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- PDB-6x0i: Structure of oxidized SidA ornithine hydroxylase with the FAD "in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x0i
タイトルStructure of oxidized SidA ornithine hydroxylase with the FAD "in" and complexed with NADP
要素L-ornithine N(5)-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / ergosterol biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / siderophore-iron import into cell / siderophore biosynthetic process / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP+ binding / secondary metabolite biosynthetic process ...L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H] / ferrichrome biosynthetic process / ornithine N5-monooxygenase activity / ergosterol biosynthetic process / cellular response to iron ion starvation / siderophore-iron import into cell / siderophore biosynthetic process / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP+ binding / secondary metabolite biosynthetic process / monooxygenase activity / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / L-lysine 6-monooxygenase/L-ornithine 5-monooxygenase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L-ornithine N(5)-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Campbell, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003658 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2003986 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Trapping conformational states of a flavin-dependent N -monooxygenase in crystallo reveals protein and flavin dynamics.
著者: Campbell, A.C. / Stiers, K.M. / Martin Del Campo, J.S. / Mehra-Chaudhary, R. / Sobrado, P. / Tanner, J.J.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-ornithine N(5)-monooxygenase
B: L-ornithine N(5)-monooxygenase
C: L-ornithine N(5)-monooxygenase
D: L-ornithine N(5)-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,35120
ポリマ－227,8394
非ポリマー6,51216
水19,2581069
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25510 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area68820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.507, 154.868, 90.483
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
L-ornithine N(5)-monooxygenase / OMO / L-ornithine N(5)-oxygenase / Siderophore biosynthesis protein A


分子量: 56959.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: sidA, Afu2g07680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: E9QYP0, L-ornithine N5-monooxygenase [NAD(P)H]

-
非ポリマー , 5種, 1085分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1069 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Enzyme stock solution: 8-10 mg/mL SidA and 1 mM NADP in 25 mM HEPES (pH 7.5) and 100 mM NaCl. Crystallization reservoir: 17-21 % PEG-3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate. Cryo- ...詳細: Enzyme stock solution: 8-10 mg/mL SidA and 1 mM NADP in 25 mM HEPES (pH 7.5) and 100 mM NaCl. Crystallization reservoir: 17-21 % PEG-3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate. Cryo-buffer: 15 % PEG-200, 20 % PEG 3350, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.1 M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→63.21 Å / Num. obs: 151085 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 544409 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-1.983.30.792448774580.5230.5160.9471.599
10.68-63.213.60.02234409540.9990.0140.02646.498.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B63

4b63


解像度: 1.95→63.21 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 7476 4.95 %
Rwork0.1682 143516 -
obs0.1703 150992 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.9 Å2 / Biso mean: 30.1353 Å2 / Biso min: 6.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→63.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13955 0 477 1069 15501
Biso mean--26.22 31.27 -
残基数----1771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86920246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5279113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052581
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.95-1.97220.2992400.2588477299
1.9722-1.99540.28182510.2429473599
1.9954-2.01970.27632670.2298473899
2.0197-2.04530.25542640.2192471999
2.0453-2.07220.25072550.2078476299
2.0722-2.10060.24832490.2045472899
2.1006-2.13060.26852460.2004476599
2.1306-2.16240.272460.204478599
2.1624-2.19620.24882170.2013477599
2.1962-2.23220.22162360.1914479499
2.2322-2.27070.22682450.1836477599
2.2707-2.3120.24122610.1918478599
2.312-2.35640.24062670.19164755100
2.3564-2.40450.22432420.18534758100
2.4045-2.45680.22132700.17464793100
2.4568-2.5140.23262810.16974755100
2.514-2.57680.22632240.16414781100
2.5768-2.64650.2062530.1715477599
2.6465-2.72440.21692620.16434770100
2.7244-2.81230.22962590.16974782100
2.8123-2.91290.23572370.17284830100
2.9129-3.02950.23052560.17814791100
3.0295-3.16730.21511980.17354840100
3.1673-3.33430.21722750.17324797100
3.3343-3.54320.20882410.16694804100
3.5432-3.81680.18892340.14914831100
3.8168-4.20080.17382360.13544805100
4.2008-4.80850.13592400.11584829100
4.8085-6.05740.17822700.13484818100
6.0574-63.210.17232540.1592486999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71960.1852-0.00350.7889-0.13030.55010.0746-0.1148-0.05770.091-0.045-0.1319-0.02380.1565-0.02620.14480.0006-0.03770.1782-0.03570.1425117.43180.654352.0659
20.78460.3529-0.25510.6544-0.19060.6404-0.0370.1364-0.1431-0.05970.05290.03680.0427-0.1008-0.01550.13240.0043-0.02780.1202-0.0420.182979.7432-21.001332.5775
30.6677-0.0528-0.1371.0215-0.40870.81280.05970.15380.15640.10190.07510.2068-0.2415-0.2249-0.06860.19180.0950.03220.19660.05210.22581.208723.89923.8244
40.755-0.0132-0.21150.8658-0.41120.8423-0.00810.2165-0.0272-0.1468-0.0314-0.19280.14840.12560.03550.19360.05310.01580.2891-0.06740.1729118.6730.36.2768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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