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- PDB-6x3b: Structure of RMD from Pseudomonas aeruginosa complexed with NADPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x3b
タイトルStructure of RMD from Pseudomonas aeruginosa complexed with NADPH
要素GDP-6-deoxy-D-mannose reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / O-antigen / Lipopolysaccharide / GDP-rhamnose / NADPH / Pseudomonas
機能・相同性GDP-mannose 4,6-dehydratase activity / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Chem-NDP / NITRATE ION / PYROPHOSPHATE 2- / GDP-6-deoxy-D-mannose reductase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Cook, P.D. / Nicholson, B.E. / McHugh, C.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray crystallographic structure of RMD, the reductase involved in GDP-d-rhamnose production
著者: Nicholson, B.E. / McHugh, C.S. / Cook, P.D.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-6-deoxy-D-mannose reductase
B: GDP-6-deoxy-D-mannose reductase
C: GDP-6-deoxy-D-mannose reductase
D: GDP-6-deoxy-D-mannose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,15011
ポリマ－145,1854
非ポリマー3,9657
水9,458525
1
A: GDP-6-deoxy-D-mannose reductase
B: GDP-6-deoxy-D-mannose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3216
ポリマ－72,5922
非ポリマー1,7294
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
2
C: GDP-6-deoxy-D-mannose reductase
D: GDP-6-deoxy-D-mannose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8295
ポリマ－72,5922
非ポリマー2,2363
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.680, 54.050, 137.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
GDP-6-deoxy-D-mannose reductase / NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein


分子量: 36296.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: CGU42_28985, DZ962_06890, EQH76_14905, F3H14_30110
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A071L2P8
#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 10% PEG 3350, 100 mM lithium nitrate, 10 mM HEPES, 25 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→34.03 Å / Num. obs: 105890 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 26.57 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 534372 / Scaling rejects: 287
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.91-1.9450.9212610651780.6660.4511.0271.698.5
10.46-34.034.30.03229886880.9970.0170.03722.196

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.26データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2pk3

2pk3


解像度: 1.91→34.028 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 5274 4.99 %
Rwork0.1866 100495 -
obs0.1885 105769 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.68 Å2 / Biso mean: 35.3508 Å2 / Biso min: 11.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→34.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9092 0 253 525 9870
Biso mean--34.51 35.65 -
残基数----1177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84513164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0647182
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.91-1.93170.35431690.295334898
1.9317-1.95440.34451720.2691326098
1.9544-1.97830.3121730.2567329298
1.9783-2.00330.2771710.237335998
2.0033-2.02970.29571510.2288328298
2.0297-2.05750.27371640.2239331298
2.0575-2.08690.26911700.2247331898
2.0869-2.1180.26611480.2223332198
2.118-2.15110.29961850.2193332698
2.1511-2.18630.24271920.2047326499
2.1863-2.2240.24551450.198336299
2.224-2.26450.2421480.1989337399
2.2645-2.3080.22941930.1944328599
2.308-2.35510.24191980.1975331899
2.3551-2.40630.25061810.1873328199
2.4063-2.46230.21361660.1892343599
2.4623-2.52380.24311640.195329699
2.5238-2.59210.23391830.1968338599
2.5921-2.66830.22821690.1905332099
2.6683-2.75440.2061890.1831334499
2.7544-2.85280.24091900.1928337099
2.8528-2.96690.2311800.199334099
2.9669-3.10190.25451900.1992334999
3.1019-3.26530.2281990.1938335799
3.2653-3.46970.23321600.1877340999
3.4697-3.73730.20791940.17553379100
3.7373-4.11280.18981800.1603341099
4.1128-4.70660.17971810.14883398100
4.7066-5.92470.21421780.1643463100
5.9247-340.16881910.1629353999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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