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- PDB-6x02: Nup84-Nup133 (aa521-1157) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x02
タイトルNup84-Nup133 (aa521-1157) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN8
要素
  • Nucleoporin NUP133
  • Nucleoporin NUP84
  • VHH-SAN8
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Nucleoporin / Nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA export from nucleus in response to heat stress / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore localization / nuclear pore outer ring / telomere tethering at nuclear periphery / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins ...mRNA export from nucleus in response to heat stress / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore localization / nuclear pore outer ring / telomere tethering at nuclear periphery / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of chromatin organization proteins / silent mating-type cassette heterochromatin formation / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / subtelomeric heterochromatin formation / mRNA export from nucleus / nuclear pore / protein import into nucleus / double-strand break repair / nuclear envelope / cellular response to heat / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP133 / Nucleoporin NUP84
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 6.38 Å
データ登録者Nordeen, S.A. / Schwartz, T.U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM077537 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Yeast Nup84-Nup133 complex structure details flexibility and reveals conservation of the membrane anchoring ALPS motif.
著者: Nordeen, S.A. / Turman, D.L. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NUP84
B: Nucleoporin NUP133
C: VHH-SAN8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,8813
ポリマ－172,8813
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.257, 287.650, 297.375
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin NUP84 / Nuclear pore protein NUP84


分子量: 83718.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP84, YDL116W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52891
#2: タンパク質 Nucleoporin NUP133 / Nuclear pore protein NUP133


分子量: 75010.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP133, RAT3, YKR082W, YKR402 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36161
#3: 抗体 VHH-SAN8


分子量: 14150.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6% PEG 8,000, 30% ethylene glycol, 0.1M imidazole titrated with MES pH 6.5, 15mM sodium nitrate, 15mM sodium phosphate dibasic, 15mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.9791
シンクロトロンAPS 24-ID-C21.2141
検出器
タイプID検出器日付
PSI PILATUS 6M1PIXEL2019年8月8日
PSI PILATUS 6M2PIXEL2019年10月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
21.21411
反射

Entry-ID: 6X02

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)CC1/2Rpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
6.4-103.41353999.824.1614.510.022155.3
7.8-147.8753399.912.310.042213.8
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allDiffraction-ID
6.38-6.63113220.5820.8131
7.8-8.72.120670.8910.3052

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 6.38→103.38 Å / SU ML: 1.3001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 43.8123
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3242 1350 10.03 %
Rwork0.3138 12103 -
obs0.3149 13453 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 574.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.38→103.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6667 0 0 0 6667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00286653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84039266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00381328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.31391328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.38-6.610.48151200.46791070X-RAY DIFFRACTION89.01
6.61-6.870.4471370.43211174X-RAY DIFFRACTION99.92
6.87-7.190.42861310.42231227X-RAY DIFFRACTION99.93
7.19-7.570.45231310.40681174X-RAY DIFFRACTION99.92
7.57-8.040.40811360.38131240X-RAY DIFFRACTION99.93
8.04-8.660.35041350.3191192X-RAY DIFFRACTION99.92
8.66-9.530.31411350.25631222X-RAY DIFFRACTION99.63
9.53-10.910.24311350.23591231X-RAY DIFFRACTION99.35
10.91-13.730.28511390.26891236X-RAY DIFFRACTION98.64
13.74-103.380.34061510.35691337X-RAY DIFFRACTION99.07
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.111042100896-0.1160578481230.04305037779590.144283570193-0.02711136523360.03295251093230.0760368820315-0.606930872247-0.454358136649-0.484707647653-0.1517305337690.07974406903280.325225278162-0.3825853866-0.1324076183886.972880335552.05715492974-1.946037169786.07311257883-4.1998150199910.066944711321.674647921610.564976521440.6574520216
2-0.003784555142890.00765108824762-0.03582492188710.451576011067-0.5401623440540.8065555131610.1748209848340.828065208914-0.12290879995-0.420565936596-0.7377147354830.367570820728-0.1091023843530.0601668048662-0.39046953692.514322502782.1017609922-2.331203456894.09707933296-0.4820624338666.4101844428117.97767420742.7336330019653.4818288035
31.02860919143-0.167415988170.4872875717382.277992935990.6776008760010.6694683950191.19534478853-1.47916785853-0.0136618635452-4.92348495256-1.76109477665-1.02436068141-1.007747110373.391901842741.4920729095.31859457009-1.941613012120.6718422121857.83991772976-4.054698067976.9181444923520.217263847735.319873535453.2309838589
42.85449191702-0.924424837927-1.132791717272.13496696917-1.193806364941.68269267284-0.880522876275-2.0120444150.8900078139030.160276785233-0.5344884238831.50178678025-1.360491911951.2927198958-3.580157394027.955872669512.0991969289-3.934308857669.03375172764-5.625053493525.887104375747.9891900424646.816885182861.6962047033
50.0126241958646-0.00349473014023-0.01277904418620.01066872327470.01217985359150.0169456241345-0.5354955263180.268950196280.683295450027-0.132372115578-0.1246124614340.379356797682-0.1473816025440.0568343863432-0.34940407536113.608089437-0.2077358004081.2963730484713.5567785761-0.302261364357.11187246203-2.5121427628250.542125644775.59316342
60.057407121999-0.1513449559160.1534924633271.880426854840.09831712208670.9240325022420.150678201347-0.4293183836040.02134505167771.25033905144-0.1436620246280.547990875018-2.282050053080.4961492122880.4039254152096.72267926391-1.711358376131.956557162693.74423051602-1.5566611784611.5212105691-5.5902853826741.781180125361.5879600857
71.46224492536-0.406817135183-0.06902786770322.158734585710.3258333726490.05413344434540.3763226501971.06954572871.0188367725-2.66756965648-2.25852892217-2.0402265837-0.3601961272950.73217758294-0.09317836246456.345513887991.39613982863-2.15271248735.567197637051.317231979363.599302017910.71434158110136.167917844.6878147188
81.71960342131-0.25180204857-0.6014907510850.157121325890.007299182924150.2638636034860.4015481858420.05019255297690.1913028815720.1770988694040.204338191377-0.172732830507-0.0284979041935-0.1760320619620.2207701838539.641408133690.859175066467-1.020776746723.283504272322.78886979898.322237707136.9999145077427.933235340441.2058673394
90.940231715453-0.204181584704-0.2109864551610.0722891589210.03760170261010.0426466381651-0.400849661773-0.308536918470.0539590491610.1862814389040.08687452303850.0210679040789-0.104079641414-0.36302049029-1.653857862524.684931748190.5642994212351.389635713314.46129772793-4.448850166936.896795544571.7897171959723.585904336149.6480342507
101.105484994620.682463893951-0.28755001261.44455659279-1.13541260160.9983145289240.134003203865-0.2873450574510.798541515468-2.18983698281-0.2120581177831.150521226-0.307468845149-0.7223505887370.6792642538585.435554190525.01585286547-1.702598152365.499239767422.435694869298.43931974148-1.8166222238518.005523166535.4000837057
110.552864744225-0.6678362661950.5679330178410.777473392805-0.695708532610.6528050551954.01680372337-0.68221666962-4.06970805254-3.965250147360.0436104163972.775049186111.16497761483-3.643815828772.31973789267.03650483206-1.987698532963.918042893458.93324250232-3.319239115459.528388262024.221629415619.6958400792244.6053730407
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 7 through 16 )AA7 - 161 - 10
22chain 'A' and (resid 17 through 26 )AA17 - 2611 - 20
33chain 'A' and (resid 34 through 205 )AA34 - 20521 - 154
44chain 'A' and (resid 206 through 305 )AA206 - 305155 - 241
55chain 'A' and (resid 306 through 315 )AA306 - 315242 - 251
66chain 'A' and (resid 316 through 323 )AA316 - 323252 - 259
77chain 'A' and (resid 324 through 339 )AA324 - 339260 - 275
88chain 'A' and (resid 340 through 344 )AA340 - 344276 - 280
99chain 'A' and (resid 345 through 352 )AA345 - 352281 - 288
1010chain 'A' and (resid 353 through 368 )AA353 - 368289 - 304
1111chain 'A' and (resid 381 through 419 )AA381 - 419305 - 343
1212chain 'A' and (resid 420 through 450 )AA420 - 450344 - 374
1313chain 'A' and (resid 451 through 491 )AA451 - 491375 - 415
1414chain 'A' and (resid 492 through 511 )AA492 - 511416 - 435
1515chain 'A' and (resid 512 through 603 )AA512 - 603436 - 527
1616chain 'A' and (resid 604 through 657 )AA604 - 657528 - 581
1717chain 'A' and (resid 658 through 726 )AA658 - 726582 - 650
1818chain 'B' and (resid 549 through 593 )BB549 - 59331 - 75
1919chain 'B' and (resid 594 through 626 )BB594 - 62676 - 108
2020chain 'B' and (resid 627 through 661 )BB627 - 661109 - 143
2121chain 'B' and (resid 662 through 715 )BB662 - 715144 - 180
2222chain 'B' and (resid 716 through 768 )BB716 - 768181 - 233
2323chain 'B' and (resid 769 through 1123 )BB769 - 1123234 - 568
2424chain 'B' and (resid 1124 through 1157 )BB1124 - 1157569 - 602
2525chain 'C'CC1 - 1311 - 90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る