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- PDB-6x0p: Ash1L SET domain Q2265A mutant in complex with AS-5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x0p
タイトルAsh1L SET domain Q2265A mutant in complex with AS-5
要素Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
キーワードPROTEIN BINDING / TRANSFERASE/INHIBITOR / Methyltransferase / complex / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


uterine gland development / tarsal gland development / histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / uterus morphogenesis / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / flagellated sperm motility ...uterine gland development / tarsal gland development / histone H3K9 monomethyltransferase activity / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / uterus morphogenesis / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / flagellated sperm motility / histone H3K36 methyltransferase activity / histone H3K4 methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / negative regulation of MAPK cascade / negative regulation of acute inflammatory response / decidualization / bicellular tight junction / single fertilization / post-embryonic development / skeletal system development / PKMTs methylate histone lysines / chromosome / MAPK cascade / methylation / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ASH1-like, PHD finger / ASH1-like, Bromodomain / PhD finger domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / Bromo adjacent homology domain ...ASH1-like, PHD finger / ASH1-like, Bromodomain / PhD finger domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain profile. / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Bromodomain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Chem-UK7 / Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Rogawski, D.S. / Li, H. / Borkin, D. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA244254 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Discovery of first-in-class inhibitors of ASH1L histone methyltransferase with anti-leukemic activity.
著者: Rogawski, D.S. / Deng, J. / Li, H. / Miao, H. / Borkin, D. / Purohit, T. / Song, J. / Chase, J. / Li, S. / Ndoj, J. / Klossowski, S. / Kim, E. / Mao, F. / Zhou, B. / Ropa, J. / Krotoska, M.Z. ...著者: Rogawski, D.S. / Deng, J. / Li, H. / Miao, H. / Borkin, D. / Purohit, T. / Song, J. / Chase, J. / Li, S. / Ndoj, J. / Klossowski, S. / Kim, E. / Mao, F. / Zhou, B. / Ropa, J. / Krotoska, M.Z. / Jin, Z. / Ernst, P. / Feng, X. / Huang, G. / Nishioka, K. / Kelly, S. / He, M. / Wen, B. / Sun, D. / Muntean, A. / Dou, Y. / Maillard, I. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.
履歴
登録2020年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
B: Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
C: Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
D: Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,51824
ポリマ－103,8384
非ポリマー3,68020
水19,2941071
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8806
ポリマ－25,9591
非ポリマー9205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8806
ポリマ－25,9591
非ポリマー9205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8806
ポリマ－25,9591
非ポリマー9205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8806
ポリマ－25,9591
非ポリマー9205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.131, 62.315, 72.969
Angle α, β, γ (deg.)87.756, 85.549, 90.036
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Histone-lysine N-methyltransferase ASH1L / ASH1-like protein / huASH1 / Absent small and homeotic disks protein 1 homolog / Lysine N-methyltransferase 2H


分子量: 25959.465 Da / 分子数: 4 / 変異: Q2265A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASH1L, KIAA1420, KMT2H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NR48, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-UK7 / 3-[6-(aminomethyl)-1-(2-hydroxyethyl)-1H-indol-3-yl]benzene-1-carbothioamide


分子量: 325.428 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19N3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1071 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 30% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月21日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→40.86 Å / Num. obs: 101290 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 12.51 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 9261 / Rsym value: 0.591

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YNM

4ynm


解像度: 1.69→40.86 Å / SU ML: 0.1651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.5298
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2129 5051 4.99 %
Rwork0.1773 96233 -
obs0.1791 101284 95.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→40.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6977 0 212 1071 8260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00587376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89329948
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0575996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00481301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.65362770
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.710.26521410.21882501X-RAY DIFFRACTION74.87
1.71-1.730.24821580.21383148X-RAY DIFFRACTION93.6
1.73-1.750.24961600.20783153X-RAY DIFFRACTION94.63
1.75-1.780.25241620.21223148X-RAY DIFFRACTION94.11
1.78-1.80.27331720.21893166X-RAY DIFFRACTION94.61
1.8-1.820.261680.21273155X-RAY DIFFRACTION94.08
1.82-1.850.24531560.19893165X-RAY DIFFRACTION94.75
1.85-1.880.21581450.19733202X-RAY DIFFRACTION93.83
1.88-1.910.24291720.18363147X-RAY DIFFRACTION95.35
1.91-1.940.20021690.17713152X-RAY DIFFRACTION93.79
1.94-1.970.22681690.17013187X-RAY DIFFRACTION95.83
1.97-2.010.20751750.17583184X-RAY DIFFRACTION94.09
2.01-2.050.20991770.17513198X-RAY DIFFRACTION96.93
2.05-2.090.23291890.17683227X-RAY DIFFRACTION95.39
2.09-2.130.22581580.17743211X-RAY DIFFRACTION96.75
2.13-2.180.19851620.17713254X-RAY DIFFRACTION96.96
2.18-2.240.21481700.17393253X-RAY DIFFRACTION96.56
2.24-2.30.21600.17663259X-RAY DIFFRACTION97.38
2.3-2.370.22791790.1773274X-RAY DIFFRACTION97.93
2.37-2.440.23081800.17623249X-RAY DIFFRACTION97.66
2.44-2.530.20711730.17743262X-RAY DIFFRACTION97.89
2.53-2.630.22851690.18143262X-RAY DIFFRACTION97.97
2.63-2.750.24982130.17733273X-RAY DIFFRACTION98.28
2.75-2.90.20991810.18953280X-RAY DIFFRACTION98.41
2.9-3.080.23391460.18913322X-RAY DIFFRACTION98.47
3.08-3.310.19331580.17623333X-RAY DIFFRACTION98.59
3.31-3.650.19041660.16113325X-RAY DIFFRACTION98.92
3.65-4.180.19051710.15393317X-RAY DIFFRACTION99.01
4.18-5.260.17961630.15223322X-RAY DIFFRACTION99.17
5.26-40.860.17571890.17963304X-RAY DIFFRACTION99.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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