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- PDB-6x4d: Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x4d
タイトルCrystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 5-(cyclopropylmethyl)-7-(2-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenoxy)-8-methyl-2-naphthonitrile (JLJ678), a Non-nucleoside Inhibitor
要素
  • Reverse transcriptase/ribonuclease H
  • p51 RT
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE/INHIBITOR / Polymerase / reverse transcriptase / non-nucleoside inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UO4 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Chan, A.H. / Duong, V.N. / Ippolito, J.A. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM49551 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI155072 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural investigation of 2-naphthyl phenyl ether inhibitors bound to WT and Y181C reverse transcriptase highlights key features of the NNRTI binding site.
著者: Duong, V.N. / Ippolito, J.A. / Chan, A.H. / Lee, W.G. / Spasov, K.A. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase/ribonuclease H
B: p51 RT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6885
ポリマ－114,0292
非ポリマー6603
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area46900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.740, 74.270, 108.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Reverse transcriptase/ribonuclease H / p66 RT


分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S, K172A, K173A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質 p51 RT


分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366
#3: 化合物 ChemComp-UO4 / 5-(cyclopropylmethyl)-7-{2-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenoxy}-8-methylnaphthalene-2-carbonitrile


分子量: 467.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H25N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→43.367 Å / Num. obs: 37294 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.741 % / Biso Wilson estimate: 55.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 19.01 / Num. measured all: 139530 / Scaling rejects: 32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.65-2.723.7940.5952.2110399274327410.7530.69399.9
2.72-2.793.8080.4782.7710167267126700.8440.557100
2.79-2.873.7970.3563.739964262826240.9060.41699.8
2.87-2.963.7870.2834.749457250024970.9360.3399.9
2.96-3.063.7960.2295.799338246424600.9560.26799.8
3.06-3.173.7840.177.648858234523410.9750.19899.8
3.17-3.293.7820.12410.548805233223280.9850.14599.8
3.29-3.423.7930.09114.218254217721760.9920.106100
3.42-3.573.7740.06818.017994212821180.9950.0899.5
3.57-3.753.7610.05122.497676204620410.9970.0699.8
3.75-3.953.750.04226.957163191319100.9980.04999.8
3.95-4.193.7360.03430.826875184218400.9990.0499.9
4.19-4.483.7040.03234.686371172517200.9980.03799.7
4.48-4.843.6470.0337.45780159015850.9980.03599.7
4.84-5.33.6150.02938.385382149814890.9990.03499.4
5.3-5.933.590.02938.884739132413200.9990.03499.7
5.93-6.843.650.02741.164384120712010.9990.03299.5
6.84-8.383.6010.02148.463608101010020.9990.02599.2
8.38-11.853.570.01855.3528207937900.9990.02199.6
11.85-43.3673.3920.01856.214964584410.9990.02196.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TER

5ter


解像度: 2.65→43.367 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 1865 5 %
Rwork0.2236 35427 -
obs0.2253 37292 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.19 Å2 / Biso mean: 62.4375 Å2 / Biso min: 18.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→43.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7734 0 45 71 7850
Biso mean--60.98 44.59 -
残基数----948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027992
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48310876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8364784
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.65-2.72160.32691420.30432698100
2.7216-2.80170.38251430.29592728100
2.8017-2.89210.3231420.27122677100
2.8921-2.99550.31251430.27462726100
2.9955-3.11540.31731420.27372698100
3.1154-3.25710.33741420.26752704100
3.2571-3.42880.28631440.25572733100
3.4288-3.64350.31641430.24092707100
3.6435-3.92460.2661430.22212739100
3.9246-4.31930.20051450.1992728100
4.3193-4.94350.21551440.19032749100
4.9435-6.22540.22761440.2147273099
6.2254-43.3670.21881480.1827281099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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