PDB-6xab: Structure of the acetate-bound form of ArrX from Chrysiogenes ars...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xab

タイトル

Structure of the acetate-bound form of ArrX from Chrysiogenes arsenatis

要素

ArrX

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Periplasmic binding protein

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Chrysiogenes arsenatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.781 Å

データ登録者

Maher, M.J. / Poddar, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Investigation of the Periplasmic Arsenate-Binding Protein ArrX from Chrysiogenes arsenatis .
著者: Poddar, N. / Badilla, C. / Maghool, S. / Osborne, T.H. / Santini, J.M. / Maher, M.J.

履歴

登録	2020年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xab.cif.gz	71 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xab.ent.gz	48.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xab_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xab_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	6xab_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	6xab_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/6xab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/6xab	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x6bSC 6x8wC 6x9gC 6xadC 6xl2C 7l22C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xad-d 7l22-d 6qi4-2 3hx3-d 6x8w-d 3dv9-d 5uxv-2 6x9g-d 6eu7-1 6x6b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ArrX

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.663, 52.927, 54.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.361, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ArrX 分子量: 34338.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chrysiogenes arsenatis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→40.67 Å / Num. obs: 23640 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 1.78→1.82 Å / Num. unique obs: 1257 / CC_1/2: 0.374

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6X6B

6x6b

解像度: 1.781→40.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 3.94 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2216	1164	4.932 %
R_work	0.189	22438	-
all	0.191	-	-
obs	-	22438	96.382 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.407 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.255 Å²	0 Å²	1.149 Å²
2-	-	-1.654 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.298 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.781→40.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2019	0	4	115	2138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.316	1.646	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.237	1.567	4563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.076	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.513	20.569	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.94	15	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.549	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	938
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.094	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.151	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.534	2.794	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.522	2.791	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.307	4.179	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.307	4.182	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.25	3.167	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.249	3.166	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.588	4.619	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.586	4.619	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.897	33.923	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.896	33.926	2362

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.781-1.827	0.259	68	0.291	1571	X-RAY DIFFRACTION	91.3601
1.827-1.877	0.279	95	0.286	1621	X-RAY DIFFRACTION	98.1132
1.877-1.932	0.286	84	0.259	1595	X-RAY DIFFRACTION	98.3021
1.932-1.991	0.298	66	0.241	1541	X-RAY DIFFRACTION	97.453
1.991-2.056	0.223	66	0.234	1507	X-RAY DIFFRACTION	97.8234
2.056-2.128	0.245	74	0.21	1463	X-RAY DIFFRACTION	98.0855
2.128-2.208	0.211	75	0.19	1406	X-RAY DIFFRACTION	98.2095
2.208-2.298	0.242	74	0.192	1342	X-RAY DIFFRACTION	97.5879
2.298-2.4	0.224	72	0.187	1259	X-RAY DIFFRACTION	97.2243
2.4-2.517	0.232	61	0.182	1223	X-RAY DIFFRACTION	96.614
2.517-2.653	0.23	51	0.188	1151	X-RAY DIFFRACTION	96.0064
2.653-2.813	0.205	59	0.181	1085	X-RAY DIFFRACTION	95.3333
2.813-3.007	0.246	61	0.178	1003	X-RAY DIFFRACTION	95.5117
3.007-3.247	0.197	54	0.174	963	X-RAY DIFFRACTION	95.853
3.247-3.556	0.241	44	0.169	895	X-RAY DIFFRACTION	96.4066
3.556-3.973	0.182	48	0.163	805	X-RAY DIFFRACTION	96.6025
3.973-4.583	0.197	39	0.142	699	X-RAY DIFFRACTION	94.4942
4.583-5.603	0.17	33	0.162	586	X-RAY DIFFRACTION	93.5045
5.603-7.878	0.227	30	0.204	460	X-RAY DIFFRACTION	92.9791
7.878-40.67	0.268	10	0.212	263	X-RAY DIFFRACTION	90.3974

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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