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万見
- PDB-6wzk: LY3041658 Fab bound to CXCL3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wzk
タイトルLY3041658 Fab bound to CXCL3
要素
  • (LY3041658 Fab heavy ...) x 2
  • C-X-C motif chemokine 3
  • LY3041658 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / CXCR1 / CXCR2 / neutrophil / GRO-gamma
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine activity / growth factor activity / immune response / inflammatory response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / Immunoglobulins ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / C-X-C motif chemokine
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Durbin, J.D. / Druzina, Z.
引用ジャーナル: Mabs
タイトル: Discovery and characterization of a neutralizing pan-ELR+CXC chemokine monoclonal antibody.
著者: Boyles, J.S. / Beidler, C.B. / Strifler, B.A. / Girard, D.S. / Druzina, Z. / Durbin, J.D. / Swearingen, M.L. / Lee, L.N. / Kikly, K. / Chintharlapalli, S. / Witcher, D.R.
履歴
登録2020年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LY3041658 Fab heavy chain
B: LY3041658 Fab light chain
C: LY3041658 Fab heavy chain
D: LY3041658 Fab light chain
E: C-X-C motif chemokine 3
F: C-X-C motif chemokine 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,35215
ポリマ－111,8346
非ポリマー5189
水12,899716
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14560 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area43300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.017, 65.159, 281.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 EF

#4: タンパク質 C-X-C motif chemokine 3 / CXCL3


分子量: 8239.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
遺伝子: CXCL3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0EAC1

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抗体 , 3種, 4分子 ABDC

#1: 抗体 LY3041658 Fab heavy chain


分子量: 24251.984 Da / 分子数: 1 / 断片: pyroglutamic acid at N-terminus / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 LY3041658 Fab light chain


分子量: 23416.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 LY3041658 Fab heavy chain


分子量: 24269.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 725分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 716 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 4000, 200mM Magnesium Chloride, 100mM MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→65.16 Å / Num. obs: 105131 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.727 / Num. unique obs: 15015

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Internal

解像度: 1.8→26.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU R Cruickshank DPI: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.115 / SU Rfree Blow DPI: 0.109 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.107
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 5244 4.99 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 105059 98.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 113.28 Å2 / Biso mean: 24.95 Å2 / Biso min: 7.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1945 Å20 Å20 Å2
2--3.197 Å20 Å2
3----1.0025 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→26.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7504 0 41 716 8261
Biso mean--29.44 29.91 -
残基数----997
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2604SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1350HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7860HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1069SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9192SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7860HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10760HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.25
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 92 4.38 %
Rwork0.2102 2010 -
all0.2127 2102 -
obs--97.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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