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万見
- PDB-6x5i: Cryo-EM of peptide-like filament of 1-KMe3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x5i
タイトルCryo-EM of peptide-like filament of 1-KMe3
要素1-KMe3 peptide-like fibril
キーワードPROTEIN FIBRIL / peptide-like fibril / helical symmetry
機能・相同性polypeptide(D)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Wang, F. / Feng, Z. / Xu, B. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
引用ジャーナル: Cell Rep Phys Sci / 年: 2020
タイトル: Artificial Intracellular Filaments.
著者: Zhaoqianqi Feng / Huaimin Wang / Fengbin Wang / Younghoon Oh / Cristina Berciu / Qiang Cui / Edward H Egelman / Bing Xu /
要旨: Intracellular protein filaments are ubiquitous for cellular functions, but forming bona fide biomimetic intracellular filaments of small molecules in living cells remains elusive. Here, we report the ...Intracellular protein filaments are ubiquitous for cellular functions, but forming bona fide biomimetic intracellular filaments of small molecules in living cells remains elusive. Here, we report the formation of self-limiting intracellular filaments of a small peptide via enzymatic morphological transition of a phosphorylated and trimethylated heterochiral tetrapeptide. Enzymatic dephosphorylation reduces repulsive intermolecular electrostatic interactions and converts the peptidic nanoparticles into filaments, which exhibit distinct types of cross-β structures with either C7 or C2 symmetries, with the hydrophilic C-terminal residues at the periphery of the helix. Macromolecular crowding promotes the peptide filaments to form bundles, which extend from the plasma membrane to nuclear membrane and hardly interact with endogenous components, including cytoskeletons. Stereochemistry and post-translational modification (PTM) of peptides are critical for generating the intracellular bundles. This work may offer a way to gain lost functions or to provide molecular insights for understanding normal and aberrant intracellular filaments.
履歴
登録2020年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月15日Group: Database references / Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.formula / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.formula / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22051
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 1-KMe3 peptide-like fibril
D: 1-KMe3 peptide-like fibril
E: 1-KMe3 peptide-like fibril
F: 1-KMe3 peptide-like fibril
G: 1-KMe3 peptide-like fibril
H: 1-KMe3 peptide-like fibril
I: 1-KMe3 peptide-like fibril
J: 1-KMe3 peptide-like fibril
K: 1-KMe3 peptide-like fibril
L: 1-KMe3 peptide-like fibril
M: 1-KMe3 peptide-like fibril
N: 1-KMe3 peptide-like fibril
O: 1-KMe3 peptide-like fibril
P: 1-KMe3 peptide-like fibril
Q: 1-KMe3 peptide-like fibril
R: 1-KMe3 peptide-like fibril
S: 1-KMe3 peptide-like fibril
T: 1-KMe3 peptide-like fibril
U: 1-KMe3 peptide-like fibril
V: 1-KMe3 peptide-like fibril
W: 1-KMe3 peptide-like fibril
X: 1-KMe3 peptide-like fibril
Y: 1-KMe3 peptide-like fibril
Z: 1-KMe3 peptide-like fibril
a: 1-KMe3 peptide-like fibril
b: 1-KMe3 peptide-like fibril
c: 1-KMe3 peptide-like fibril
d: 1-KMe3 peptide-like fibril
e: 1-KMe3 peptide-like fibril
f: 1-KMe3 peptide-like fibril
g: 1-KMe3 peptide-like fibril
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i: 1-KMe3 peptide-like fibril
j: 1-KMe3 peptide-like fibril
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w: 1-KMe3 peptide-like fibril
x: 1-KMe3 peptide-like fibril
y: 1-KMe3 peptide-like fibril
z: 1-KMe3 peptide-like fibril
0: 1-KMe3 peptide-like fibril
AA: 1-KMe3 peptide-like fibril
BA: 1-KMe3 peptide-like fibril
CA: 1-KMe3 peptide-like fibril
DA: 1-KMe3 peptide-like fibril
EA: 1-KMe3 peptide-like fibril
FA: 1-KMe3 peptide-like fibril
GA: 1-KMe3 peptide-like fibril
HA: 1-KMe3 peptide-like fibril
IA: 1-KMe3 peptide-like fibril
JA: 1-KMe3 peptide-like fibril
KA: 1-KMe3 peptide-like fibril
LA: 1-KMe3 peptide-like fibril
MA: 1-KMe3 peptide-like fibril
NA: 1-KMe3 peptide-like fibril
OA: 1-KMe3 peptide-like fibril
PA: 1-KMe3 peptide-like fibril
QA: 1-KMe3 peptide-like fibril
RA: 1-KMe3 peptide-like fibril
SA: 1-KMe3 peptide-like fibril


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,66870
ポリマ－61,66870
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, helical filament was observed by negative staining and Cryo-EM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
対称性らせん対称: (回転対称性: 7 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 10 / Rise per n subunits: 4.9 Å / Rotation per n subunits: 2.3 °)

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要素

#1: Polypeptide(D) ...
1-KMe3 peptide-like fibril


分子量: 880.965 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: 1-KMe3 peptide-like fibril / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 2.3 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.9 Å / らせん対称軸の対称性: C7
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 108886 / 詳細: MODEL:MAP FSC, D99, MAP:MAP FSC / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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