[日本語] English
万見
- PDB-6x24: Structural basis of plant blue light photoreceptor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x24
タイトルStructural basis of plant blue light photoreceptor
要素Cryptochrome-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cryptochrome / Blue-light receptors / CRY2 / Photolyase / FAD / Signaling Photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / response to strigolactone / regulation of meristem growth / regulation of leaf morphogenesis / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / positive regulation of flower development / regulation of photoperiodism, flowering ...flavin adenine dinucleotide metabolic process / long-day photoperiodism, flowering / response to absence of light / response to strigolactone / regulation of meristem growth / regulation of leaf morphogenesis / circadian regulation of calcium ion oscillation / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / positive regulation of flower development / regulation of photoperiodism, flowering / regulation of flower development / blue light signaling pathway / phototropism / stomatal movement / response to blue light / blue light photoreceptor activity / response to water deprivation / plant-type vacuole / response to light stimulus / FAD binding / regulation of circadian rhythm / PML body / circadian rhythm / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chromatin organization / defense response to virus / nuclear body / chromatin remodeling / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome, plant / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase ...Cryptochrome, plant / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Cryptochrome-2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Palayam, M. / Ganapathy, J. / Guercio, M.A. / Shabek, N.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structural insights into photoactivation of plant Cryptochrome-2.
著者: Palayam, M. / Ganapathy, J. / Guercio, A.M. / Tal, L. / Deck, S.L. / Shabek, N.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome-2
B: Cryptochrome-2
C: Cryptochrome-2
D: Cryptochrome-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,56223
ポリマ－229,0384
非ポリマー4,52419
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20980 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area73460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.362, 208.362, 81.607
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Cryptochrome-2 / Blue light photoreceptor / Atcry2 / Protein PHR homolog 1 / AtPHH1 / Protein SUPPRESSOR OF elf3 20


分子量: 57259.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CRY2, PHH1, SEL20, At1g04400, F19P19.14
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q96524
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.5M Sodium Nitrate, 0.1M BIS-TRIS propane pH=7.0, 20% Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50.05 Å / Num. obs: 61839 / % possible obs: 99.34 % / 冗長度: 1.54 % / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 3.25→3.36 Å / Num. unique obs: 6050 / CC star: 0.744 / Rrim(I) all: 0.94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U3C

1u3c


解像度: 3.25→50.05 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3285 1992 3.22 %
Rwork0.2713 59847 -
obs0.2732 61839 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.05 Å2 / Biso mean: 53.8013 Å2 / Biso min: 7.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.25→50.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15279 0 302 30 15611
Biso mean--44.87 19.98 -
残基数----1879
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.25-3.330.37821360.334151428797
3.33-3.420.39081450.32254334447999
3.42-3.520.41131450.307142674412100
3.53-3.640.35731360.296342844420100
3.64-3.770.35751440.293242954439100
3.77-3.920.36211420.288343224464100
3.92-4.10.37511470.272342824429100
4.1-4.310.35351490.251543124461100
4.31-4.580.29251400.246442504390100
4.58-4.940.26041480.237942984446100
4.94-5.430.31741450.25343114456100
5.43-6.220.30171360.272842644400100
6.22-7.830.27891520.27524234438699
7.83-50.050.27441270.24414243437098

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る