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万見
- PDB-6x3q: Hsa Siglec and Unique domains in complex with 3'sialyl-N-acetylla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x3q
タイトルHsa Siglec and Unique domains in complex with 3'sialyl-N-acetyllactosamine trisaccharide
要素Streptococcal hemagglutinin
キーワードCELL ADHESION / adhesin / serine rich repeat adhesin / bacterial adhesion / protein
機能・相同性
機能・相同性情報


surface biofilm formation / biofilm matrix assembly / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / SrpA-like, SigLec-like domain / GspA/SrpA SigLec-like domain / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Streptococcal hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Stubbs, H.E. / Iverson, T.M.
資金援助3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)
American Heart Association
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Origins of glycan selectivity in streptococcal Siglec-like adhesins suggest mechanisms of receptor adaptation.
著者: Bensing, B.A. / Stubbs, H.E. / Agarwal, R. / Yamakawa, I. / Luong, K. / Solakyildirim, K. / Yu, H. / Hadadianpour, A. / Castro, M.A. / Fialkowski, K.P. / Morrison, K.M. / Wawrzak, Z. / Chen, ...著者: Bensing, B.A. / Stubbs, H.E. / Agarwal, R. / Yamakawa, I. / Luong, K. / Solakyildirim, K. / Yu, H. / Hadadianpour, A. / Castro, M.A. / Fialkowski, K.P. / Morrison, K.M. / Wawrzak, Z. / Chen, X. / Lebrilla, C.B. / Baudry, J. / Smith, J.C. / Sullam, P.M. / Iverson, T.M.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptococcal hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5584
ポリマ－25,8371
非ポリマー7213
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.743, 57.738, 75.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Streptococcal hemagglutinin / Hs antigen / Sialic acid-binding adhesin


分子量: 25837.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
株: Challis / 遺伝子: hsa, SGO_0966 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8AWU7
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 21.6 mg/mL protein in 20 mM Tris-HCl, pH 7.2 sitting drop vapor diffusion drops contain 1uL protein solution and 2uL reservoir solution. Reservoir solution: 0.1 M Succinate/Phosphate/Glycine ...詳細: 21.6 mg/mL protein in 20 mM Tris-HCl, pH 7.2 sitting drop vapor diffusion drops contain 1uL protein solution and 2uL reservoir solution. Reservoir solution: 0.1 M Succinate/Phosphate/Glycine pH 10.0 and 25% PEG 3350. Crystals were soaked with 5mM ligand for 20 hours, no cryoprotection was used beyond the reservoir buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 10881 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 34.14 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.055 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Num. unique obs: 539 / Rpim(I) all: 0.283 / Rsym value: 0.643

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.18_3855精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EFC

6efc


解像度: 2.15→32.42 Å / SU ML: 0.2679 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.9891
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2333 313 2.89 %
Rwork0.206 10532 -
obs0.2068 10845 93.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→32.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1584 0 48 66 1698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02351692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.35252316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1472272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0151304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8283621
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.70.31471510.25085103X-RAY DIFFRACTION92.24
2.7-32.420.20761620.19195429X-RAY DIFFRACTION94.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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