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- PDB-6x1z: Mre11 dimer in complex with small molecule modulator PFMJ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x1z
タイトルMre11 dimer in complex with small molecule modulator PFMJ
要素Nuclease SbcCD subunit D
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / DNA REPAIR MRE11 THERMOPHILIC NUCLEASE / DNA DOUBLE-STRAND BREAK REPAIR / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA double-strand break repair nuclease / Nuclease SbcCD subunit D / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Double Stranded RNA Binding Domain / 4-Layer Sandwich ...DNA double-strand break repair nuclease / Nuclease SbcCD subunit D / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Double Stranded RNA Binding Domain / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UL1 / DNA double-strand break repair protein Mre11
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Arvai, A.S. / Moiani, D. / Tainer, J.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5P01CA092584-19 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01CA117638-15 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R35CA220430-02 米国
引用ジャーナル: Prog.Biophys.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Fragment- and structure-based drug discovery for developing therapeutic agents targeting the DNA Damage Response.
著者: Wilson 3rd, D.M. / Deacon, A.M. / Duncton, M.A.J. / Pellicena, P. / Georgiadis, M.M. / Yeh, A.P. / Arvai, A.S. / Moiani, D. / Tainer, J.A. / Das, D.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease SbcCD subunit D
B: Nuclease SbcCD subunit D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1528
ポリマ－77,1502
非ポリマー1,0026
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area29710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.260, 109.440, 75.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISPROPRO(chain 'A' and (resid -1 through 260 or resid 262 through 324 or resid 601 through 801))AA-1 - 26011 - 272
12TYRTYRGLUGLU(chain 'A' and (resid -1 through 260 or resid 262 through 324 or resid 601 through 801))AA262 - 324274 - 336
13UL1UL1UL1UL1(chain 'A' and (resid -1 through 260 or resid 262 through 324 or resid 601 through 801))AC601
14HOHHOHHOHHOH(chain 'A' and (resid -1 through 260 or resid 262 through 324 or resid 601 through 801))AI801
21HISHISPROPRO(chain 'B' and (resid -1 through 193 or (resid 194...BB-1 - 26011 - 272
22TYRTYRGLUGLU(chain 'B' and (resid -1 through 193 or (resid 194...BB262 - 324274 - 336
23UL1UL1UL1UL1(chain 'B' and (resid -1 through 193 or (resid 194...BF601
24HOHHOHHOHHOH(chain 'B' and (resid -1 through 193 or (resid 194...BJ801

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要素

#1: タンパク質 Nuclease SbcCD subunit D


分子量: 38575.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: sbcD, TM_1635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X0
#2: 化合物 ChemComp-UL1 / (5Z)-5-[(3,4-dimethoxyphenyl)methylidene]-2-sulfanylidene-1,3-thiazolidin-4-one


分子量: 281.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11NO3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.02 M MgCl2, 0.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.115842 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→37.25 Å / Num. obs: 56599 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 5.97 % / Biso Wilson estimate: 28.89 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 9.39
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Num. unique obs: 2886 / CC1/2: 0.695

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NZV

4nzv


解像度: 1.9→37.25 Å / SU ML: 0.2448 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.0386
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2386 1791 3.51 %
Rwork0.1999 --
obs0.2012 51050 85.9 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5281 0 62 343 5686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00845473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06537402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622806
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.41572076
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.426730.42832073X-RAY DIFFRACTION47.18
1.95-2.010.36561090.31723035X-RAY DIFFRACTION69.43
2.01-2.080.28631330.3053439X-RAY DIFFRACTION77.97
2.08-2.150.28931320.24893638X-RAY DIFFRACTION82.75
2.15-2.240.24441300.23763634X-RAY DIFFRACTION82.94
2.24-2.340.3281340.25343655X-RAY DIFFRACTION82.73
2.34-2.460.22611410.21044011X-RAY DIFFRACTION91.33
2.46-2.610.24361500.20434116X-RAY DIFFRACTION93.43
2.61-2.820.21691520.20244173X-RAY DIFFRACTION94.66
2.82-3.10.22281550.20284275X-RAY DIFFRACTION96.96
3.1-3.550.22161600.18894360X-RAY DIFFRACTION98.41
3.55-4.470.20021580.15914381X-RAY DIFFRACTION99.04
4.47-37.250.241640.17564469X-RAY DIFFRACTION99.27
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0156728658494-0.102006474097-0.1512602423040.181004146530.3832783428390.411425715062-0.0235566963971-0.0231365009809-0.06413483258080.135887238909-0.00468282329139-0.004869976788920.03284882301590.04905012769572.82488422876E-50.193473928517-0.0190334594288-0.01412609411170.1338430966340.0001363616279430.2236341067381.76175758012447.27200187110.608400564
21.256450719460.475933890785-0.423861683020.9883862027480.6255138550411.41221383762-0.03493362159070.07827998126230.0510812202473-0.106613451910.0917995093834-0.0171510301074-0.07215623722130.0232324767837-1.15191761591E-50.148264426268-0.0132578749968-0.0155161754780.1180085437930.01582725247460.1728054322162.12623612459448.959956086103.860462228
31.87135766411-0.006110988588060.1446478770630.705090306861-0.190993604140.9792991387430.0640031458775-0.01979174837560.1443736337830.125308309344-0.1868917090410.191474162137-0.0341752506931-0.369639384398-0.1266024379840.140865150222-0.02032961400430.007847491060440.187696437634-0.0496723460160.290621276813-16.7915288026450.736733285106.024453092
40.7390978632911.023792354390.03562181839241.228571693050.2031562656240.6672726396460.212908002375-0.2862133727790.05263534032120.421146857918-0.2731612910330.168899882302-0.0376390491581-0.206527288680.01732073329340.247209947503-0.042732854239-0.005659953248280.174695136487-0.02855264857150.1618741648271.8933049241460.87293972125.323076267
50.139778974573-0.313446781243-0.305173590838-0.0231518347306-0.04887229221111.19690132236-0.04390333533230.194776150665-0.0742245303830.2694670598970.02944383819430.226023795799-0.205829223242-0.1279209548910.003307797488960.227748655632-0.03723331599390.0004589645427210.314158046955-0.02537060847790.2872204551597.79064702772449.39584217473.2735953877
61.32881593061-0.30540907149-0.4832471129770.865342785792-0.7172512230231.7012336276-0.07529803633460.0879670806791-0.04580758208650.07716413756690.08501032697340.127923148614-0.03504790015410.08087501443721.22011633455E-50.222914225829-0.03457079249290.01249925469040.228327375868-0.02444388697520.2428928474657.26527887268448.85554377181.2681503682
71.89577746543-0.66329191003-0.04653330809140.504145264172-0.07770975243131.71567539254-0.0361367167223-0.1132108498130.134145182003-0.0420908663143-0.0976077098394-0.213376490338-0.03183870998270.566205896742-0.0004531049271550.240900682171-0.01081572700470.00955585145330.4068258435790.04480934748540.28784492165926.4911007196450.69488807879.3076238607
80.8973960653280.0981010480606-0.02643335967080.0254315839909-0.4207517804420.899978447569-0.04947460711460.2983121283730.0414093828321-0.32120790931-0.0578276286442-0.09208852462780.09964998596010.290916540378-0.01254020785280.3267032776060.007390095754520.04037274210410.4597136656-0.04720298926530.21324805799916.5851647187447.82520378566.3030397712
90.624347969966-0.05587142418980.3389239116170.3884795117680.3882253855980.2347833389140.008928841308330.2034466920910.297300235689-0.338779909423-0.1984292473890.0136755187848-0.144103920049-0.018056536646-0.0007950901472230.517018331776-0.00218909610761-0.1242687687830.3581556628860.08055481189370.374654625015-0.303734737151472.38077344454.5583752681
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -4 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 121 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 122 through 215 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 216 through 324 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -1 through 30 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 31 through 121 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 122 through 210 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 211 through 266 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 267 through 324 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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