PDB-6x6v: Crystal structure of inactive enzymatic binary toxin component fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x6v

タイトル

Crystal structure of inactive enzymatic binary toxin component from Clostridium difficile in complex with NADPH

要素

CdtA

キーワード

TOXIN / TRANSFERASE / RIBOSYLTRANSFERASE / CDTA

機能・相同性

Binary exotoxin A, clostridial type / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / extracellular region / Chem-NDP / CdtA

機能・相同性情報

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Pozharski, E.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of inactive enzymatic binary toxin component from Clostridium difficile in complex with NADPH
著者: Pozharski, E.

履歴

登録	2020年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x6v.cif.gz	681.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x6v.ent.gz	565 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6x6v_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6x6v_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6x6v_validation.xml.gz	63.5 KB	表示
CIF形式データ	6x6v_validation.cif.gz	89.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wn4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4k0r-d 7m7t-d 6lue-1 3tzy-2 1gir-d 7d0m-d 7m7p-d 3ejd-1 6kx8-1 4yqw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CdtA

B: CdtA

C: CdtA

D: CdtA

ヘテロ分子

201 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CdtA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
50.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CdtA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: CdtA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: CdtA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.770, 101.100, 104.330
Angle α, β, γ (deg.)	98.800, 112.360, 106.720
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	CdtA 分子量: 49536.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 遺伝子: cdtA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F5B5W8
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.2 M Sodium dihydrogen phosphate/0.8 M dipotassium hydrogen phosphate, 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M CAPS pH 10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→38.91 Å / Num. obs: 114511 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 1.97 % / CC_1/2: 0.957 / Net I/σ(I): 2.85
反射シェル	解像度: 2.4→2.47 Å / Num. unique obs: 17202 / CC_1/2: 0.34

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2wn4

2wn4

解像度: 2.42→38.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8861 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8534 / SU R Cruickshank DPI: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.257 / SU R_free Blow DPI: 0.202 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.207

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2345	5428	5.06 %	RANDOM
R_work	0.2062	-	-	-
obs	0.2076	107350	98.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.59 Å² / B_iso mean: 31.68 Å² / B_iso min: 3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.166 Å²	-1.9468 Å²	-2.4487 Å²
2-	-	-2.0909 Å²	-1.9649 Å²
3-	-	-	-1.0751 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.385 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.42→38.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13382	0	192	637	14211
B_iso mean	-	-	45.11	26.81	-
残基数	-	-	-	-	1664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	4984	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	395	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	2007	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	13905	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1833	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	16551	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	13905	HARMONIC	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	18832	HARMONIC	2	1.13
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.98
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				19.36

LS精密化シェル

解像度: 2.42→2.48 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2429	372	4.79 %
R_work	0.2156	7390	-
all	0.2169	7762	-
obs	-	-	96.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6086	-0.3655	-0.2812	1.5606	-0.1311	0.9048	0.0787	-0.0753	0.0105	-0.0602	0.0169	-0.1512	-0.0246	0.2442	-0.0955	-0.2115	-0.0202	0.0076	0.0413	0.0008	-0.027	24.7623	-8.0893	-19.4449
2	2.3417	-0.2795	-0.2776	0.9489	0.067	0.7133	-0.0126	-0.0705	0.1191	0.0419	0.0471	0.0704	-0.0818	0.0896	-0.0345	-0.1558	-0.0472	0.062	-0.0425	0.0564	-0.0821	-2.1769	6.6416	-14.1935
3	1.1825	0.365	0.2213	0.8844	-0.0288	0.996	0.0948	-0.0217	0.0966	0.0002	-0.0619	0.1315	0.0766	-0.0208	-0.0328	-0.2269	-0.0146	0.0437	-0.0633	0.0239	0.0246	-20.6766	33.8168	-52.6993
4	1.9117	-0.0694	0.0154	0.5981	-0.1494	0.9932	0.0836	-0.2945	0.0587	0.0892	-0.0745	-0.0053	-0.1023	-0.051	-0.0092	-0.1861	-0.053	0.0477	-0.1278	0.0339	-0.0078	4.8537	36.2055	-35.4621
5	1.6528	0.2454	0.3557	0.8832	0.2926	0.3357	0.0863	0.0195	0.0048	0.0792	-0.0321	-0.0023	0.072	0.1511	-0.0543	-0.2256	-0.0183	0.0285	-0.0198	0.0264	-0.0228	30.6033	23.2463	-66.5515
6	2.6117	0.526	0.5964	1.0226	-0.2344	0.4725	0.0646	0.247	-0.4571	-0.1114	-0.0199	-0.0565	0.1084	-0.0119	-0.0447	-0.1714	0.0181	0.02	-0.0653	-0.0134	-0.0356	5.0461	7.1024	-73.4872
7	1.6945	-0.0528	-0.6988	0.9517	-0.3302	1.85	0.1045	0.1128	-0.1497	-0.0394	-0.1168	0.2697	-0.07	-0.2118	0.0123	-0.2787	-0.0145	0.0175	-0.0785	-0.0294	0.0679	-24.7943	-20.6592	-37.2227
8	2.3781	-0.5483	-0.6027	0.5987	-0.2665	0.4258	0.0456	0.4317	-0.0608	-0.1613	-0.0678	-0.0106	0.0099	-0.0724	0.0222	-0.1603	0.018	0.0094	-0.1124	0.0105	-0.0029	2.0924	-21.4808	-52.7942

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|5 - 218}	A	5 - 218
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|219 - 420}	A	219 - 420
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{B\|5 - 218}	B	5 - 218
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|219 - 420}	B	219 - 420
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{C\|5 - 218}	C	5 - 218
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{C\|219 - 420}	C	219 - 420
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{D\|5 - 218}	D	5 - 218
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{D\|219 - 420}	D	219 - 420

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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