pH 8.8, 1.36M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9197 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9197 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→33.99 Å / Num. obs: 17236 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 29.05 Å2 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.84-1.8712.8157394490.7392.65698.9
4.99-341146.561725620.0160.054100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.84→33.99 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 829 4.81 %
Rwork0.192 16407 -
obs0.193 17236 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.77 Å2 / Biso mean: 31.1753 Å2 / Biso min: 15.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→33.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数701 0 4 93 798
Biso mean--40.79 42.86 -
残基数----85
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8401-1.95540.44241380.3831269699
1.9554-2.10640.33111290.2895273199
2.1064-2.31830.25621210.24792751100
2.3183-2.65360.22851340.18322756100
2.6536-3.34280.20951550.16952747100
3.3428-33.990.15871520.15022726100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.209-0.53450.25012.7498-4.4527.28660.26820.05960.84780.1658-0.0304-0.0459-0.6269-0.3103-0.14850.264-0.00820.05750.27550.00960.23526.526631.322419.3787
25.2221-4.3461.11917.5838-0.80612.28830.13470.233-0.2174-0.2747-0.1537-0.02760.22380.08880.01870.2151-0.02730.03740.2364-0.00280.19615.715318.144622.5811
36.4798-3.7216-4.32115.30755.62766.1431-0.1393-0.304-0.22450.3626-0.1190.18840.4978-0.2470.28630.1923-0.04930.01540.30940.01040.20869.105419.754533.4428
44.3673-2.4516-1.50145.9842.82683.95220.1360.05030.10310.4702-0.2557-0.19450.1176-0.2450.18830.2628-0.0144-0.02180.245-0.00760.172714.261227.257338.4385
57.8297-4.1359-1.20852.9984-0.07184.92750.0591-0.16590.3405-0.18790.0467-0.4453-0.44210.3283-0.07450.2479-0.0496-0.0190.2624-0.03480.251319.372528.878728.0803
69.1253.91962.94144.76875.27828.9815-0.2058-0.0534-0.1814-0.25730.39440.1948-0.1433-0.1576-0.10310.22060.01440.0050.30580.00650.20944.784825.619626.3474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 405 through 412 )A405 - 412
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 413 through 425 )A413 - 425
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 426 through 441 )A426 - 441
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 442 through 456 )A442 - 456
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 457 through 473 )A457 - 473
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 516 through 531 )B516 - 531

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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