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- PDB-6x2h: Crystal structure of PT2863 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x2h
タイトルCrystal structure of PT2863 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
  • Endothelial PAS domain-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Hif2a / Pas B domain / ARNT / hypoxia inducible factor (低酸素誘導因子) / EPAS1
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation ...myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation / norepinephrine metabolic process / 生体異物 / surfactant homeostasis / epithelial cell maturation / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / blood vessel remodeling / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / NPAS4 regulates expression of target genes / Pexophagy / 視覚 / positive regulation of endothelial cell proliferation / regulation of heart rate / positive regulation of glycolytic process / mitochondrion organization / 赤血球形成 / positive regulation of erythrocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / transcription coactivator binding / PPARA activates gene expression / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / 血管新生 / response to oxidative stress / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / 細胞分化 / response to hypoxia / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / 低酸素誘導因子 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain ...HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / 低酸素誘導因子 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ULD / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Endothelial PAS domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Du, X.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PT2863 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex
著者: Du, X.
履歴
登録2020年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelial PAS domain-containing protein 1
B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5913
ポリマ－27,1942
非ポリマー3971
水75742
1
A: Endothelial PAS domain-containing protein 1
ヘテロ分子

B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5913
ポリマ－27,1942
非ポリマー3971
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_544-x+1/2,y-1/2,-z-11
Buried area1720 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.045, 84.443, 41.473
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.730, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Endothelial PAS domain-containing protein 1 / EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / ...EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / bHLHe73 / HIF-1-alpha-like factor / HLF / Hypoxia-inducible factor 2-alpha / HIF2-alpha / Member of PAS protein 2 / PAS domain-containing protein 2


分子量: 13295.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPAS1, BHLHE73, HIF2A, MOP2, PASD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99814
#2: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear ...ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF1-beta


分子量: 13898.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNT, BHLHE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27540
#3: 化合物 ChemComp-ULD / cis-3-({(1S)-7-[dihydroxy(trifluoromethyl)-lambda~4~-sulfanyl]-2,2-difluoro-1-hydroxy-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl}oxy)cyclobutane-1-carbonitrile


分子量: 397.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12F5NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: Bis-Tris pH5.4, 16% 3350 / Temp details: IN CRYSTAL INCUBATOR

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: LIQUID NITROGEN VAPOR / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9719 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9719 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 16181 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.355 / Net I/σ(I): 22.9 / Num. measured all: 81994
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.96-2.023.412900.3340.670.91599.9
2.02-2.073.513310.5870.4680.97599.90.7470.884
2.07-2.143.613240.650.3890.9991000.6320.743
2.14-2.223.613160.8070.3041.0011000.4980.584
2.22-2.313.613050.8390.2461.0751000.3990.469
2.31-2.413.713230.910.1881.0871000.3080.361
2.41-2.543.613060.9480.1351.16299.90.2190.257
2.54-2.73.713140.9660.1071.4151000.1770.207
2.7-2.913.613280.9780.0821.70199.90.1340.158
2.91-3.23.513080.9880.0562.04199.60.090.106
3.2-3.663.413210.9940.0382.52299.60.060.071
3.66-4.613.513240.9980.0242.32599.60.0380.045
4.61-503.513360.9980.0222.50998.60.0360.042

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XT2

4xt2


解像度: 2→29.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.473 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2583 833 5.1 %RANDOM
Rwork0.2002 ---
obs0.2031 15467 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.52 Å2 / Biso mean: 30.38 Å2 / Biso min: 12.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20 Å20.05 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→29.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1797 0 0 42 1839
Biso mean---35.63 -
残基数----220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2681.952544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2145218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.70724.22797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.58915324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9551510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2040.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211421
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 60 -
Rwork0.263 1091 -
all-1151 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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