PDB-6x6r: Crystal structure of C.difficile ribosyltransferase CDTa in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x6r

タイトル

Crystal structure of C.difficile ribosyltransferase CDTa in complex with pCl-phenylthioDADMeImmA

要素

ADP-ribosyltransferase

キーワード

TOXIN / TRANSFERASE / ADP-ribosyltransferase

機能・相同性

Binary exotoxin A, clostridial type / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / extracellular region / Chem-4CT / Chem-AR6 / CdtA

機能・相同性情報

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Pozharski, E.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of C.difficile ribosyltransferase CDTa in complex with pCl-phenylthioDADMeImmA
著者: Pozharski, E.

履歴

登録	2020年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x6r.cif.gz	365.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x6r.ent.gz	295.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x6r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6x6r_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6x6r_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6x6r_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	6x6r_validation.cif.gz	53.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x41S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6x6v-1 4ed1-d 1giq-1 1gir-d 6kx5-d 5l1j-d 2ush-2 3pgc-1 6blq-d 5meq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosyltransferase

B: ADP-ribosyltransferase

ヘテロ分子

97.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-ribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ADP-ribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.442, 76.066, 100.227
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 122.100, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-69- TYR

#1: タンパク質	ADP-ribosyltransferase 分子量: 48276.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 遺伝子: cdtA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F5B5W8
#2: 化合物	ChemComp-4CT / (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(4-chlorophenyl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol 分子量: 389.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀ClN₅OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose 分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium Sodium tartrate, 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→38.36 Å / Num. obs: 63872 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.01→2.06 Å / Num. unique obs: 4072 / CC_1/2: 0.319

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6x41

6x41

解像度: 2.02→38.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.167 / SU R_free Blow DPI: 0.144 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.145

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.208	3089	4.87 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.174	63465	98.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.69 Å² / B_iso mean: 46.07 Å² / B_iso min: 18.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.9375 Å²	0 Å²	1.2236 Å²
2-	-	5.5458 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3917 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.02→38.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6741	0	87	525	7353
B_iso mean	-	-	50.4	51.3	-
残基数	-	-	-	-	831

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2585	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1208	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	7095	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	924	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	8558	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	7095	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	9605	HARMONIC	2	1.09
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.55
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.18

LS精密化シェル

解像度: 2.02→2.04 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2532	60	4.72 %
R_work	0.2397	1210	-
all	0.2404	1270	-
obs	-	-	83.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3032	0.0158	0.1092	0.9067	-0.1918	1.6857	-0.0634	-0.093	-0.1501	-0.0308	0.0737	-0.0234	0.4747	0.2066	-0.0103	0.0504	0.1081	0.0171	-0.1429	-0.0049	-0.1034	-7.9387	-41.5485	30.0918
2	1.1733	-0.7767	0.0064	1.6542	-0.192	0.9885	0.088	0.2389	0.2223	-0.1804	-0.0828	-0.2	0.0308	0.3038	-0.0052	-0.1135	0.0402	0.0112	0.0147	0.0044	-0.0468	-0.5134	-15.8154	15.1107
3	1.2779	-0.2035	0.0219	1.7307	-0.1273	1.7218	-0.0318	-0.1004	0.2958	0.0222	-0.033	-0.0546	-0.1696	-0.0888	0.0648	-0.0621	0.0259	-0.0033	-0.1491	-0.0287	-0.0439	-37.6409	2.2227	19.6539
4	0.8196	-0.1636	0.3355	2.2109	-0.2558	0.9752	0.0307	-0.0329	0.0176	-0.0891	-0.0331	0.1977	0.1678	-0.217	0.0025	-0.0003	-0.0697	0.0132	-0.0647	-0.0197	-0.0963	-45.1984	-27.6341	17.3897

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|5 - A\|213 }	A	5 - 213
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|214 - A\|420 }	A	214 - 420
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|6 - B\|215 }	B	6 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|216 - B\|420 }	B	216 - 420

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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