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- PDB-6x9d: Structure of proline utilization A with trans-4-hydroxy-L-proline... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x9d
タイトルStructure of proline utilization A with trans-4-hydroxy-L-proline bound in the L-glutamate-gamma-semialdehyde dehydrogenase active site
要素Bifunctional protein PutA
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / ROSSMANN FOLD / PROLINE DEHYDROGNEASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / PROLINE CATABOLISM / SUBSTRATE CHANNELING / BIFUNCTIONAL ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


proline dehydrogenase / proline dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / proline biosynthetic process / cytoplasmic side of plasma membrane / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase ...Proline dehydrogenase PutA, domain I / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Proline utilization A proline dehydrogenase N-terminal domain / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 3 / Proline dehydrogenase PutA, domain II / Proline dehydrogenase PutA, domain I/II / DNA-binding domain of Proline dehydrogenase / Bifunctional protein PutA / Proline dehydrogenase domain / Proline dehydrogenase / : / FAD-linked oxidoreductase-like / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FORMIC ACID / 4-HYDROXYPROLINE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Bifunctional protein PutA
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Campbell, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM065546 米国
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of prolines and hydroxyprolines binding to the l-glutamate-gamma-semialdehyde dehydrogenase active site of bifunctional proline utilization A.
著者: Campbell, A.C. / Bogner, A.N. / Mao, Y. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein PutA
B: Bifunctional protein PutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,16120
ポリマ－263,9232
非ポリマー4,23818
水39,8312211
1
A: Bifunctional protein PutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,14711
ポリマ－131,9621
非ポリマー2,18510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional protein PutA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,0149
ポリマ－131,9621
非ポリマー2,0538
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11140 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area78450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.320, 102.140, 126.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional protein PutA


分子量: 131961.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (strain SM11) (根粒菌)
株: SM11 / 遺伝子: putA, SM11_chr0102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: F7X6I3, proline dehydrogenase, L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 9種, 2229分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-HYP / 4-HYDROXYPROLINE / HYDROXYPROLINE / ヒドロキシプロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystallization experiments were set up with SmPutA (6 mg/mL), trans-4-hydroxy-L-proline (50 mM), and NAD+ (10 mM) in a buffer containing 50 mM Tris (pH 8.0), 50 mM NaCl, 5% (w/v) glycerol, ...詳細: Crystallization experiments were set up with SmPutA (6 mg/mL), trans-4-hydroxy-L-proline (50 mM), and NAD+ (10 mM) in a buffer containing 50 mM Tris (pH 8.0), 50 mM NaCl, 5% (w/v) glycerol, and 0.5 mM Tris(2-caboxyethyl)phosphine. Crystals were grown using a reservoir solution containing 19% PEG-3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES (pH 8.0), and 0.1 M sodium formate. Cryobuffer: reservoir supplemented with 15 % PEG-200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→48.593 Å / Num. obs: 363339 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.54-1.573.51.29763243179480.3780.8131.5350.999.8
8.43-48.597.10.0261647023050.9990.010.02851.499.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5KF6

5kf6


解像度: 1.54→48.593 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 20.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2104 18017 4.97 %
Rwork0.1792 344580 -
obs0.1807 362597 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.37 Å2 / Biso mean: 21.7646 Å2 / Biso min: 7.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.54→48.593 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18022 0 274 2211 20507
Biso mean--22.52 28.64 -
残基数----2435
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.54-1.55750.33085460.29971120197
1.5575-1.57580.31486160.28661131999
1.5758-1.5950.29426630.276111354100
1.595-1.61520.29996460.269311434100
1.6152-1.63650.29245940.258311439100
1.6365-1.65890.26735980.244211495100
1.6589-1.68260.27465930.241911470100
1.6826-1.70770.29985710.259411506100
1.7077-1.73440.28775920.249211513100
1.7344-1.76290.27166070.234311475100
1.7629-1.79330.24826440.217111484100
1.7933-1.82590.24636330.20311451100
1.8259-1.8610.22755940.197711496100
1.861-1.8990.24145260.19311543100
1.899-1.94030.2245700.19741140899
1.9403-1.98540.22235730.18711512100
1.9854-2.0350.2245820.186811542100
2.035-2.09010.235670.19081142399
2.0901-2.15160.2086340.175811483100
2.1516-2.2210.20636240.165311486100
2.221-2.30040.21335990.17351137499
2.3004-2.39250.20516260.167311494100
2.3925-2.50140.21476270.170811508100
2.5014-2.63330.20785660.171211560100
2.6333-2.79820.20576260.171311546100
2.7982-3.01420.20575900.168511578100
3.0142-3.31750.19925940.171811568100
3.3175-3.79740.17175820.154411578100
3.7974-4.78370.15336130.129511582100
4.7837-48.5930.15816210.141311758100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5298-0.04860.17080.0912-0.03460.1375-0.0411-0.08740.00090.03210.03740.0176-0.0228-0.03430.00320.13150.0190.0190.10080.00690.108-25.755565.726192.9198
20.1803-0.00390.08060.1989-0.0410.42060.0156-0.0289-0.010.04390.0055-0.00120.0533-0.093-0.01990.1007-0.00230.00390.1-0.00760.10795.657331.052991.6705
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and peptide and not resname HYP)A0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and peptide and not resname HYP)B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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