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- PDB-6xai: Crystal structure of NzeB in complex with cyclo-(L-Trp-L-Pro) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xai
タイトルCrystal structure of NzeB in complex with cyclo-(L-Trp-L-Pro)
要素NzeB
キーワードOXIDOREDUCTASE / monooxygenase / dimerase / P450
機能・相同性PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-QRP
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. NRRL F-5053 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.489 Å
データ登録者Shende, V.V. / Khatri, Y. / Newmister, S.A. / Sanders, J.N. / Lindovska, P. / Yu, F. / Doyon, T.J. / Kim, J. / Movassaghi, M. / Houk, K.N. / Sherman, D.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1700982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM118101 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Structure and Function of NzeB, a Versatile C-C and C-N Bond-Forming Diketopiperazine Dimerase.
著者: Shende, V.V. / Khatri, Y. / Newmister, S.A. / Sanders, J.N. / Lindovska, P. / Yu, F. / Doyon, T.J. / Kim, J. / Houk, K.N. / Movassaghi, M. / Sherman, D.H.
履歴
登録2020年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NzeB
B: NzeB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,28613
ポリマ－87,6092
非ポリマー2,67711
水12,448691
1
A: NzeB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1747
ポリマ－43,8041
非ポリマー1,3696
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NzeB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1126
ポリマ－43,8041
非ポリマー1,3075
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.122, 56.285, 58.779
Angle α, β, γ (deg.)91.130, 92.930, 101.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 NzeB


分子量: 43804.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. NRRL F-5053 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-QRP / (3S,8aS)-3-(1H-indol-3-ylmethyl)hexahydropyrrolo[1,2-a]pyrazine-1,4-dione / Brevianamide F / cyclo-L-Trp-L-Pro / ブレビアナミドF


分子量: 283.325 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗真菌剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23% PEG 3350, 100 mM DL-malic acid, 2.5% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射モノクロメーター: mirros / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.489→41.299 Å / Num. obs: 109037 / % possible obs: 94.48 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 19.96 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 16.78
反射 シェル解像度: 1.49→1.54 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique obs: 10046 / CC1/2: 0.85 / Rrim(I) all: 0.439 / % possible all: 87.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MR-Rosetta

解像度: 1.489→41.299 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2121 5444 4.99 %
Rwork0.1671 103585 -
obs0.1693 109029 94.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.38 Å2 / Biso mean: 27.5064 Å2 / Biso min: 10.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.489→41.299 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6090 0 190 691 6971
Biso mean--19.5 36.01 -
残基数----798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9278834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9423736
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.489-1.50590.3811240.3647291479
1.5059-1.52360.31961540.2767337490
1.5236-1.54220.33811610.243329692
1.5422-1.56170.30431810.2309346294
1.5617-1.58220.28842060.2068341894
1.5822-1.60390.26161860.1882345695
1.6039-1.62680.24841750.1726340895
1.6268-1.65110.21731720.1746350795
1.6511-1.67690.23011760.1663349295
1.6769-1.70440.24122100.1686350295
1.7044-1.73380.22321800.1678338795
1.7338-1.76530.23311690.1648351695
1.7653-1.79930.20851880.1669350295
1.7993-1.8360.22911480.1685351095
1.836-1.87590.22731780.1769352595
1.8759-1.91960.2341980.1728341695
1.9196-1.96760.21261840.1716348595
1.9676-2.02080.26172230.1763348895
2.0208-2.08020.23522110.1771344696
2.0802-2.14740.22761850.174347396
2.1474-2.22410.23832080.1703348496
2.2241-2.31310.22681800.1652351095
2.3131-2.41840.18731820.1623347295
2.4184-2.54590.19611730.1618353796
2.5459-2.70540.19761900.1654348196
2.7054-2.91420.22421810.1722347896
2.9142-3.20740.20451640.1739351595
3.2074-3.67120.20161930.1593348095
3.6712-4.62440.16872040.1395352597
4.6244-41.2990.19251600.1586352696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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