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- PDB-6x8s: Crystal structure of 3D11 Fab in complex with Plasmodium berghei ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x8s
タイトルCrystal structure of 3D11 Fab in complex with Plasmodium berghei circumsporozoite protein NAND peptide
要素
  • 3D11 Fab heavy chain
  • 3D11 Fab light chain
  • NAND peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Malaria / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation by symbiont of entry into host / positive regulation of development of symbiont in host / positive regulation of developmental process / adhesion of symbiont to host cell / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / external side of plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium berghei ANKA (ネズミマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Thai, E. / Julien, J.P.
資金援助 米国, カナダ, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)ACB-12002 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AGM-12006 米国
CIFAR Azrieli Global Scholar カナダ
Ontario Early Researcher Award カナダ
Canada Research Chair カナダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural ordering of the circumsporozoite protein repeats by inhibitory antibody 3D11.
著者: Iga Kucharska / Elaine Thai / Ananya Srivastava / John L Rubinstein / Régis Pomès / Jean-Philippe Julien /
要旨: Plasmodium sporozoites express circumsporozoite protein (CSP) on their surface, an essential protein that contains central repeating motifs. Antibodies targeting this region can neutralize infection, ...Plasmodium sporozoites express circumsporozoite protein (CSP) on their surface, an essential protein that contains central repeating motifs. Antibodies targeting this region can neutralize infection, and the partial efficacy of RTS,S/AS01 - the leading malaria vaccine against (Pf) - has been associated with the humoral response against the repeats. Although structural details of antibody recognition of PfCSP have recently emerged, the molecular basis of antibody-mediated inhibition of other Plasmodium species via CSP binding remains unclear. Here, we analyze the structure and molecular interactions of potent monoclonal antibody (mAb) 3D11 binding to CSP (PbCSP) using molecular dynamics simulations, X-ray crystallography, and cryoEM. We reveal that mAb 3D11 can accommodate all subtle variances of the PbCSP repeating motifs, and, upon binding, induces structural ordering of PbCSP through homotypic interactions. Together, our findings uncover common mechanisms of antibody evolution in mammals against the CSP repeats of Plasmodium sporozoites.
履歴
登録2020年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 3D11 Fab heavy chain
L: 3D11 Fab light chain
P: NAND peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,91930
ポリマ－48,2433
非ポリマー1,67627
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9090 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.651, 59.651, 234.901
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-303-

EDO

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要素

#1: 抗体 3D11 Fab heavy chain


分子量: 22629.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 3D11 Fab light chain


分子量: 23989.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド NAND peptide


分子量: 1623.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium berghei ANKA (ネズミマラリア原虫)
参照: UniProt: P23093*PLUS
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M di-sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→40 Å / Num. obs: 70664 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 24.02 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Num. unique obs: 11753 / CC1/2: 0.567

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal

解像度: 1.55→39.15 Å / SU ML: 0.1826 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.5256
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1846 1986 2.81 %
Rwork0.1621 68675 -
obs0.1628 70661 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→39.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3341 0 112 380 3833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01463609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42534896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1171559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0096621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.75391321
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.590.32741400.27674757X-RAY DIFFRACTION97.03
1.59-1.630.28751380.26364747X-RAY DIFFRACTION97.29
1.63-1.680.25331380.24074794X-RAY DIFFRACTION97.37
1.68-1.730.25491430.21944813X-RAY DIFFRACTION97.77
1.73-1.80.23131370.20244820X-RAY DIFFRACTION97.85
1.8-1.870.2111420.18944830X-RAY DIFFRACTION98.13
1.87-1.950.19171370.1664844X-RAY DIFFRACTION98.3
1.95-2.060.19881450.16024899X-RAY DIFFRACTION98.5
2.06-2.180.17931400.15554867X-RAY DIFFRACTION98.74
2.18-2.350.18571430.15844927X-RAY DIFFRACTION98.79
2.35-2.590.17511390.16014999X-RAY DIFFRACTION99.25
2.59-2.960.17921500.15964960X-RAY DIFFRACTION99.4
2.97-3.730.17841360.15155095X-RAY DIFFRACTION99.56
3.74-39.150.16291580.14625323X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.613098431860.876225741008-0.561094976018.79102286701-1.042636988964.64797206010.12346103419-0.0723606778861-0.0837779809360.0179825970882-0.2148507600770.214356200740.0245098855432-0.2800033309950.001059908184140.150041748634-0.00364184237411-0.01142720441890.2501792175-0.03720300020840.22034138582835.4818369587-28.3741189385-63.5773380637
23.15368452086-0.3966485672430.1157156764023.9714146225-0.6463993045763.44085878651-0.03618270655230.01302742746680.0301228045040.0944732827527-0.03191559871710.0625280306098-0.1941225394540.03846614581320.06897161585480.1138525342390.00124009102298-0.01225717011980.171695701621-0.01162235201450.14046195241545.5677414969-22.0673399699-72.05678458
35.09999510322-3.625620790535.141319591613.36484648312-3.288585147576.28174793323-0.08304309410120.220516199081-0.518613700517-0.02142601016410.1674075969740.1849180044160.3478817267370.121681453524-0.186376345070.2386603490660.008727476050980.004028201307690.277561054425-0.04116660198440.28704491737944.4919045316-32.0013964568-73.3332615441
41.96374925462-0.6315507608210.1229505178437.83037566794-3.687387728488.264753388370.0733236793420.0622291222119-0.308448849047-0.221247868128-0.09193274291860.2396970656190.5922749809990.02133737803790.003731110068330.167420673616-0.01049162569880.01633481338670.226367242929-0.03858951776240.24158821018238.8318756177-30.4385617698-67.9926297454
50.392881725817-0.534686348488-0.4354675647480.7356710853070.3101023352521.70907943729-0.0555843796189-0.0450616203273-0.03937706074230.0525532817810.01650501010840.1438780032810.08219528350570.02096723490240.03622776467380.172501122986-0.0299390341234-0.0009008577841190.218755546652-0.01394971287280.23762667373237.4971166129-21.9054068068-48.7882381913
60.755430485289-1.08535114484-0.3315335184853.792463840471.472482234590.940908142473-0.03604583732880.0366971292277-0.04094010818510.0222826912839-0.00662215165650.1732863119630.0338261731256-0.09863804370610.04015637736150.2005321746190.000889292881851-0.01223212172270.1788639191050.002507840150430.22726454594233.7210567551-18.8589596542-41.1995681282
74.750174921440.0604101564972-0.178329218549.068172825246.876193306615.840473401520.0390224927041-0.389667011137-0.229848135870.566766958042-0.1266720172150.5927796607190.608723221355-0.6486619746860.1962384860670.280217965033-0.01420989201020.008938754480310.282000729843-0.009134206085390.37732138842525.2779789021-17.9489521317-36.4426257974
81.340231045850.3122333532660.3204449857152.146716998311.875597678683.024701637920.00328296280587-0.003378092062740.08133467670.004982246383860.00402967626912-0.0443669404254-0.03767708027680.169768353129-0.008401644172630.192659457607-0.02664055845510.0134795676440.2412421277270.006455124107140.18075721468859.7366195952-12.2406819552-64.2609515409
90.592446247279-0.223036024398-0.3161945456430.3183779334250.3173708516681.442686386530.0155032799034-0.020751160718-0.04376832752290.00316725993232-0.022035344520.038262764496-0.09177222726980.0385117365493-0.001727351899980.189185240143-0.0208856666724-0.004668899163070.192303452727-0.005674208632260.19246301096349.6871605949-16.6038346526-48.3249263049
102.53717961221.94371363525-1.633370109353.59811421679-1.516648875533.466790776310.0379585647792-0.122518278614-0.07541841382130.156536989118-0.01331210521820.01588408263590.05647120969050.105764085658-0.01257588962280.1785977888670.0179698673862-0.006515444704680.168280838353-0.001872240805420.19207383495347.0742720385-20.150868433-32.0866026069
115.279081997774.02099956328-1.724148731425.27553729765-1.217860755023.458266938590.274440948042-0.469801304105-0.09233088925120.512605862672-0.2181243996620.1954004228710.148883608186-0.0890415194226-0.05004044167610.244280464990.01085498778180.02015375415490.1875812606810.03969608324970.20144715477441.124701676-22.8948318166-22.5867581423
126.032682578551.192468754362.010809371926.379165061770.8618082250271.86330121133-0.3236526672950.5829679236270.728860930383-0.634121468170.01896425835920.391808675568-0.564602961694-0.02975682917460.4155973957210.350790942915-0.0148886826059-0.0642815779290.3032434070080.05538758367160.23644532053148.9201257747-12.8247374159-78.3656505651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 3 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 25 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 60 through 72 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 73 through 87 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 88 through 134 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 135 through 203 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 204 through 216 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 1 through 75 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 76 through 128 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 129 through 174 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 175 through 214 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'P' and (resid 1 through 13 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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