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- PDB-6x9k: Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x9k
タイトルHuman DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA and Inhibitor GSK3685032A
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*G)-R(P*(PYO))-D(P*GP*GP*CP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR/DNA / EPIGENETICS (エピジェネティクス) / DNA METHYLTRANSFERASE FOLD / MAINTENANCE METHYLATION / INHIBITION (酵素阻害剤) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation involved in phenotypic switching / epigenetic programming of gene expression / cellular response to bisphenol A / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / DNA-methyltransferase activity / DNAメチルトランスフェラーゼ / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / SUMOylation of DNA methylation proteins / DNA methylation-dependent heterochromatin formation ...chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation involved in phenotypic switching / epigenetic programming of gene expression / cellular response to bisphenol A / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / DNA-methyltransferase activity / DNAメチルトランスフェラーゼ / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / SUMOylation of DNA methylation proteins / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / female germ cell nucleus / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / pericentric heterochromatin / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / DNAメチル化 / PRC2 methylates histones and DNA / DNA複製 / Defective pyroptosis / promoter-specific chromatin binding / cellular response to amino acid stimulus / NoRC negatively regulates rRNA expression / メチル化 / negative regulation of gene expression / DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1, replication foci domain / Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding domain / DMAP1-binding domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1, replication foci domain / Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding domain / DMAP1-binding domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain / BAH domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UXM / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Pathuri, S. / Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134744 米国
引用ジャーナル: Nat Cancer / 年: 2021
タイトル: Discovery of a first-in-class reversible DNMT1-selective inhibitor with improved tolerability and efficacy in acute myeloid leukemia.
著者: Pappalardi, M.B. / Keenan, K. / Cockerill, M. / Kellner, W.A. / Stowell, A. / Sherk, C. / Wong, K. / Pathuri, S. / Briand, J. / Steidel, M. / Chapman, P. / Groy, A. / Wiseman, A.K. / McHugh, ...著者: Pappalardi, M.B. / Keenan, K. / Cockerill, M. / Kellner, W.A. / Stowell, A. / Sherk, C. / Wong, K. / Pathuri, S. / Briand, J. / Steidel, M. / Chapman, P. / Groy, A. / Wiseman, A.K. / McHugh, C.F. / Campobasso, N. / Graves, A.P. / Fairweather, E. / Werner, T. / Raoof, A. / Butlin, R.J. / Rueda, L. / Horton, J.R. / Fosbenner, D.T. / Zhang, C. / Handler, J.L. / Muliaditan, M. / Mebrahtu, M. / Jaworski, J.P. / McNulty, D.E. / Burt, C. / Eberl, H.C. / Taylor, A.N. / Ho, T. / Merrihew, S. / Foley, S.W. / Rutkowska, A. / Li, M. / Romeril, S.P. / Goldberg, K. / Zhang, X. / Kershaw, C.S. / Bantscheff, M. / Jurewicz, A.J. / Minthorn, E. / Grandi, P. / Patel, M. / Benowitz, A.B. / Mohammad, H.P. / Gilmartin, A.G. / Prinjha, R.K. / Ogilvie, D. / Carpenter, C. / Heerding, D. / Baylin, S.B. / Jones, P.A. / Cheng, X. / King, B.W. / Luengo, J.I. / Jordan, A.M. / Waddell, I. / Kruger, R.G. / McCabe, M.T.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
C: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*G)-R(P*(PYO))-D(P*GP*GP*CP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,25715
ポリマ－106,1473
非ポリマー1,11012
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area38750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.318, 78.336, 117.068
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.761, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 / Dnmt1 / CXXC-type zinc finger protein 9 / DNA methyltransferase HsaI / M.HsaI / MCMT


分子量: 98803.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT1, AIM, CXXC9, DNMT
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P26358, DNAメチルトランスフェラーゼ

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 3678.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*G)-R(P*(PYO))-D(P*GP*GP*CP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3665.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 201分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-UXM / (2R)-2-{[6-(4-aminopiperidin-1-yl)-3,5-dicyano-4-ethylpyridin-2-yl]sulfanyl}-2-phenylacetamide


分子量: 420.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→40 Å / Num. obs: 34128 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 54.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.749 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3087 / CC1/2: 0.545 / CC star: 0.84 / Rpim(I) all: 0.385 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6X9I

6x9i


解像度: 2.65→40 Å / SU ML: 0.3213 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.6723
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 1706 5 %
Rwork0.1824 32408 -
obs0.1847 34114 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6511 487 68 189 7255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047335
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.670110064
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04421080
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00511235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.18692692
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.730.33641260.2932411X-RAY DIFFRACTION88.18
2.73-2.820.29261380.26882603X-RAY DIFFRACTION96.18
2.82-2.920.26511430.25022711X-RAY DIFFRACTION99.24
2.92-3.030.34331420.24912710X-RAY DIFFRACTION99.76
3.03-3.170.29541430.23082724X-RAY DIFFRACTION99.79
3.17-3.340.24851450.20842727X-RAY DIFFRACTION99.72
3.34-3.550.25821430.1912725X-RAY DIFFRACTION99.58
3.55-3.820.23151430.18162713X-RAY DIFFRACTION99.37
3.82-4.20.20751440.1562741X-RAY DIFFRACTION100
4.2-4.810.17161450.13962756X-RAY DIFFRACTION100
4.81-6.060.19761460.15492773X-RAY DIFFRACTION99.9
6.06-400.19821480.16412814X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.46358727559-1.366008602453.879716305083.21645574058-1.193930059795.51994969237-0.153390575862-0.274630647545-0.009764485196370.0922238818795-0.156302434318-0.7177516135560.05822391180250.4071772220560.2640687843440.6280218341740.172993857182-0.08612263544630.51247515861-0.05213897974350.5600307503194.94848782969-10.890903772129.3330731076
21.54584760795-0.7543275015740.6150576476519.525577965361.990145213754.305942567740.246450225866-0.2239419969650.2995182555030.0636140259918-0.207685634958-1.069749150910.1536187068020.652496934544-0.06371574820640.5461606731-0.142685536213-0.05917322452690.6928379782090.03277561451750.49631533074-2.7154138719120.770343230231.8368905792
34.568973243845.47624876812-1.012424343675.12438110395-1.011857227310.2269620580520.404488202873-1.265661265430.4057830361130.536806944365-0.2384640604370.112375827418-0.160213408313-0.0485517397599-0.151222432230.610665514358-0.148615870609-0.03263227490550.9879188334540.003247742977460.448407583089-30.566956904819.866721243941.2110377465
42.40814648813-0.6260544802520.0126998279130.8514297771990.176927566111.45804377067-0.00541604693204-0.1316006234890.0468774674034-0.04181725931670.1519376166840.0671231062640.0831300942534-0.0888801660218-0.1262645480450.422680340952-0.0491089205983-0.07819834403670.3109663924520.06806235537620.239301422854-34.77371735267.2087174904521.2395199758
51.18185669206-1.25192546043-1.268364237475.511211866133.805024235282.800214763220.3063710524721.82127977741-0.838552047157-0.828425250790.488278380930.7973834302860.0695072303280.811956379642-0.774351618520.94275819078-0.172546966687-0.3173736113471.222265860940.3288625364350.749556018034-46.4636360394-8.8731031566231.0164797171
68.312172965612.81042873109-2.81822980787.683327289163.628972941814.07135294589-0.9190525913770.538553271515-0.372467062922-1.095932905130.3824103707230.899026439173-0.21179443327-0.01006901582540.6805269905031.012086723270.0683169128789-0.2701041098221.063570960950.1337914514660.768133802289-45.8848357736-8.3275013790530.402416027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 730 through 878 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 879 through 951 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 952 through 1013 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1014 through 1600 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 12 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 13 through 24 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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