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- PDB-6x4j: PANK3 complex structure with compound PZ-2863 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x4j
タイトルPANK3 complex structure with compound PZ-2863
要素Pantothenate kinase 3
キーワードTRANSFERASE / PANK / Substrate / Complex / Pantothenate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Coenzyme A biosynthesis / vitamin binding / acetyl-CoA binding / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Chem-UOM / Pantothenate kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者White, S.W. / Yun, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: LipE guided discovery of isopropylphenyl pyridazines as pantothenate kinase modulators.
著者: Sharma, L.K. / Yun, M.K. / Subramanian, C. / Tangallapally, R. / Jackowski, S. / Rock, C.O. / White, S.W. / Lee, R.E.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0675
ポリマ－42,1261
非ポリマー9414
水1,22568
1
A: Pantothenate kinase 3
ヘテロ分子

A: Pantothenate kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,13410
ポリマ－84,2522
非ポリマー1,8828
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area8530 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area27430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.428, 98.428, 68.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pantothenate kinase 3 / hPanK3 / Pantothenic acid kinase 3


分子量: 42125.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANK3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H999, pantothenate kinase

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非ポリマー , 5種, 72分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-UOM / 6-(4-{[4-(propan-2-yl)phenyl]acetyl}piperazin-1-yl)pyridine-3-carbonitrile


分子量: 348.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 4000, ammonium acetate, citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 17454 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 40.47 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.996 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1225 / CC1/2: 0.603 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KPR

5kpr


解像度: 2.3→36.25 Å / SU ML: 0.3008 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4648 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 871 5 %
Rwork0.1983 16561 -
obs0.2003 17432 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2705 0 62 68 2835
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00282823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60073824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031484
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.94341641
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.440.32581430.27522715X-RAY DIFFRACTION99.97
2.44-2.630.28151410.24182736X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.90.25851430.21792743X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.320.22311460.20862754X-RAY DIFFRACTION99.97
3.32-4.180.21731460.17472755X-RAY DIFFRACTION99.9
4.18-36.250.22381520.18322858X-RAY DIFFRACTION99.31
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.9526384887 Å / Origin y: -22.1340525467 Å / Origin z: -6.21079835775 Å
111213212223313233
T0.283161220362 Å2-0.0323964951717 Å20.0191673810828 Å2-0.268308411716 Å2-0.00801903484139 Å2--0.245133687541 Å2
L2.73031014428 °20.681420855117 °21.41556954833 °2-1.52168693875 °20.366763800731 °2--2.30370388481 °2
S0.146857961702 Å °-0.400511884447 Å °0.00734236946306 Å °0.221379962347 Å °-0.174114153297 Å °-0.127233566081 Å °0.142822747787 Å °-0.15465085023 Å °0.0173934629097 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 11 through 369)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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