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- PDB-6x2w: Crystal Structure of PKINES peptide bound to CRM1(E571K) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x2w
タイトルCrystal Structure of PKINES peptide bound to CRM1(E571K)
要素
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
  • Ran-specific GTPase-activating protein 1
  • cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Nuclear export / CRM1 / XPO1 / Exportin-1
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA re-export from nucleus / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / manchette ...tRNA re-export from nucleus / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / snRNA import into nucleus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear export signal receptor activity / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / U4 snRNA binding / protein localization to nucleolus / spindle pole body / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / nuclear export / Nuclear import of Rev protein / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / RNA export from nucleus / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / negative regulation of protein import into nucleus / MAPK6/MAPK4 signaling / protein kinase A catalytic subunit binding / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / spermatid development / U5 snRNA binding / viral process / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / positive regulation of protein binding / sperm flagellum / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / GTPase activator activity / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / G1/S transition of mitotic cell cycle / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / nuclear envelope / mitotic cell cycle / G protein activity / actin cytoskeleton organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / midbody / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal ...Ran-specific GTPase-activating protein 1, Ran-binding domain / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran binding protein RanBP1-like / Ran binding domain / RanBP1 domain / Ran binding domain type 1 profile. / Ran-binding domain / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Exportin-1 / Ran-specific GTPase-activating protein 1 / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Baumhardt, J.M.
資金援助2件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)
Welch Foundation
引用ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 2020
タイトル: Recognition of nuclear export signals by CRM1 carrying the oncogenic E571K mutation.
著者: Baumhardt, J.M. / Walker, J.S. / Lee, Y. / Shakya, B. / Brautigam, C.A. / Lapalombella, R. / Grishin, N. / Chook, Y.M.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein Ran
B: Ran-specific GTPase-activating protein 1
C: Exportin-1
D: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,6699
ポリマ－159,8474
非ポリマー8235
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11550 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area56440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.586, 106.586, 302.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1101-

GOL

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 24456.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Ran-specific GTPase-activating protein 1 / Chromosome stability protein 20 / Perinuclear array-localized protein / Ran-binding protein 1 / RANBP1


分子量: 16320.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920
#3: タンパク質 Exportin-1 / Chromosome region maintenance protein 1 / Karyopherin-124


分子量: 117442.875 Da / 分子数: 1 / Mutation: E582K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform


分子量: 1626.936 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 35-49 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKIA, PRKACN1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61925

-
非ポリマー , 3種, 5分子

#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17% (weight/vol) PEG3350, 100 mM Bis-Tris (pH 6.4), 200 mM ammonium nitrate, and 10 mM Spermine HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 33391 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 56.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.225 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 3.6 / Num. measured all: 252900
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.055.61.20816870.5360.5481.3320.98895
3.05-3.116.11.11116330.6140.4771.2130.99194.2
3.11-3.176.41.07316600.6290.4461.1660.99694.4
3.17-3.236.90.99516820.7420.3961.0741.00294.2
3.23-3.37.20.9116330.7770.3510.9781.00194
3.3-3.387.50.81516660.8470.3080.8740.99993.9
3.38-3.467.60.70916700.8740.2670.761.02393.8
3.46-3.567.10.60816550.8950.2340.6541.02393.4
3.56-3.6680.49216640.9370.1770.5251.01594
3.66-3.788.40.41616600.9670.1470.4431.01693.4
3.78-3.918.40.33916500.9640.120.3611.01593.4
3.91-4.078.30.27616710.9810.0980.2931.02893.1
4.07-4.268.30.22416710.9850.080.2380.96793
4.26-4.488.10.18216500.9880.0660.1940.99492.4
4.48-4.767.30.14816630.990.0560.1590.97392.1
4.76-5.138.60.14316630.9930.050.1520.93791.7
5.13-5.648.50.15416720.9920.0540.1640.92491.4
5.64-6.468.10.14916730.9920.0540.1590.86691
6.46-8.137.70.09317010.9950.0340.0990.84490.2
8.13-507.50.04917670.9980.0180.0530.83286.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HB2

4hb2


解像度: 3.001→47.124 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 2000 6.16 %
Rwork0.1969 30493 -
obs0.2005 32493 90.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.65 Å2 / Biso mean: 56.2757 Å2 / Biso min: 10.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.001→47.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10779 0 0 0 10779
残基数----1335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52815059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3189380
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.001-3.07570.3771180.318179376
3.0757-3.15880.37431330.2787203487
3.1588-3.25170.31961380.2639211490
3.2517-3.35670.33241450.2471219692
3.3567-3.47660.30271420.2259216792
3.4766-3.61570.26891450.2192221593
3.6157-3.78020.27561470.2051224294
3.7802-3.97940.2411470.1887223594
3.9794-4.22860.21061450.1724221593
4.2286-4.55490.22551460.1533222493
4.5549-5.01280.19241460.1507222692
5.0128-5.7370.22481470.1751224092
5.737-7.22390.27551470.2115226291
7.2239-47.1240.22221540.1778233088
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7185-0.0260.44540.24330.27030.66970.06920.31430.0037-0.06360.2742-0.31310.14190.07380.22250.1487-0.0869-0.0210.3248-0.08480.162260.4378-6.890734.1808
20.6270.4690.66210.3520.49610.6960.13410.1602-0.05830.09840.0427-0.15360.02160.00030.10950.2659-0.11540.09170.33340.06360.286861.1765-9.436522.915
30.0705-0.04050.18690.0222-0.1070.5078-0.02860.2356-0.11230.0454-0.2356-0.3209-0.26520.4049-0.07820.2345-0.06510.02520.2577-0.04880.469664.9472-0.490438.4935
40.01560.0038-0.00090.00490.00120.00040.1912-0.1561-0.12580.04470.1350.01420.16990.057-0.00010.2494-0.0006-0.00480.2292-0.0340.365563.6787-22.345334.5166
50.01-0.01710.02990.0237-0.03850.05230.14530.13420.2015-0.00910.02150.022-0.07310.11730.0010.16060.0057-0.05940.3150.00140.279357.0423-12.335338.5483
60.00730.0225-0.01360.0656-0.04210.0262-0.10510.14770.0636-0.02940.1560.01020.1720.11210.00140.2250.074-0.0090.2781-0.02610.355752.1409-19.803440.5447
70.0909-0.08350.11830.58170.07520.2162-0.13420.0081-0.02740.13220.0227-0.03970.0537-0.0967-0.05360.11170.0072-0.05590.293-0.12220.322854.5024-9.894944.2875
80.27570.03030.24160.3868-0.02290.2195-0.14040.03950.1240.0420.01870.0016-0.1938-0.0257-0.1220.0648-0.0133-0.03730.2819-0.05830.057941.7253-11.941134.7672
90.0533-0.0438-0.05190.03150.03990.04650.13220.002-0.1362-0.0806-0.0319-0.0085-0.4084-0.03920.00130.2041-0.03090.02120.1804-0.02350.146751.3295-1.274738.412
100.0255-0.06760.01960.1516-0.05690.0169-0.18390.04060.24150.0870.1986-0.0065-0.03950.1626-0.01420.5499-0.1973-0.00980.52020.1240.420665.217114.268931.2571
110.0018-0.01590.0010.1486-0.0116-0.0006-0.05580.02250.0314-0.212-0.0670.2850.13760.13650.00860.4518-0.05480.11530.6046-0.14410.33662.49535.26918.0276
120.00130.00180.00160.0119-0.00160.0034-0.1080.0193-0.0114-0.0167-0.093-0.0171-0.0390.0225-0.00021.55-0.10660.29891.07690.13941.260762.56924.909933.2858
130.03980.0303-0.01290.0247-0.00570.0043-0.0626-0.1318-0.0540.0673-0.0717-0.0329-0.46880.1079-0.00030.5162-0.07460.08290.47730.05220.49858.445713.860519.2396
140.2041-0.13280.05990.0826-0.03760.0191-0.0306-0.0348-0.0339-0.0889-0.02470.2429-0.45110.38380.00810.7144-0.20980.1620.5232-0.01630.405161.64814.496617.9151
150.0333-0.0312-0.03260.04410.05950.0732-0.2730.05670.0441-0.25630.18640.1523-0.75580.468700.6829-0.2073-0.06910.63110.0770.542361.278218.192414.4365
160.4229-0.10480.14940.1610.05030.09730.06530.0404-0.17550.3040.0875-0.41660.21190.05060.22680.17060.0845-0.12890.2118-0.03620.436264.9898-28.877652.2924
170.2629-0.2478-0.11290.5629-0.0080.0797-0.0686-0.07770.04950.16630.0734-0.27810.0213-0.09050.0060.2655-0.0201-0.02660.28180.00380.12238.4222-15.845564.0521
180.1132-0.18050.1480.30780.12040.48880.0039-0.0863-0.13670.05310.054-0.0296-0.3316-0.19410.00950.23540.05650.03050.2979-0.00630.143424.10424.588642.9889
190.4768-0.4077-0.15550.4285-0.03130.58980.0130.0457-0.0703-0.06930.08030.0128-0.2387-0.05610.06880.30210.02820.00280.25940.02150.141430.3198-4.02573.0463
200.1852-0.10520.24830.31970.06610.36060.0789-0.0414-0.1920.0176-0.00760.11450.05290.1102-0.00420.15090.0288-0.00870.2109-0.05390.292745.4643-40.995318.6956
210.0026-0.0008-0.00260.0040.00150.0025-0.0059-0.07930.01180.0673-0.11690.0436-0.0216-0.1094-00.8610.0727-0.11210.76690.01570.983810.765722.614528.5902
220.0043-0.0022-0.0040.00090.00190.0030.0618-0.00480.079-0.0493-0.0625-0.0116-0.0260.0166-0.00011.20310.10730.13470.46320.12610.998724.479828.148226.2449
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 31 )A9 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 44 )A32 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 66 )A45 - 66
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 67 through 78 )A67 - 78
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 79 through 94 )A79 - 94
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 95 through 111 )A95 - 111
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 112 through 122 )A112 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 123 through 142 )A123 - 142
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 143 through 169 )A143 - 169
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 170 through 193 )A170 - 193
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 194 through 216 )A194 - 216
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 78 through 82 )B78 - 82
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 83 through 97 )B83 - 97
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 98 through 160 )B98 - 160
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 161 through 200 )B161 - 200
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 0 through 222 )C0 - 222
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 223 through 307 )C223 - 307
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 308 through 591 )C308 - 591
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 592 through 868 )C592 - 868
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 869 through 1052 )C869 - 1052
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 5 through 13 )D5 - 13
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 14 through 19 )D14 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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