PDB-6x6o: Crystal structure of T4 protein Spackle as determined by native S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x6o

タイトル

Crystal structure of T4 protein Spackle as determined by native SAD phasing

要素

Protein spackle

キーワード

VIRAL PROTEIN / APOBEC / deaminase / HYDROLASE

機能・相同性

Protein spackle / superinfection exclusion / host cell periplasmic space / Protein spackle

機能・相同性情報

生物種

Escherichia virus T4 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Shi, K. / Kurniawan, F. / Banerjee, S. / Moeller, N.H. / Aihara, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of bacteriophage T4 Spackle as determined by native SAD phasing.
著者: Shi, K. / Kurniawan, F. / Banerjee, S. / Moeller, N.H. / Aihara, H.

履歴

登録	2020年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x6o.cif.gz	100.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x6o.ent.gz	83.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x6o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6x6o_validation.pdf.gz	417.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6x6o_full_validation.pdf.gz	417.1 KB	表示
XML形式データ	6x6o_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	6x6o_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7cn6-1 2lnz-d 1hxv-d 4ljm-2 7cn6-3 2kqh-d 2hp8-d 4oq3-3 3hi9-4 6f4i-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein spackle

B: Protein spackle

ヘテロ分子

24.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein spackle

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein spackle

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.424, 79.822, 93.227
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-203- CL
2	1	A-344- HOH
3	1	B-357- HOH
4	1	B-369- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 23 through 61 or resid 63 through 95))
2	1	(chain B and (resid 23 through 61 or resid 63 through 95))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 23 through 61 or resid 63 through 95))	A	23 - 61
1	2	1	(chain A and (resid 23 through 61 or resid 63 through 95))	A	63 - 95
2	1	1	(chain B and (resid 23 through 61 or resid 63 through 95))	B	23 - 61
2	2	1	(chain B and (resid 23 through 61 or resid 63 through 95))	B	63 - 95

#1: タンパク質	Protein spackle 分子量: 12075.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia virus T4 (ウイルス) / 遺伝子: sp, 61.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39230
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 28.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 0.05 M sodium acetate buffer, pH 4.5, and 4 % (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→60.7 Å / Num. obs: 47113 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 29.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 1.471 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1310 / CC_1/2: 0.647 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.52→40.104 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1907	2299	4.88 %
R_work	0.1733	44813	-
obs	0.1742	47112	95.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.51 Å² / B_iso mean: 42.881 Å² / B_iso min: 21.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.52→40.104 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1212	0	4	138	1354
B_iso mean	-	-	84.51	45.25	-
残基数	-	-	-	-	150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1236
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998	1663
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.316	773
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	181
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	219

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	692	X-RAY DIFFRACTION	10.127	TORSIONAL
1	2	B	692	X-RAY DIFFRACTION	10.127	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.52-1.5531	0.368	145	0.3626	2796	95
1.5531-1.5892	0.2992	115	0.3353	2774	94
1.5892-1.6289	0.3564	145	0.3139	2816	96
1.6289-1.673	0.3757	149	0.3094	2811	96
1.673-1.7222	0.3213	147	0.2916	2790	96
1.7222-1.7778	0.3019	160	0.284	2735	94
1.7778-1.8413	0.2855	136	0.2373	2735	94
1.8413-1.915	0.2216	168	0.2142	2851	97
1.915-2.0022	0.2417	138	0.2028	2794	97
2.0022-2.1078	0.2047	151	0.1812	2885	96
2.1078-2.2398	0.2073	157	0.1604	2764	96
2.2398-2.4127	0.2126	133	0.1619	2802	95
2.4127-2.6555	0.1891	129	0.1543	2742	94
2.6555-3.0396	0.1724	124	0.1638	2925	98
3.0396-3.8291	0.1627	131	0.1501	2850	97
3.8291-40.104	0.1482	171	0.1516	2743	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1609	-4.5833	-5.6913	5.2166	5.6761	9.1963	-0.2358	0.029	0.1504	0.2438	0.1222	-0.2332	-0.1015	-0.2282	0.2246	0.1833	0.0072	-0.0404	0.3406	0.0083	0.3061	18.751	9.374	16.824
2	7.8726	-5.4265	-1.6036	4.2018	2.0162	3.433	-0.2701	-0.3776	0.4132	0.4811	0.2085	-0.5291	0.0046	-0.1175	0.0618	0.264	0.0379	-0.0706	0.425	-0.0262	0.3187	27.32	4.307	26.099
3	3.5052	3.0947	2.3275	3.1438	0.7995	5.1632	0.3001	0.2033	-0.2828	-0.1143	-0.0899	-0.7721	0.3252	0.8062	-0.2932	0.2845	0.0651	-0.0595	0.5428	-0.0205	0.4413	38.855	2.808	28.822
4	4.0284	1.3153	3.3448	3.1049	0.986	5.4862	-0.1041	-0.2201	0.4129	0.308	-0.0943	-0.3989	-0.1389	0.0898	0.1159	0.2177	0.0065	-0.0615	0.3792	-0.0184	0.4434	29.372	9.873	18.633
5	3.0323	0.6262	-2.8157	3.0953	-0.7321	3.6588	0.3774	1.116	0.0407	-0.603	-0.7826	-0.4907	-0.0469	0.3695	0.3778	0.2264	0.0385	-0.0044	0.4328	-0.0104	0.3087	29.022	3.252	10.141
6	6.8774	6.3084	5.3724	8.2823	4.0202	4.5553	-0.269	0.1333	0.4052	-0.1479	0.6663	-1.1673	-0.286	1.0422	-0.3412	0.2062	0.0091	-0.0373	0.5063	-0.1015	0.4448	36.491	1.889	18.634
7	6.2613	-3.5026	-3.5394	2.7431	3.8519	8.9081	0.0626	0.1086	0.3497	-0.0542	0.117	-0.3753	0.0842	0.285	-0.195	0.1928	-0.0054	0.0247	0.379	0.0138	0.362	48.767	23.345	37.556
8	1.0417	-1.3075	-0.6568	3.69	2.1581	2.1389	0.0069	0.0292	-0.1598	0.0097	-0.029	0.0742	0.2954	-0.206	0.0572	0.1642	-0.0044	-0.0283	0.3761	-0.0127	0.2944	39.754	14.118	41.77
9	3.7362	1.2712	-1.6811	2.5254	-0.2623	2.4072	0.1199	0.0767	-0.1598	0.0477	-0.1097	0.645	0.4304	-1.1764	-0.0639	0.2737	-0.0768	-0.0152	0.5965	-0.0329	0.5179	28.297	11.182	41.902
10	2.0818	0.8021	0.8003	8.7501	4.0877	5.3805	0.185	0.2876	-0.0458	-0.1543	-0.1049	0.082	0.1396	-0.1644	-0.0428	0.1571	0.0068	-0.0103	0.393	0.0187	0.3102	37.968	21.702	36.209
11	4.8568	-5.0747	0.2197	7.2688	1.7072	3.0787	0.3394	0.2333	0.7842	-0.0344	0.1705	-0.051	-0.5104	-0.5561	-0.4288	0.2086	0.0063	0.0343	0.3545	0.0005	0.36	37.933	30.009	42.98
12	2.2751	-0.5123	0.7997	0.2625	-0.7239	2.4003	-0.0697	0.0886	0.1412	0.0265	-0.0498	1.1689	-0.1495	-0.8305	-0.1451	0.1939	0.0388	0.0067	0.5588	-0.0283	0.6207	27.331	21.879	43.407

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 23:36 )	A	23 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 37:55 )	A	37 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 56:70 )	A	56 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 71:80 )	A	71 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 81:86 )	A	81 - 86
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 87:95 )	A	87 - 95
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 23:36 )	B	23 - 36
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 37:55 )	B	37 - 55
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 56:70 )	B	56 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 71:80 )	B	71 - 80
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 81:86 )	B	81 - 86
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 87:98 )	B	87 - 98

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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