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- PDB-6x9i: Human DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x9i
タイトルHuman DNMT1(729-1600) Bound to Zebularine-Containing 12mer dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*CP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*G)-R(P*(PYO))-D(P*GP*GP*CP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / EPIGENETICS / DNA METHYLTRANSFERASE FOLD / MAINTENANCE METHYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation involved in phenotypic switching / epigenetic programming of gene expression / DNA-methyltransferase activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / cellular response to bisphenol A / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase ...chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation involved in phenotypic switching / epigenetic programming of gene expression / DNA-methyltransferase activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / cellular response to bisphenol A / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / SUMOylation of DNA methylation proteins / female germ cell nucleus / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / lncRNA binding / pericentric heterochromatin / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / DNA methylation / replication fork / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / cellular response to amino acid stimulus / promoter-specific chromatin binding / NoRC negatively regulates rRNA expression / methylation / negative regulation of gene expression / DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1, replication foci domain / Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding domain / DMAP1-binding domain profile. / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1, replication foci domain / Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding Domain / DMAP1-binding domain / DMAP1-binding domain profile. / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pathuri, S. / Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134744 米国
引用ジャーナル: Nat Cancer / 年: 2021
タイトル: Discovery of a first-in-class reversible DNMT1-selective inhibitor with improved tolerability and efficacy in acute myeloid leukemia.
著者: Pappalardi, M.B. / Keenan, K. / Cockerill, M. / Kellner, W.A. / Stowell, A. / Sherk, C. / Wong, K. / Pathuri, S. / Briand, J. / Steidel, M. / Chapman, P. / Groy, A. / Wiseman, A.K. / McHugh, ...著者: Pappalardi, M.B. / Keenan, K. / Cockerill, M. / Kellner, W.A. / Stowell, A. / Sherk, C. / Wong, K. / Pathuri, S. / Briand, J. / Steidel, M. / Chapman, P. / Groy, A. / Wiseman, A.K. / McHugh, C.F. / Campobasso, N. / Graves, A.P. / Fairweather, E. / Werner, T. / Raoof, A. / Butlin, R.J. / Rueda, L. / Horton, J.R. / Fosbenner, D.T. / Zhang, C. / Handler, J.L. / Muliaditan, M. / Mebrahtu, M. / Jaworski, J.P. / McNulty, D.E. / Burt, C. / Eberl, H.C. / Taylor, A.N. / Ho, T. / Merrihew, S. / Foley, S.W. / Rutkowska, A. / Li, M. / Romeril, S.P. / Goldberg, K. / Zhang, X. / Kershaw, C.S. / Bantscheff, M. / Jurewicz, A.J. / Minthorn, E. / Grandi, P. / Patel, M. / Benowitz, A.B. / Mohammad, H.P. / Gilmartin, A.G. / Prinjha, R.K. / Ogilvie, D. / Carpenter, C. / Heerding, D. / Baylin, S.B. / Jones, P.A. / Cheng, X. / King, B.W. / Luengo, J.I. / Jordan, A.M. / Waddell, I. / Kruger, R.G. / McCabe, M.T.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_status ...chem_comp / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
C: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*CP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*G)-R(P*(PYO))-D(P*GP*GP*CP*CP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,00311
ポリマ－106,1473
非ポリマー8568
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area36830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.886, 77.698, 115.408
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.669, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-111-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 / Dnmt1 / CXXC-type zinc finger protein 9 / DNA methyltransferase HsaI / M.HsaI / MCMT


分子量: 98803.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT1, AIM, CXXC9, DNMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold
参照: UniProt: P26358, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*GP*CP*(5CM)P*GP*CP*CP*TP*GP*C)-3')


分子量: 3678.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*G)-R(P*(PYO))-D(P*GP*GP*CP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3665.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 233分子

#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 14-18% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 M citric acid (pH 5.1)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.21 Å / Num. obs: 55268 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 45.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 1.021 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4682 / CC1/2: 0.453 / CC star: 0.789 / Rpim(I) all: 0.662 / % possible all: 81.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SWR

3swr


解像度: 2.2→45.21 Å / SU ML: 0.2583 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.2122
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 1997 3.62 %
Rwork0.1939 53115 -
obs0.195 55112 93.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6194 487 50 225 6956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00436946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68279545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04471036
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1822475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.3827870.30432282X-RAY DIFFRACTION56.74
2.26-2.320.32421270.28163401X-RAY DIFFRACTION84.14
2.32-2.390.29521400.26933693X-RAY DIFFRACTION91.96
2.39-2.470.29741480.2613961X-RAY DIFFRACTION98.37
2.47-2.550.27521520.2444023X-RAY DIFFRACTION99.33
2.55-2.660.26371490.23633994X-RAY DIFFRACTION98.95
2.66-2.780.26441520.224010X-RAY DIFFRACTION98.77
2.78-2.920.25171490.21383972X-RAY DIFFRACTION98.45
2.92-3.110.22631500.2143994X-RAY DIFFRACTION98.25
3.11-3.350.24841420.19853775X-RAY DIFFRACTION93.48
3.35-3.680.21971470.18753948X-RAY DIFFRACTION97.29
3.68-4.210.20031520.17014048X-RAY DIFFRACTION99.69
4.21-5.310.18641510.15883987X-RAY DIFFRACTION97.34
5.31-45.210.20111510.17664027X-RAY DIFFRACTION96.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.824728176610.8962589599941.056322723811.31340187595-0.1042252152472.494907224770.02578415249570.287309944234-0.3938103715960.04922366583820.302208677191-0.1723195496280.2941459764220.252044105204-0.2727014766770.4370118982640.130334245178-0.08050038333650.326269745202-0.1125468342530.3006219007453.02613531993.4118223125426.9068260716
25.8698241319-1.09902666986.320436928123.79716078608-2.796000226979.109563154960.172890262693-1.10075613614-0.6823239630340.5802156370540.861217487285-0.9127568770120.69098149858-0.199320036043-1.038079334331.211662814450.371279377386-0.3479013871790.902566757169-0.3673678758790.74621788252711.4994450845-7.6458730265816.6464939889
33.806294708730.656836245769-1.573458104233.47484078638-1.633328072021.299020228630.05343661160380.898975663481-0.7885659134620.05628174282750.229160154132-0.8051966913211.273752805841.38027177422-0.2888692691491.081303381660.433892744874-0.2697581545370.91340466392-0.3240368458780.65574368052911.1022024832-6.7746369357517.7442247753
46.505900460150.5853741095013.196784385562.534103267671.785113706135.410939118820.166054058466-0.184578745556-0.3497796154620.140316000135-0.1660381447430.6159335050530.456493447268-1.094459972380.03004350155210.779455440361-0.351272939947-0.1330913824220.905529106030.2547672674540.726539512855-39.6496101371-8.8240479575617.4830945965
55.5547254621-1.051997254571.200980295571.27381283440.28570253291.7664910307-0.4330091508690.4884418266371.08451547252-0.1228031337380.0780806515037-0.0209091688495-0.524699173014-0.1423223178620.319160988570.6222987366870.0777902847422-0.1241389853960.4631005829380.1574604628510.550078759474-14.17149708627.515918726614.6555524639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1099 through 1600 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 1 through 12 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 13 through 24 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 730 through 893 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 894 through 1098 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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