PDB-6wzs: Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch bound to m-1-pyridinyl AICA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wzs

タイトル

Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch bound to m-1-pyridinyl AICA

要素

Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch

キーワード

RNA / Riboswitch / pseudoknot / Purine Biosynthesis / AICAR

機能・相同性

: / Chem-UG4 / : / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Fusobacterium ulcerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.23 Å

データ登録者

Pichling, P. / Jones, C.P. / Ferre-D'Amare, A.R. / Tran, B.

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Parallel Discovery Strategies Provide a Basis for Riboswitch Ligand Design.
著者: Tran, B. / Pichling, P. / Tenney, L. / Connelly, C.M. / Moon, M.H. / Ferre-D'Amare, A.R. / Schneekloth Jr., J.S. / Jones, C.P.

履歴

登録	2020年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wzs.cif.gz	151 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wzs.ent.gz	119.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wzs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wzs_validation.pdf.gz	858.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wzs_full_validation.pdf.gz	860.6 KB	表示
XML形式データ	6wzs_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	6wzs_validation.cif.gz	7.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/6wzs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wzrC 5btpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6od9-2 5btp-1 3ku1-6 1m2k-d 2ilx-d 2dpf-2 1vq3-3 3mpl-d 2lcp-d 6wzr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (2) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (2) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (2)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (2)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch

A: Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch

ヘテロ分子

49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry, Ligand Bound at 0.6 uM affinity
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.284, 90.284, 121.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: RNA鎖	Fusibacterium ulcerans ZTP riboswitch 分子量: 24197.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Fusobacterium ulcerans (バクテリア) / 参照: GenBank: 1370545701
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-UG4 / 5-amino-1-(pyridin-3-yl)-1H-imidazole-4-carboxamide 分子量: 203.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.32 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 26% (w/v) PEG 4000, 100 mM Tris HCl pH 8.5, 200 mM Lithium Sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.98395 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98395 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.23→50 Å / Num. obs: 9567 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 0.62 / Net I/σ(I): 3.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.25-3.31	7.6	2.574	471	0.173	0.968	2.758	0.43	99.4
3.31-3.37	8.1	1.922	474	0.463	0.709	2.052	0.42	100
3.37-3.43	8.9	2.116	452	0.473	0.742	2.245	0.43	100
3.43-3.5	9.9	1.824	475	0.565	0.608	1.924	0.444	100
3.5-3.58	10	1.493	464	0.654	0.494	1.574	0.445	100
3.58-3.66	10.2	1.274	461	0.73	0.42	1.343	0.435	100
3.66-3.75	9.9	0.888	484	0.816	0.295	0.937	0.485	100
3.75-3.85	10.1	0.734	452	0.861	0.242	0.774	0.433	100
3.85-3.97	10	0.576	489	0.912	0.19	0.607	0.474	100
3.97-4.09	9.7	0.391	465	0.956	0.132	0.413	0.441	100
4.09-4.24	9.1	0.352	472	0.964	0.123	0.373	0.482	100
4.24-4.41	9.6	0.276	477	0.977	0.093	0.291	0.509	100
4.41-4.61	9.5	0.223	473	0.987	0.076	0.236	0.547	100
4.61-4.85	10.1	0.158	482	0.991	0.053	0.166	0.638	100
4.85-5.16	10	0.133	468	0.994	0.044	0.14	0.713	100
5.16-5.56	9.8	0.114	487	0.996	0.038	0.12	0.805	100
5.56-6.11	9.1	0.09	495	0.995	0.032	0.096	0.962	100
6.11-7	9.2	0.073	486	0.997	0.025	0.077	1.017	100
7-8.81	9.7	0.064	496	0.998	0.022	0.067	1.103	100
8.81-50	8.5	0.033	544	1	0.012	0.035	1.096	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.06 Å	47.95 Å
Translation	6.06 Å	47.95 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BTP

5btp

解像度: 3.23→47.95 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.31

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2589	948	9.94 %
R_work	0.2239	-	-
obs	0.2274	9537	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 347.79 Å² / B_iso mean: 163.0724 Å² / B_iso min: 74.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.23→47.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2609	42	2	2653
B_iso mean	-	-	125.02	135.47	-
残基数	-	-	-	-	122

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	2950
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.258	4584
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.151	1451
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.014	608
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	128

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.23-3.4	0.418	132	0.3364	1186	1318	99
3.4-3.62	0.3194	131	0.287	1217	1348	100
3.62-3.9	0.3356	134	0.2426	1194	1328	100
3.9-4.29	0.2616	138	0.1857	1217	1355	100
4.29-4.9	0.2577	131	0.1724	1217	1348	100
4.91-6.18	0.2181	138	0.2137	1243	1381	100
6.19-47.95	0.2489	144	0.2316	1315	1459	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0009	8.8074	-6.7042	5.7004	-3.4529	5.6627	2.9047	-3.8991	-0.3613	0.6586	-1.9148	1.0384	1.7456	-0.9724	0.1068	2.8008	-0.6997	-1.0157	3.3988	0.594	1.8931	8.0312	-22.0063	-55.0792
2	3.247	0.5909	-0.0091	7.4935	-1.1649	4.8265	0.7735	1.167	0.8434	-0.6679	0.8184	0.6221	-0.7763	-0.4539	-0.8384	1.1449	0.1348	0.3138	1.6292	0.3403	0.8124	26.237	-24.4188	-38.844
3	0.7732	-1.0748	1.2655	3.2689	0.8649	5.7763	0.462	1.5644	-1.1499	-1.207	-0.5059	0.225	-1.09	-0.044	-0.2405	1.2827	-0.1934	-0.0917	2.3995	-0.474	0.9969	21.0203	-49.3721	-43.5672
4	3.0974	2.0767	2.1295	3.1786	-0.0773	2.6597	-0.4948	1.0178	-1.2884	-0.6102	0.8157	-0.373	1.0906	-1.0134	0.2586	1.731	-0.1942	0.0829	1.9236	-0.4743	1.2772	18.5934	-54.9094	-43.2518

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 6 through 10 )	B	6 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 11 through 75 )	B	11 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 6 through 25 )	A	6 - 25
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 26 through 75 )	A	26 - 75

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)