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万見
- PDB-6x1k: Solution NMR structure of de novo designed TMB2.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x1k
タイトルSolution NMR structure of de novo designed TMB2.3
要素De novo designed transmembrane beta-barrel TMB2.3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / de novo design / beta-barrel
機能・相同性Porin - #20 / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Liang, B. / Vorobieva, A.A. / Chow, C.M. / Baker, D. / Tamm, L.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM072694 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: De novo design of transmembrane beta barrels.
著者: Vorobieva, A.A. / White, P. / Liang, B. / Horne, J.E. / Bera, A.K. / Chow, C.M. / Gerben, S. / Marx, S. / Kang, A. / Stiving, A.Q. / Harvey, S.R. / Marx, D.C. / Khan, G.N. / Fleming, K.G. / ...著者: Vorobieva, A.A. / White, P. / Liang, B. / Horne, J.E. / Bera, A.K. / Chow, C.M. / Gerben, S. / Marx, S. / Kang, A. / Stiving, A.Q. / Harvey, S.R. / Marx, D.C. / Khan, G.N. / Fleming, K.G. / Wysocki, V.H. / Brockwell, D.J. / Tamm, L.K. / Radford, S.E. / Baker, D.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed transmembrane beta-barrel TMB2.3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5481
ポリマ－13,5481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 De novo designed transmembrane beta-barrel TMB2.3


分子量: 13547.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCA
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
171isotropic13D HSQC-NOESY-HSQC
161isotropic13D NOESY-TROSY
181isotropic11H-15N hetNOE
191isotropic11D proton

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 1.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N, U-98% 2H] TMB2.3, 200 mM DPC, 10 mM HEPES, 10 mM MES, 10 mM sodium acetate, 50 mM sodium chloride, 0.05 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O
詳細: TMB2.3 refolded in DPC and buffer switched to NMR buffer at pH6.3
Label: DCN_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.8 mMTMB2.3[U-98% 13C; U-98% 15N, U-98% 2H]1
200 mMDPCnatural abundance1
10 mMHEPESnatural abundance1
10 mMMESnatural abundance1
10 mMsodium acetatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.05 % w/vsodium azidenatural abundance1
試料状態詳細: TMB2.3 refolded in DPC and buffer switched to NMR buffer at pH6.3
イオン強度: 50 mM / Label: DCN_sample / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddard, TD, and Kneller, DGデータ解析
hmsISTS. G. Hyberts, A. G. Milbradt, A. B. Wagner, H. Arthanari, G. Wagner,collection
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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